La Copa de Chipre 1948-49 fue la duodécima edición de la Copa de Chipre. Participaron en la competición un total de ocho clubes. Comenzó el 13 de marzo de 1949 con los cuartos de final y concluyó el 19 de junio de 1949 con la final de desempate que se celebró en el estadio GSP. El Anorthosis ganó su primer trofeo de la Copa de Chipre tras vencer al APOEL por 3-0 en la final.
En la Copa de Chipre 1948-49 participaron todos los equipos de la Primera División chipriota .
La competición se dividió en tres rondas eliminatorias. En todas las rondas, cada eliminatoria se jugó a un solo partido y se disputó en el estadio de uno de los dos equipos, según el resultado del sorteo. Cada ganador de una eliminatoria se clasificaba para la siguiente ronda. En caso de empate, se jugaba una prórroga. Si se producía un empate, se jugaba un partido de desempate.
Abandonado a los 87', debido a peleas entre jugadores y entre el público