La temporada 2003-04 fue la 89.ª temporada de la Isthmian League , una competición de fútbol inglesa en la que participan clubes semiprofesionales y amateurs de Londres, el este y el sureste de Inglaterra .
Fue la última temporada de la Isthmian League como liga de apoyo a la Conference Premier. Al final de la temporada, la Premier Division fue reemplazada como liga de nivel 6 (junto con la Northern Premier League Premier Division y la Southern Football League Premier Division) por las recién formadas Conference North y Conference South . La Premier Division perdió más de la mitad de sus clubes en favor de las divisiones recién formadas, y las dos divisiones regionales tuvieron varios de sus clubes ascendidos a la Premier Division para reemplazarlos. Por lo tanto, las divisiones de la Isthmian League descendieron a los niveles 7-9.
La Premier Division estaba formada por 24 clubes, incluidos 19 clubes de la temporada anterior y cinco clubes nuevos:
Canvey Island ganó la división y ascendió a la Conference National. Los clubes que terminaron en una posición superior a la 14.ª posición se trasladaron a las divisiones recién creadas Conference North y South y los clubes que terminaron en una posición superior a la 21.ª posición más los ganadores de la División Uno participaron en los play-offs por los dos últimos puestos en Conference North/South. Después de que se celebraron los play-offs, Hendon decidió no hacer uso de su opción de unirse a la Conference, su lugar fue ocupado por Basingstoke Town. Al final de la temporada, Ford United pasó a llamarse Redbridge .
Esta temporada no hubo descensos de la Premier Division, aunque, debido a la reforma de la liga, los clubes permanecieron en la división rebajados del sexto al séptimo nivel.
La División Uno Norte estaba compuesta por 24 clubes, incluidos 18 clubes de la temporada anterior y seis clubes nuevos:
Antes del inicio de la temporada, Leyton Pennant pasó a llamarse Waltham Forest.
Yeading ganó la división, pero perdió en los play-offs por un lugar en la recién creada Conferencia Norte y Sur y fue ubicado en la División Premier junto con Leyton y Cheshunt. Chesham United, Dunstable Town y Hemel Hempstead Town fueron transferidos a la División Premier de la Southern Football League. Fueron seguidos por Wealdstone, que derrotó a Dulwich Hamlet de la División Uno Sur. Enfield terminó último en la tabla y descendió a la División Dos, bajando del sexto al noveno nivel en dos años debido a la reforma del sistema de liga.
Al final de la temporada, las divisiones Uno se fusionaron y todos los clubes restantes de la División Uno Norte fueron transferidos a la División Uno de la Liga de Fútbol del Sur.
La División Uno Sur estaba formada por 24 clubes, incluidos 21 clubes de la temporada anterior y tres clubes nuevos:
Lewes ganó la división y los play-offs posteriores y ascendió a la Conference South. Los clubes que terminaron del segundo al sexto lugar fueron transferidos a la Premier Division. Epsom & Ewell terminó último en la tabla y descendió; los clubes restantes comenzaron la próxima temporada en la Isthmian League Division One fusionada, descendiendo con ella del séptimo al noveno nivel debido a la creación de la Conference North/South.
Después de que Hungerford Town renunciara a la liga, la División Dos estaba compuesta por 15 clubes, incluidos 12 clubes de la temporada anterior y tres clubes nuevos:
Leighton Town ganó la división y fue transferido a la Southern Football League Division One, mientras que los subcampeones Dorking fueron transferidos a la fusionada Isthmian League Division One. Al final de la temporada Wokingham Town se fusionó con Emmbrook Sports (9° Reading League Premier Division) para crear el nuevo club Wokingham & Emmbrook FC , que se unió a la Hellenic League Division One East .
