La Copa de Estonia de 1939 ( en estonio : Eesti Karikas ) fue la segunda temporada del torneo eliminatorio de fútbol de Estonia . Participaron en la competición 11 equipos. En la final, que se disputó el 6 de noviembre en el Estadio Kadriorg de Tallin , el Tallinna Jalgpalliklubi se impuso por 4-1 al ESS Kalev Tallinn .