El análisis del número de copias es el proceso de analizar los datos producidos por una prueba de variación del número de copias de ADN en la muestra de un organismo. Una aplicación de dicho análisis es la detección de la variación del número de copias cromosómicas que puede causar o puede aumentar los riesgos de varios trastornos críticos. [1] [2] La variación del número de copias se puede detectar con varios tipos de pruebas, como la hibridación in situ fluorescente , la hibridación genómica comparativa y con pruebas basadas en matrices de alta resolución basadas en la hibridación genómica comparativa de matrices (o aCGH), tecnologías de matrices de SNP y microarreglos de alta resolución que incluyen sondas de número de copias, así como SNP. Los métodos basados en matrices han sido aceptados como los más eficientes en términos de su resolución y naturaleza de alto rendimiento y la mayor cobertura (elija una matriz con más de 2 millones de sondas) [3] y también se los conoce como cariotipo virtual . Sin embargo, el análisis de datos para una prueba de número de copias de ADN basada en matrices puede ser muy desafiante debido al gran volumen de datos que salen de una plataforma de matrices.
Históricamente, los conjuntos de BAC ( cromosomas artificiales bacterianos ) fueron la primera plataforma de microarrays que se utilizó para el análisis del número de copias de ADN. Esta plataforma se utiliza para identificar grandes deleciones o amplificaciones en el ADN. Estas anomalías, por ejemplo, son comunes en el cáncer y se pueden utilizar para el diagnóstico de muchos trastornos del desarrollo. Los datos producidos por estas plataformas suelen tener una resolución baja o media en términos de cobertura del genoma. Por lo general, esta tecnología produce mediciones de relación logarítmica para representar la desviación del estado del número de copias del paciente con respecto a lo normal. Luego, se estudian dichas mediciones y se anuncian aquellas que difieren significativamente del valor cero para representar una parte de un cromosoma con una anomalía (un estado anormal del número de copias). Las relaciones logarítmicas positivas indican una región de ganancia del número de copias de ADN y los valores de relación logarítmica negativos marcan una región de pérdida del número de copias de ADN. Incluso un único punto de datos puede declararse como una indicación de una ganancia o una pérdida del número de copias en los conjuntos de BAC.