YEASTRACT ( Yeast Search for Transscriptional Regulators And Consensus Tracking ) es un repositorio curado de más de 48000 asociaciones reguladoras entre factores de transcripción ( TF) y genes diana en Saccharomyces cerevisiae , basado en más de 1200 referencias bibliográficas. [ 1] También incluye la descripción de alrededor de 300 sitios de unión de ADN específicos para más de cien TF caracterizados. Se ha extraído más información sobre cada gen de levadura de la base de datos del genoma de Saccharomyces (SGD). Para cada gen, los términos de ontología genética (GO) asociados y su jerarquía en GO se obtuvieron del consorcio GO. Actualmente, YEASTRACT mantiene más de 7100 términos de GO. Las secuencias de nucleótidos de las regiones promotoras y codificantes de los genes de levadura se obtuvieron de las herramientas de análisis de secuencias reguladoras (RSAT). Toda la información de YEASTRACT se actualiza periódicamente para que coincida con los últimos datos de SGD, el consorcio GO, RSA Tools y la literatura reciente sobre redes reguladoras de levadura.
YEASTRACT incluye DISCOVERER, un conjunto de herramientas que se pueden utilizar para identificar motivos complejos que se encuentran sobrerrepresentados en las regiones promotoras de genes corregulados. [2] DISCOVERER se basa en el algoritmo MUSA. Estos algoritmos toman como entrada una lista de genes e identifican motivos sobrerrepresentados, que luego se pueden comparar con los sitios de unión de factores de transcripción descritos en la base de datos YEASTRACT.
También se proporcionan herramientas para permitir la explotación de los datos recopilados al resolver una serie de cuestiones biológicas, como se ejemplifica en el Tutorial. YEASTRACT permite la identificación de reguladores de transcripción documentados o potenciales de un gen determinado y de regulones documentados o potenciales para cada factor de transcripción. También hace posible la comparación entre motivos de ADN y los sitios de unión de factores de transcripción descritos en la literatura. El sistema también proporciona un mecanismo útil para agrupar una lista de genes (por ejemplo, un conjunto de genes con perfiles de expresión similares, como se revela mediante análisis de microarrays) en función de sus asociaciones reguladoras con factores de transcripción conocidos.
YEASTRACT proporciona un conjunto de consultas para buscar y recuperar información biológica importante de los datos recopilados y para predecir redes de regulación de la transcripción en levadura a partir de datos que surgen del análisis gen por gen o de enfoques globales.