La Copa Interclubes de la UNCAF 2006 fue la 24.ª edición de la competición internacional de clubes de fútbol celebrada en la región de la UNCAF en representación de las siete naciones de América Central. Este fue el octavo año del formato actual, que lleva el nombre de Copa Interclubes de la UNCAF . El torneo también fue un evento clasificatorio para la Copa de Campeones de la CONCACAF 2007. Participaron dieciséis equipos que representaban a siete asociaciones de fútbol, comenzando con los primeros partidos clasificatorios el 22 de agosto de 2006. El torneo concluyó con una final de ida y vuelta que ganó Puntarenas de Costa Rica, lo que lo convirtió en el campeón de fútbol de clubes de América Central. Los tres primeros finalistas del torneo se clasifican para la Copa de Campeones de la CONCACAF 2007 .
Alajuelense avanza 3-1 en el global.
Puntarenas avanza 6-1 en el global.
Marathón avanza 3-1 en el global.
El Marquense avanza 3-0 en el global.
Saprissa avanza 2-1 en el global.
Victoria avanza 4-1 en el global.
Municipal avanza 10-0 en el global.
/f partido perdido 1 - Diriangén utilizó jugadores no elegibles y la CONCACAF le otorgó a Olimpia una victoria de 3-0.1
Olimpia avanza 5-1 en el global.
Puntarenas avanza 5-0 en el global.
El Marquense avanza 2-1 en el global.
Victoria avanza 2-1 en el global.
Olimpia avanza 4-1 en el global.
Puntarenas clasifica a la Copa de Campeones CONCACAF 2007 con marcador global de 2-0.
Olimpia clasifica a la Copa de Campeones CONCACAF 2007 con marcador global de 4-2.
Marquense clasifica a la Copa de Campeones CONCACAF 2007 con marcador global de 4-1.
El campeón Puntarenas de la Copa de Clubes de la UNCAF 2006 y el subcampeón Olimpia clasifican a la Copa de Campeones de la CONCACAF 2007 .