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Estructura de la proteína

Protein primary structureProtein secondary structureProtein tertiary structureProtein quaternary structure
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Este diagrama (que es interactivo) de la estructura de las proteínas utiliza PCNA como ejemplo. ( PDB : 1AXC )

La estructura de las proteínas es la disposición tridimensional de los átomos en una molécula de cadena de aminoácidos . Las proteínas son polímeros  , específicamente polipéptidos  , formados a partir de secuencias de aminoácidos , que son los monómeros del polímero. Un solo monómero de aminoácido también puede llamarse residuo , lo que indica una unidad repetitiva de un polímero. Las proteínas se forman cuando los aminoácidos experimentan reacciones de condensación , en las que los aminoácidos pierden una molécula de agua por reacción para unirse entre sí con un enlace peptídico . Por convención, una cadena de menos de 30 aminoácidos a menudo se identifica como un péptido , en lugar de una proteína. [1] Para poder realizar su función biológica, las proteínas se pliegan en una o más conformaciones espaciales específicas impulsadas por una serie de interacciones no covalentes , como enlaces de hidrógeno , interacciones iónicas , fuerzas de Van der Waals y empaquetamiento hidrofóbico . Para comprender las funciones de las proteínas a nivel molecular, a menudo es necesario determinar su estructura tridimensional . Este es el tema del campo científico de la biología estructural , que emplea técnicas como la cristalografía de rayos X , la espectroscopia de RMN , la criomicroscopía electrónica (crio-EM) y la interferometría de polarización dual , para determinar la estructura de las proteínas.

Las estructuras proteicas varían en tamaño desde decenas hasta varios miles de aminoácidos. [2] Por tamaño físico, las proteínas se clasifican como nanopartículas , entre 1 y 100 nm. Se pueden formar complejos proteicos muy grandes a partir de subunidades proteicas . Por ejemplo, muchos miles de moléculas de actina se ensamblan en un microfilamento .

Una proteína suele sufrir cambios estructurales reversibles al realizar su función biológica. Las estructuras alternativas de la misma proteína se denominan conformaciones diferentes y las transiciones entre ellas se denominan cambios conformacionales .

Niveles de estructura de proteínas

Hay cuatro niveles distintos de estructura de proteínas.

Cuatro niveles de estructura de proteínas

Estructura primaria

La estructura primaria de una proteína se refiere a la secuencia de aminoácidos en la cadena polipeptídica. La estructura primaria se mantiene unida por enlaces peptídicos que se forman durante el proceso de biosíntesis de proteínas . Los dos extremos de la cadena polipeptídica se denominan extremo carboxilo (C-terminal) y extremo amino (N-terminal) según la naturaleza del grupo libre en cada extremo. El recuento de residuos siempre comienza en el extremo N-terminal ( grupo NH2), que es el extremo donde el grupo amino no está involucrado en un enlace peptídico. La estructura primaria de una proteína está determinada por el gen correspondiente a la proteína. Una secuencia específica de nucleótidos en el ADN se transcribe en ARNm , que es leído por el ribosoma en un proceso llamado traducción . La secuencia de aminoácidos en la insulina fue descubierta por Frederick Sanger , estableciendo que las proteínas tienen secuencias de aminoácidos definitorias. [3] [4] La secuencia de una proteína es única para esa proteína y define la estructura y función de la proteína. La secuencia de una proteína se puede determinar mediante métodos como la degradación de Edman o la espectrometría de masas en tándem . Sin embargo, a menudo se lee directamente de la secuencia del gen utilizando el código genético . Se recomienda estrictamente utilizar las palabras "residuos de aminoácidos" cuando se habla de proteínas porque cuando se forma un enlace peptídico, se pierde una molécula de agua y, por lo tanto, las proteínas están formadas por residuos de aminoácidos. Las modificaciones postraduccionales , como las fosforilaciones y las glicosilaciones , generalmente también se consideran parte de la estructura primaria y no se pueden leer a partir del gen. Por ejemplo, la insulina está compuesta de 51 aminoácidos en 2 cadenas. Una cadena tiene 31 aminoácidos y la otra tiene 20 aminoácidos.

