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Extracción de ARN

La extracción de ARN es la purificación del ARN de muestras biológicas. Este procedimiento se complica por la presencia ubicua de enzimas ribonucleasas en células y tejidos, que pueden degradar rápidamente el ARN. [1] Se utilizan varios métodos en biología molecular para aislar el ARN de las muestras, el más común de ellos es la extracción con tiocianato de guanidinio-fenol-cloroformo . [2] [3] El método de lisis y elución basado en papel de filtro presenta una alta capacidad de rendimiento. [4]

La extracción de ARN en nitrógeno líquido, generalmente utilizando un mortero (o dispositivos de acero especializados conocidos como pulverizadores de tejidos), también es útil para prevenir la actividad de la ribonucleasa.

Contaminación por ARNasa

La extracción de ARN en experimentos de biología molecular se complica enormemente por la presencia de ARNasas ubicuas y resistentes que degradan las muestras de ARN. Ciertas ARNasas pueden ser extremadamente resistentes e inactivarlas es difícil en comparación con la neutralización de las ADNasas . Además de las ARNasas celulares que se liberan, hay varias ARNasas que están presentes en el medio ambiente. Las ARNasas han evolucionado para tener muchas funciones extracelulares en varios organismos. [5] [6] [7] Por ejemplo, la ARNasa 7, un miembro de la superfamilia de las ARNasas A , es secretada por la piel humana y sirve como una potente defensa antipatógena. [8] [9] Para estas ARNasas secretadas, la actividad enzimática puede incluso no ser necesaria para la función exaptada de la ARNasa . Por ejemplo, las ARNasas inmunes actúan desestabilizando las membranas celulares de las bacterias. [10] [11]

Para contrarrestar esto, el equipo utilizado para la extracción de ARN suele limpiarse a fondo, mantenerse separado del equipo de laboratorio común y tratarse con diversos productos químicos agresivos que destruyen las ARNasas. Por la misma razón, los experimentadores tienen especial cuidado de no dejar que su piel desnuda toque el equipo.

Véase también

Referencias

  1. ^ Peirson SN, Butler JN (2007). "Extracción de ARN de tejidos de mamíferos" . Ritmos circadianos . Métodos en biología molecular . Vol. 362. págs. 315-27. doi :10.1007/978-1-59745-257-1_22. ISBN . 978-1-58829-417-3. Número de identificación personal  17417019.
  2. ^ Chomczynski P, Sacchi N (2006). "El método de un solo paso de aislamiento de ARN mediante extracción con tiocianato de guanidinio ácido-fenol-cloroformo: veintitantos años después". Nat Protoc . 1 (2): 581–5. doi :10.1038/nprot.2006.83. PMID  17406285. S2CID  28653075.
  3. ^ Bird IM (2005). "Extracción de ARN de células y tejidos". Methods Mol. Med . 108 : 139–48. doi :10.1385/1-59259-850-1:139. ISBN. 1-59259-850-1. Número de identificación personal  16028681.
  4. ^ Tarjeta de papel de filtro para extracción de ARN de alto rendimiento FortiusBio
  5. ^ Rossier, O.; Dao, J.; Cianciotto, NP (2009). "Una ARNasa de tipo II secretada por Legionella pneumophila facilita la infección intracelular óptima de Hartmannella vermiformis". Microbiología . 155 (3): 882–890. doi :10.1099/mic.0.023218-0. PMC 2662391 . PMID  19246759. {{cite journal}}: CS1 maint: DOI gratuito sin marcar ( enlace )
  6. ^ Luhtala, N.; Parker, R. (2010). "Ribonucleasas de la familia T2: enzimas antiguas con funciones diversas". Tendencias en ciencias bioquímicas . 35 (5): 253–259. doi :10.1016/j.tibs.2010.02.002. PMC 2888479 . PMID  20189811. 
  7. ^ Dyer, KD; Rosenberg, HF (2006). "La ARNasa, una superfamilia: generación de diversidad y defensa innata del huésped". Diversidad molecular . 10 (4): 585–597. doi :10.1007/s11030-006-9028-2. PMID  16969722. S2CID  20922592.
  8. ^ Harder, J. (2002). "RNasa 7, una nueva proteína antimicrobiana de defensa inmunitaria innata de la piel humana sana". Journal of Biological Chemistry . 277 (48): 46779–46784. doi : 10.1074/jbc.M207587200 . PMID  12244054.
  9. ^ Köten, B.; Simanski, M.; Gläser, R.; Podschun, R.; Schröder, JM; Harder, JR (2009). "La ARNasa 7 contribuye a la defensa cutánea contra Enterococcus faecium". PLOS ONE . ​​4 (7): e6424. Bibcode :2009PLoSO...4.6424K. doi : 10.1371/journal.pone.0006424 . PMC 2712763 . PMID  19641608. 
  10. ^ Huang, Y. -C.; Lin, Y. -M.; Chang, T. -W.; Wu, S. -J.; Lee, Y. -S.; Chang, MD -T.; Chen, C.; Wu, S. -H.; Liao, Y. -D. (2006). "Los residuos de lisina flexibles y agrupados de la ribonucleasa 7 humana son críticos para la permeabilidad de la membrana y la actividad antimicrobiana". Journal of Biological Chemistry . 282 (7): 4626–4633. doi : 10.1074/jbc.M607321200 . PMID  17150966.
  11. ^ Rosenberg, HF (2008). "Ribonucleasas RNasa a y defensa del huésped: una historia en evolución". Journal of Leukocyte Biology . 83 (5): 1079–87. doi :10.1189/jlb.1107725. PMC 2692241 . PMID  18211964. 


Enlaces externos

Lavado en dos fases para resolver el omnipresente problema del arrastre de contaminantes en los kits comerciales de extracción de ácidos nucleicos; por Erik Jue, Daan Witters y Rustem F. Ismagilov; Nature, Scientific reports, 2020.