La Swiss Challenge League 2008-09 fue la sexta temporada de la Swiss Challenge League , el segundo nivel de la pirámide de ligas de fútbol suiza . Comenzó el 25 de julio de 2008 y terminó el 30 de mayo de 2009. El campeón de esta temporada, el FC St. Gallen , logró el ascenso a la Super League 2009-10 . Los dos equipos, el FC Concordia Basel y el FC La Chaux-de-Fonds , descendieron administrativamente a la 1. Liga debido a razones financieras.
El Lucerna, como equipo que ocupó el noveno lugar de la Superliga suiza 2008-09, jugó un desempate de ida y vuelta contra el subcampeón de la Challenge League, el AC Lugano, por un lugar en la Superliga 2009-10 .
El Lucerna ganó 5-1 en el global y se mantuvo en la Superliga suiza . El Lugano se mantuvo en la Challenge League suiza