Estructura secundaria

Una hélice α con enlaces de hidrógeno (puntos amarillos)

La estructura secundaria se refiere a subestructuras locales altamente regulares en la cadena principal del polipéptido real. Linus Pauling sugirió en 1951 dos tipos principales de estructura secundaria, la hélice α y la cadena β o láminas β . [5] Estas estructuras secundarias se definen por patrones de enlaces de hidrógeno entre los grupos peptídicos de la cadena principal. Tienen una geometría regular, estando restringidas a valores específicos de los ángulos diedros ψ y φ en el diagrama de Ramachandran . Tanto la hélice α como la lámina β representan una forma de saturar todos los donantes y aceptores de enlaces de hidrógeno en la cadena principal del péptido. Algunas partes de la proteína están ordenadas pero no forman ninguna estructura regular. No deben confundirse con la espiral aleatoria , una cadena polipeptídica desplegada que carece de cualquier estructura tridimensional fija. Varias estructuras secundarias secuenciales pueden formar una " unidad supersecundaria ". [6]

Estructura terciaria

La estructura terciaria se refiere a la estructura tridimensional creada por una sola molécula de proteína (una sola cadena polipeptídica ). Puede incluir uno o varios dominios . Las hélices α y las láminas plegadas β se pliegan en una estructura globular compacta . El plegamiento es impulsado por las interacciones hidrofóbicas no específicas , el entierro de residuos hidrofóbicos del agua , pero la estructura es estable solo cuando las partes de un dominio de proteína están bloqueadas en su lugar por interacciones terciarias específicas , como puentes salinos , enlaces de hidrógeno y el empaquetamiento apretado de cadenas laterales y enlaces disulfuro . Los enlaces disulfuro son extremadamente raros en las proteínas citosólicas, ya que el citosol (fluido intracelular) es generalmente un entorno reductor .

Estructura cuaternaria

La estructura cuaternaria es la estructura tridimensional que consiste en la agregación de dos o más cadenas polipeptídicas individuales (subunidades) que operan como una sola unidad funcional ( multímero ). El multímero resultante se estabiliza mediante las mismas interacciones no covalentes y enlaces disulfuro que en la estructura terciaria. Hay muchas posibles organizaciones de estructura cuaternaria. [7] Los complejos de dos o más polipéptidos (es decir, múltiples subunidades) se denominan multímeros . Específicamente, se llamaría dímero si contiene dos subunidades, trímero si contiene tres subunidades, tetrámero si contiene cuatro subunidades y pentámero si contiene cinco subunidades, y así sucesivamente. Las subunidades se relacionan frecuentemente entre sí mediante operaciones de simetría , como un eje de 2 pliegues en un dímero. Los multímeros formados por subunidades idénticas se denominan con el prefijo "homo-" y los formados por subunidades diferentes se denominan con el prefijo "hetero-", por ejemplo, un heterotetrámero, como las dos cadenas alfa y dos beta de la hemoglobina .

Homómeros

Un ensamblaje de múltiples copias de una cadena polipeptídica particular puede describirse como un homómero , multímero u oligómero . Bertolini et al. en 2021 [8] presentaron evidencia de que la formación de homómeros puede ser impulsada por la interacción entre cadenas polipeptídicas nacientes a medida que son traducidas del ARNm por ribosomas adyacentes cercanos . Se han identificado cientos de proteínas que se ensamblan en homómeros en células humanas. [8] El proceso de ensamblaje a menudo se inicia mediante la interacción de la región N-terminal de las cadenas polipeptídicas. En 1965 se revisó la evidencia de que numerosos productos genéticos forman homómeros (multímeros) en una variedad de organismos con base en evidencia de complementación intragénica . [9]

Dominios, motivos y pliegues en la estructura de las proteínas

Dominios proteicos. Las dos estructuras proteicas mostradas comparten un dominio común (marrón), el dominio PH , que está involucrado en la unión del fosfatidilinositol (3,4,5)-trifosfato.

