La Copa de la Comunidad de Estados Independientes de 2006 fue la decimocuarta edición de la competición entre los campeones de las antiguas repúblicas de la Unión Soviética . El Neftchi de Bakú ganó por primera vez.
1 Neftchi obtuvo la victoria después de que Pyunik se negara a jugar contra el club azerbaiyano por cuestiones de seguridad (relacionadas con el conflicto en curso de Nagorno-Karabaj ). [1]