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Sistema Integrado de Genomas Microbianos

El sistema Integrated Microbial Genomes (IMG) es una plataforma de exploración y anotación de genomas desarrollada por el Departamento de Energía de los Estados Unidos (DOE) - Joint Genome Institute . [2] [3] IMG contiene todos los borradores y genomas microbianos completos secuenciados por el DOE-JGI integrados con otros genomas disponibles públicamente (incluidos Archaea, Bacteria, Eukarya, Virus y Plásmidos). IMG proporciona a los usuarios un conjunto de herramientas para el análisis comparativo de genomas microbianos a lo largo de tres dimensiones: genes, genomas y funciones. Los usuarios pueden seleccionarlos y transferirlos en los carros de análisis comparativo en función de una variedad de criterios. IMG también incluye un flujo de anotación de genomas que integra información de varias herramientas, incluidas KEGG , Pfam , InterPro y Gene Ontology , entre otras. Los usuarios también pueden escribir o cargar sus propias anotaciones de genes (llamadas anotaciones de genes MyIMG) y el sistema IMG les permitirá generar archivos en formato Genbank o EMBL que contengan estas anotaciones. [ cita requerida ]

En versiones sucesivas, IMG se ha ampliado para incluir varias herramientas específicas del dominio. El sistema Integrated Microbial Genomes with Microbiome Samples (IMG/M) es una extensión del sistema IMG que proporciona un contexto de análisis comparativo de datos metagenómicos ensamblados con los genomas aislados disponibles públicamente. [4] [5] El sistema Integrated Microbial Genomes- Expert Review (IMG/ER) proporciona apoyo a científicos individuales o grupos de científicos para la anotación funcional y la curación de sus genomas microbianos de interés. [2] Los usuarios pueden enviar sus genomas anotados (o solicitar que se aplique primero el proceso de anotación automatizada de IMG) a IMG-ER y proceder con la curación manual y el análisis comparativo en el sistema, a través de un acceso seguro (protegido con contraseña). El IMG-HMP se centra en el análisis de genomas relacionados con el Proyecto del Microbioma Humano (HMP) en el contexto de todos los genomas disponibles públicamente en IMG. [6] El sistema IMG-ABC es un sistema para el análisis del metabolismo secundario bacteriano y el descubrimiento de grupos de genes biosintéticos específicos. [7] El sistema IMG-VR (con la versión actualizada reciente IMG/VR v.2.0) es la base de datos pública más grande disponible para genomas y metagenomas virales. [8] [9]

Véase también

Referencias

  1. ^ Markowitz, Victor M; Chen I-Min A; Palaniappan Krishna; Chu Ken; Szeto Ernest; Grechkin Yuri; Ratner Anna; Jacob Biju; Huang Jinghua; Williams Peter; Huntemann Marcel; Anderson Iain; Mavromatis Konstantinos; Ivanova Natalia N; Kyrpides Nikos C (enero de 2012). "IMG: la base de datos integrada de genomas microbianos y el sistema de análisis comparativo". Nucleic Acids Res . 40 (1). Inglaterra: D115-22. doi :10.1093/nar/gkr1044. PMC  3245086 . PMID  22194640.
  2. ^ ab Markowitz, VM; Chen, IMA; Palaniappan, K.; Chu, K.; Szeto, E.; Grechkin, Y.; Ratner, A.; Anderson, I.; Lykidis, A.; Mavromatis, K.; Ivanova, NN; Kyrpides, NC (2009). "El sistema integrado de genomas microbianos: un recurso de análisis comparativo en expansión". Nucleic Acids Research . 38 (número de base de datos): D382–D390. doi :10.1093/nar/gkp887. PMC 2808961 . PMID  19864254. 
  3. ^ Hadjithomas, Michalis; Chen, I.-Min Amy; Chu, Ken; Ratner, Anna; Palaniappan, Krishna; Szeto, Ernesto; Huang, Jinghua; Reddy, TBK; Cimermančič, Peter (14 de julio de 2015). "IMG-ABC: una base de conocimientos para impulsar el descubrimiento de grupos de genes biosintéticos y nuevos metabolitos secundarios". mBio . 6 (4): e00932. doi :10.1128/mBio.00932-15. ISSN  2150-7511. PMC 4502231 . PMID  26173699. 
  4. ^ Markowitz, VM; Chen, I. -MA; Chu, K.; Szeto, E.; Palaniappan, K.; Grechkin, Y.; Ratner, A.; Jacob, B.; Pati, A.; Huntemann, M.; Liolios, K.; Pagani, I.; Anderson, I.; Mavromatis, K.; Ivanova, NN; Kyrpides, NC (2011). "IMG/M: El sistema integrado de gestión de datos metagenómicos y análisis comparativo". Nucleic Acids Research . 40 (número de base de datos): D123–D129. doi :10.1093/nar/gkr975. PMC 3245048 . PMID  22086953. 
  5. ^ Chen, I.-Min A.; Markowitz, Víctor M.; Chu, Ken; Palaniappan, Krishna; Szeto, Ernesto; Pillay, Manoj; Ratner, Anna; Huang, Jinghua; Andersen, Evan (4 de enero de 2017). "IMG/M: sistema integrado de análisis de datos comparativos de genoma y metagenoma". Investigación de ácidos nucleicos . 45 (D1): D507–D516. doi :10.1093/nar/gkw929. ISSN  1362-4962. PMC 5210632 . PMID  27738135. 
  6. ^ Markowitz, Victor M.; Chen, I.-Min A.; Chu, Ken; Szeto, Ernest; Palaniappan, Krishna; Jacob, Biju; Ratner, Anna; Liolios, Konstantinos; Pagani, Ioanna (2012). "IMG/M-HMP: un sistema de análisis comparativo del metagenoma para el Proyecto del Microbioma Humano". PLOS ONE . ​​7 (7): e40151. Bibcode :2012PLoSO...740151M. doi : 10.1371/journal.pone.0040151 . ISSN  1932-6203. PMC 3390314 . PMID  22792232. 
  7. ^ Hadjithomas, Michalis; Chen, I.-Min A.; Chu, Ken; Huang, Jinghua; Ratner, Anna; Palaniappan, Krishna; Andersen, Evan; Markowitz, Victor; Kyrpides, Nikos C. (4 de enero de 2017). "IMG-ABC: nuevas características para el análisis del metabolismo secundario bacteriano y el descubrimiento de grupos de genes biosintéticos específicos en miles de genomas microbianos". Investigación de ácidos nucleicos . 45 (D1): D560–D565. doi :10.1093/nar/gkw1103. ISSN  1362-4962. PMC 5210574 . PMID  27903896. 
  8. ^ Páez-Espino, David; Chen, I.-Min A.; Palaniappan, Krishna; Ratner, Anna; Chu, Ken; Szeto, Ernesto; Pillay, Manoj; Huang, Jinghua; Markowitz, Víctor M. (4 de enero de 2017). "IMG/VR: una base de datos de retrovirus y virus de ADN cultivados y no cultivados". Investigación de ácidos nucleicos . 45 (D1): D457–D465. doi :10.1093/nar/gkw1030. ISSN  1362-4962. PMC 5210529 . PMID  27799466. 
  9. ^ Paez-Espino D, Roux S, Chen IA, Palaniappan K, Ratner A, Chu K, et al. (2019). "IMG/VR v.2.0: un sistema integrado de gestión y análisis de datos para genomas virales cultivados y ambientales". Nucleic Acids Res . 47 (D1): D678–D686. doi :10.1093/nar/gky1127. PMC 6323928 . PMID  30407573. 

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