Las proteínas se describen frecuentemente como compuestas de varias unidades estructurales. Estas unidades incluyen dominios, motivos y pliegues. A pesar de que existen alrededor de 100.000 proteínas diferentes expresadas en sistemas eucariotas , hay muchos menos dominios, motivos estructurales y pliegues diferentes.

Dominio estructural

Un dominio estructural es un elemento de la estructura general de la proteína que se autoestabiliza y a menudo se pliega independientemente del resto de la cadena proteica. Muchos dominios no son exclusivos de los productos proteicos de un gen o una familia de genes , sino que aparecen en una variedad de proteínas. Los dominios a menudo se nombran y se distinguen porque figuran de manera destacada en la función biológica de la proteína a la que pertenecen; por ejemplo, el " dominio de unión al calcio de la calmodulina ". Debido a que son estables de forma independiente, los dominios pueden "intercambiarse" mediante ingeniería genética entre una proteína y otra para formar proteínas quimeras . Una combinación conservadora de varios dominios que se encuentran en diferentes proteínas, como el dominio de la proteína tirosina fosfatasa y el par de dominios C2 , se denominó "superdominio" que puede evolucionar como una sola unidad. [10]

Motivos estructurales y secuenciales

Los motivos estructurales y de secuencia se refieren a segmentos cortos de la estructura tridimensional de una proteína o secuencia de aminoácidos que se encontraron en una gran cantidad de proteínas diferentes.

Estructura supersecundaria

Las estructuras terciarias de las proteínas pueden tener múltiples elementos secundarios en la misma cadena polipeptídica. La estructura supersecundaria se refiere a una combinación específica de elementos de estructura secundaria , como unidades β-α-β o un motivo hélice-giro-hélice . Algunos de ellos también pueden denominarse motivos estructurales.

Pliegue de proteína

Un pliegue de proteína se refiere a la arquitectura general de la proteína, como un haz de hélice , un barril β , un pliegue de Rossmann o diferentes "pliegues" proporcionados en la base de datos de Clasificación estructural de proteínas . [11] Un concepto relacionado es la topología de proteínas .

Dinámica de proteínas y conjuntos conformacionales

Las proteínas no son objetos estáticos, sino que pueblan conjuntos de estados conformacionales . Las transiciones entre estos estados ocurren típicamente en nanoescalas , y han sido vinculadas a fenómenos funcionalmente relevantes tales como señalización alostérica [12] y catálisis enzimática . [13] La dinámica de proteínas y los cambios conformacionales permiten que las proteínas funcionen como máquinas biológicas a nanoescala dentro de las células, a menudo en forma de complejos multiproteicos . [14] Los ejemplos incluyen proteínas motoras , tales como miosina , que es responsable de la contracción muscular , kinesina , que mueve carga dentro de las células lejos del núcleo a lo largo de microtúbulos , y dineína , que mueve carga dentro de las células hacia el núcleo y produce el latido axonemal de cilios móviles y flagelos . "En efecto, el cilio móvil es una nanomáquina compuesta por quizás más de 600 proteínas en complejos moleculares, muchos de los cuales también funcionan independientemente como nanomáquinas... Los enlaces flexibles permiten que los dominios proteicos móviles conectados por ellos recluten a sus socios de unión e induzcan alosterio de largo alcance a través de la dinámica de los dominios proteicos ". [15]

Vista esquemática de los dos principales enfoques de modelado de conjuntos. [16]

