La Copa FAI 2006 fue la 86.ª edición de la Challenge Cup de la Asociación de Fútbol de Irlanda o Copa FAI . La competición de esta temporada fue la última patrocinada por Carlsberg . Comenzó oficialmente a finales de abril, cuando veinte clubes de las ligas júnior e intermedia lucharon por la oportunidad de enfrentarse a la oposición de la Liga de Irlanda en la segunda ronda. A los diez ganadores de esas eliminatorias se unieron en la segunda ronda los 22 clubes de la Liga de Irlanda. La competición duró hasta principios de diciembre y la final se celebró el domingo 3 de diciembre.
Partidos jugados el fin de semana 23 de abril
Waterford Crystal 4-1 Garda AFC
Celtic de Castlebar 5-1 CYM de Fairview
Ashtown Villa 2-2 Wayside Celtic
Tolka Rovers 1-3 Carrigaline United
Corinthians universitarios 2-2 Blarney United
Brendanville 0-1 Douglas Hall
Malahide United 1-1 Fanad United
Athenry 0-0 Celtic de Bangor
Killester United 6-1 St. Mochtas
Crumlin United 0-0 Avondale United
Partidos jugados el fin de semana del domingo 28 de mayo de 2006.
Partidos jugados el fin de semana del domingo 27 de agosto de 2006.
Partidos disputados el fin de semana del domingo 1 de octubre.
La final de la Copa FAI de 2006 fue la última en la antigua Lansdowne Road .