Las proteínas suelen considerarse estructuras terciarias relativamente estables que experimentan cambios conformacionales después de verse afectadas por interacciones con otras proteínas o como parte de la actividad enzimática. Sin embargo, las proteínas pueden tener distintos grados de estabilidad, y algunas de las variantes menos estables son proteínas intrínsecamente desordenadas . Estas proteínas existen y funcionan en un estado relativamente "desordenado" que carece de una estructura terciaria estable . Como resultado, son difíciles de describir mediante una única estructura terciaria fija . Se han ideado conjuntos conformacionales como una forma de proporcionar una representación más precisa y "dinámica" del estado conformacional de las proteínas intrínsecamente desordenadas . [17] [16]

Los archivos de conjuntos de proteínas son una representación de una proteína que se puede considerar que tiene una estructura flexible. La creación de estos archivos requiere determinar cuáles de las diversas conformaciones de proteínas teóricamente posibles existen realmente. Un enfoque es aplicar algoritmos computacionales a los datos de proteínas para intentar determinar el conjunto de conformaciones más probable para un archivo de conjunto . Existen múltiples métodos para preparar datos para la base de datos de conjuntos de proteínas que se dividen en dos metodologías generales: enfoques de agrupación y de dinámica molecular (MD) (diagramados en la figura). El enfoque basado en agrupación utiliza la secuencia de aminoácidos de la proteína para crear una gran cantidad de conformaciones aleatorias. Luego, esta agrupación se somete a un mayor procesamiento computacional que crea un conjunto de parámetros teóricos para cada conformación en función de la estructura. Se seleccionan los subconjuntos conformacionales de esta agrupación cuyos parámetros teóricos promedio coinciden estrechamente con los datos experimentales conocidos para esta proteína. El enfoque alternativo de dinámica molecular toma múltiples conformaciones aleatorias a la vez y las somete a todas a datos experimentales. Aquí, los datos experimentales sirven como limitaciones que se deben colocar en las conformaciones (por ejemplo, distancias conocidas entre átomos). Sólo se aceptan las conformaciones que logran permanecer dentro de los límites establecidos por los datos experimentales. Este enfoque a menudo aplica grandes cantidades de datos experimentales a las conformaciones, lo que es una tarea muy exigente desde el punto de vista computacional. [16]

Los conjuntos conformacionales se generaron para una serie de proteínas altamente dinámicas y parcialmente desplegadas, como Sic1 / Cdc4 , [18] p15 PAF , [19] MKK7 , [20] Beta-sinucleína [21] y P27 [22].

Plegamiento de proteínas

Tal como se traduce, los polipéptidos salen del ribosoma principalmente como una espiral aleatoria y se pliegan a su estado nativo . [23] [24] Generalmente se supone que la estructura final de la cadena de proteínas está determinada por su secuencia de aminoácidos ( dogma de Anfinsen ). [25]

Estabilidad de las proteínas

La estabilidad termodinámica de las proteínas representa la diferencia de energía libre entre los estados plegado y desplegado de la proteína. Esta diferencia de energía libre es muy sensible a la temperatura, por lo que un cambio de temperatura puede provocar el desplegado o la desnaturalización. La desnaturalización de la proteína puede provocar la pérdida de la función y la pérdida del estado nativo. La energía libre de estabilización de las proteínas globulares solubles normalmente no supera los 50 kJ/mol. [ cita requerida ] Teniendo en cuenta la gran cantidad de enlaces de hidrógeno que se producen para la estabilización de las estructuras secundarias y la estabilización del núcleo interno a través de interacciones hidrofóbicas, la energía libre de estabilización surge como una pequeña diferencia entre grandes cantidades. [26]

Determinación de la estructura de las proteínas

Ejemplos de estructuras de proteínas del PDB
Tasa de determinación de la estructura de proteínas por método y año

Alrededor del 90% de las estructuras proteínicas disponibles en el Protein Data Bank se han determinado mediante cristalografía de rayos X. [27] Este método permite medir la distribución tridimensional (3-D) de la densidad de electrones en la proteína, en el estado cristalizado , y de ese modo inferir las coordenadas 3-D de todos los átomos que se van a determinar con una cierta resolución. Aproximadamente el 7% de las estructuras proteínicas conocidas se han obtenido mediante técnicas de resonancia magnética nuclear (RMN). [28] Para complejos proteínicos más grandes, la microscopía crioelectrónica puede determinar las estructuras proteínicas. La resolución es típicamente menor que la de la cristalografía de rayos X, o RMN, pero la resolución máxima aumenta constantemente. Esta técnica sigue siendo particularmente valiosa para complejos proteínicos muy grandes, como las proteínas de la cubierta del virus y las fibras amiloides .

La composición general de la estructura secundaria se puede determinar mediante dicroísmo circular . La espectroscopia vibracional también se puede utilizar para caracterizar la conformación de péptidos, polipéptidos y proteínas. [29] La espectroscopia infrarroja bidimensional se ha convertido en un método valioso para investigar las estructuras de péptidos y proteínas flexibles que no se pueden estudiar con otros métodos. [30] [31] A menudo se obtiene una imagen más cualitativa de la estructura de la proteína mediante proteólisis , que también es útil para detectar muestras de proteínas más cristalizables. Las nuevas implementaciones de este enfoque, incluida la proteólisis paralela rápida (FASTpp) , pueden investigar la fracción estructurada y su estabilidad sin la necesidad de purificación. [32] Una vez que se ha determinado experimentalmente la estructura de una proteína, se pueden realizar estudios más detallados computacionalmente, utilizando simulaciones dinámicas moleculares de esa estructura. [33]

Bases de datos de estructura de proteínas

Una base de datos de estructura de proteínas es una base de datos que se modela en torno a las diversas estructuras de proteínas determinadas experimentalmente. El objetivo de la mayoría de las bases de datos de estructura de proteínas es organizar y anotar las estructuras de proteínas, proporcionando a la comunidad biológica acceso a los datos experimentales de una manera útil. Los datos incluidos en las bases de datos de estructura de proteínas a menudo incluyen coordenadas 3D, así como información experimental, como las dimensiones de la celda unitaria y los ángulos para las estructuras determinadas por cristalografía de rayos X. Aunque la mayoría de los casos, en este caso las proteínas o las determinaciones de la estructura específica de una proteína, también contienen información de secuencia y algunas bases de datos incluso proporcionan medios para realizar consultas basadas en secuencias, el atributo principal de una base de datos de estructura es la información estructural, mientras que las bases de datos de secuencias se centran en la información de secuencias y no contienen información estructural para la mayoría de las entradas. Las bases de datos de estructura de proteínas son fundamentales para muchos esfuerzos en biología computacional , como el diseño de fármacos basado en la estructura , tanto en el desarrollo de los métodos computacionales utilizados como en el suministro de un gran conjunto de datos experimentales utilizados por algunos métodos para proporcionar información sobre la función de una proteína. [34]

Clasificaciones estructurales de las proteínas

Las estructuras de proteínas se pueden agrupar en función de su similitud estructural, clase topológica o un origen evolutivo común . La base de datos de Clasificación estructural de proteínas [35] y la base de datos CATH [36] proporcionan dos clasificaciones estructurales diferentes de proteínas. Cuando la similitud estructural es grande, las dos proteínas posiblemente hayan divergido de un ancestro común, [37] y la estructura compartida entre proteínas se considera evidencia de homología . La similitud estructural se puede utilizar entonces para agrupar proteínas en superfamilias de proteínas . [38] Si la estructura compartida es significativa pero la fracción compartida es pequeña, el fragmento compartido puede ser la consecuencia de un evento evolutivo más dramático como la transferencia horizontal de genes , y la unión de proteínas que comparten estos fragmentos en superfamilias de proteínas ya no está justificada. [37] La ​​topología de una proteína también se puede utilizar para clasificar proteínas. La teoría de nudos y la topología de circuitos son dos marcos topológicos desarrollados para la clasificación de pliegues de proteínas basados ​​en el cruce de cadenas y los contactos intracadena respectivamente.

Predicción computacional de la estructura de proteínas

La generación de una secuencia de proteínas es mucho más sencilla que la determinación de su estructura. Sin embargo, la estructura de una proteína proporciona mucha más información sobre su función que su secuencia. Por lo tanto, se han desarrollado varios métodos para la predicción computacional de la estructura de una proteína a partir de su secuencia. [39] Los métodos de predicción ab initio utilizan solo la secuencia de la proteína. Los métodos de modelado por homología y enhebrado pueden construir un modelo 3D para una proteína de estructura desconocida a partir de estructuras experimentales de proteínas relacionadas evolutivamente, llamadas familia de proteínas .

Véase también

Referencias

  1. ^ Stoker HS (1 de enero de 2015). Química orgánica y biológica. Cengage Learning. pág. 371. ISBN 978-1-305-68645-8.
  2. ^ Brocchieri L, Karlin S (10 de junio de 2005). "Longitud de las proteínas en los proteomas eucariotas y procariotas". Nucleic Acids Research . 33 (10): 3390–3400. doi :10.1093/nar/gki615. PMC 1150220 . PMID  15951512. 
  3. ^ Sanger F, Tuppy H (septiembre de 1951). "La secuencia de aminoácidos en la cadena fenilalanilo de la insulina. I. La identificación de péptidos inferiores a partir de hidrolizados parciales". The Biochemical Journal . 49 (4): 463–481. doi :10.1042/bj0490463. PMC 1197535 . PMID  14886310. 
  4. ^ Sanger F (mayo de 1959). «Química de la insulina; la determinación de la estructura de la insulina abre el camino a una mayor comprensión de los procesos vitales». Science . 129 (3359): 1340–1344. Bibcode :1959Sci...129.1340G. doi :10.1126/science.129.3359.1340. PMID  13658959.
  5. ^ Pauling L, Corey RB, Branson HR (abril de 1951). "La estructura de las proteínas; dos configuraciones helicoidales unidas por enlaces de hidrógeno de la cadena polipeptídica". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 37 (4): 205–211. Bibcode :1951PNAS...37..205P. doi : 10.1073/pnas.37.4.205 . PMC 1063337 . PMID  14816373. 
  6. ^ Chiang YS, Gelfand TI, Kister AE, Gelfand IM (septiembre de 2007). "Nueva clasificación de estructuras supersecundarias de proteínas tipo sándwich revela patrones estrictos de ensamblaje de cadenas". Proteins . 68 (4): 915–921. doi :10.1002/prot.21473. PMID  17557333. S2CID  29904865.
  7. ^ Moutevelis E, Woolfson DN (enero de 2009). "Tabla periódica de estructuras de proteínas superenrolladas". Journal of Molecular Biology . 385 (3): 726–732. doi :10.1016/j.jmb.2008.11.028. PMID  19059267.
  8. ^ ab Bertolini M, Fenzl K, Kats I, Wruck F, Tippmann F, Schmitt J, Auburger JJ, Tans S, Bukau B, Kramer G (enero de 2021). "Las interacciones entre proteínas nacientes traducidas por ribosomas adyacentes impulsan el ensamblaje de homómeros". Science . 371 (6524): 57–64. doi :10.1126/science.abc7151. PMC 7613021 . PMID  33384371. 
  9. ^ BERNSTEIN H, EDGAR RS, DENHARDT GH (junio de 1965). "COMPLEMENTACIÓN INTRAGÉNICA ENTRE MUTANTES SENSIBLES A LA TEMPERATURA DEL BACTERIOFAGO T4D". Genética . 51 (6): 987–1002. doi :10.1093/genetics/51.6.987. PMC 1210828 . PMID  14337770. 
  10. ^ Haynie DT, Xue B (mayo de 2015). "Superdominios en la jerarquía de la estructura de proteínas: el caso de PTP-C2". Protein Science . 24 (5): 874–882. ​​doi :10.1002/pro.2664. PMC 4420535 . PMID  25694109. 
  11. ^ Govindarajan S, Recabarren R, Goldstein RA (junio de 1999). "Estimación del número total de pliegues de proteínas". Proteins . 35 (4): 408–414. doi :10.1002/(SICI)1097-0134(19990601)35:4<408::AID-PROT4>3.0.CO;2-A. hdl : 2027.42/34969 . PMID  10382668. S2CID  7147867. Archivado desde el original el 5 de enero de 2013.
  12. ^ Bu Z, Callaway DJ (2011). "¡Las proteínas se mueven! Dinámica proteica y alosterio de largo alcance en la señalización celular". Estructura proteica y enfermedades . Avances en química proteica y biología estructural. Vol. 83. Academic Press. págs. 163–221. doi :10.1016/B978-0-12-381262-9.00005-7. ISBN . 9780123812629. Número de identificación personal  21570668.
  13. ^ Fraser JS, Clarkson MW, Degnan SC, Erion R, Kern D, Alber T (diciembre de 2009). "Estructuras alternativas ocultas de la prolina isomerasa esenciales para la catálisis". Nature . 462 (7273): 669–673. Bibcode :2009Natur.462..669F. doi :10.1038/nature08615. PMC 2805857 . PMID  19956261. 
  14. ^ Voet D, Voet JG (2011). Bioquímica (4ª ed.). Hoboken, Nueva Jersey: John Wiley & Sons. ISBN 9780470570951.OCLC 690489261  .
  15. ^ Satir P, Christensen ST (junio de 2008). "Estructura y función de los cilios de los mamíferos". Histoquímica y biología celular . 129 (6): 687–693. doi :10.1007/s00418-008-0416-9. PMC 2386530 . PMID  18365235. 1432-119X. 
  16. ^ abc Varadi M, Vranken W, Guharoy M, Tompa P (1 de enero de 2015). "Enfoques computacionales para inferir las funciones de proteínas intrínsecamente desordenadas". Frontiers in Molecular Biosciences . 2 : 45. doi : 10.3389/fmolb.2015.00045 . PMC 4525029 . PMID  26301226. 
  17. ^ Base de datos de conjuntos de proteínas
  18. ^ Mittag T, Marsh J, Grishaev A, Orlicky S, Lin H, Sicheri F, et al. (marzo de 2010). "Implicaciones de estructura/función en un complejo dinámico de la Sic1 intrínsecamente desordenada con la subunidad Cdc4 de una ligasa de ubiquitina SCF". Structure . 18 (4): 494–506. doi :10.1016/j.str.2010.01.020. PMC 2924144 . PMID  20399186. 
  19. ^ De Biasio A, Ibáñez de Opakua A, Cordeiro TN, Villate M, Merino N, Sibille N, et al. (febrero de 2014). "p15PAF es una proteína intrínsecamente desordenada con preferencias estructurales no aleatorias en sitios de interacción con otras proteínas". Revista Biofísica . 106 (4): 865–874. Bibcode :2014BpJ...106..865D. doi :10.1016/j.bpj.2013.12.046. PMC 3944474 . PMID  24559989. 
  20. ^ Kragelj J, Palencia A, Nanao MH, Maurin D, Bouvignies G, Blackledge M, Jensen MR (marzo de 2015). "Estructura y dinámica del complejo de señalización MKK7-JNK". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 112 (11): 3409–3414. Bibcode :2015PNAS..112.3409K. doi : 10.1073/pnas.1419528112 . PMC 4371970 . PMID  25737554. 
  21. ^ Allison JR, Rivers RC, Christodoulou JC, Vendruscolo M, Dobson CM (noviembre de 2014). "Una relación entre la estructura transitoria en el estado monomérico y las propensiones de agregación de la α-sinucleína y la β-sinucleína". Bioquímica . 53 (46): 7170–7183. doi :10.1021/bi5009326. PMC 4245978 . PMID  25389903. 
  22. ^ Sivakolundu SG, Bashford D, Kriwacki RW (noviembre de 2005). "El p27Kip1 desordenado exhibe una estructura intrínseca similar a la conformación unida a Cdk2/ciclina A". Journal of Molecular Biology . 353 (5): 1118–1128. doi :10.1016/j.jmb.2005.08.074. PMID  16214166.
  23. ^ Zhang G, Ignatova Z (febrero de 2011). "Plegamiento en el nacimiento de la cadena naciente: coordinación de la traducción con plegamiento co-traduccional". Current Opinion in Structural Biology . 21 (1): 25–31. doi :10.1016/j.sbi.2010.10.008. PMID  21111607.
  24. ^ Alberts B , Johnson A, Lewis J, Raff M, Roberts K, Walters P (2002). "La forma y la estructura de las proteínas". Biología molecular de la célula (cuarta edición). Nueva York y Londres: Garland Science. ISBN 978-0-8153-3218-3.
  25. ^ Anfinsen CB (julio de 1972). "La formación y estabilización de la estructura de las proteínas". The Biochemical Journal . 128 (4): 737–749. doi :10.1042/bj1280737. PMC 1173893 . PMID  4565129. 
  26. ^ Jaenicke R (enero de 1990). "Estructura y función de las proteínas a bajas temperaturas". Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Serie B, Ciencias Biológicas . 326 (1237): 535–553. Bibcode :1990RSPTB.326..535J. doi : 10.1098/rstb.1990.0030 . JSTOR  2398703. PMID  1969647.
  27. ^ Kendrew JC, Bodo G, Dintzis HM, Parrish RG, Wyckoff H, Phillips DC (marzo de 1958). "Un modelo tridimensional de la molécula de mioglobina obtenida por análisis de rayos X". Nature . 181 (4610): 662–666. Bibcode :1958Natur.181..662K. doi :10.1038/181662a0. PMID  13517261. S2CID  4162786.
  28. ^ "Estadísticas del PDB". 1 de octubre de 2022.
  29. ^ Krimm S, Bandekar J (1986). "Espectroscopia vibracional y conformación de péptidos, polipéptidos y proteínas". Advances in Protein Chemistry Volumen 38. Vol. 38. págs. 181–364. doi :10.1016/S0065-3233(08)60528-8. ISBN 9780120342389. Número PMID  3541539. {{cite book}}: |journal=ignorado ( ayuda )
  30. ^ Lessing J, Roy S, Reppert M, Baer M, Marx D, Jansen TL, et al. (marzo de 2012). "Identificación de la estructura residual en sistemas intrínsecamente desordenados: un estudio espectroscópico IR 2D del péptido GVGXPGVG" (PDF) . Revista de la Sociedad Química Estadounidense . 134 (11): 5032–5035. doi :10.1021/ja2114135. hdl : 11370/ff19c09b-088a-48f0-afee-2111a9b19252 . PMID  22356513.
  31. ^ Jansen TL, Knoester J (marzo de 2008). "Espectroscopia de transferencia de población infrarroja bidimensional para mejorar los marcadores estructurales de las proteínas". Biophysical Journal . 94 (5): 1818–1825. Bibcode :2008BpJ....94.1818J. doi :10.1529/biophysj.107.118851. PMC 2242754 . PMID  17981904. 
  32. ^ Minde DP, Maurice MM, Rüdiger SG (2012). "Determinación de la estabilidad biofísica de las proteínas en lisados ​​mediante un ensayo de proteólisis rápida, FASTpp". PLOS ONE . ​​7 (10): e46147. Bibcode :2012PLoSO...746147M. doi : 10.1371/journal.pone.0046147 . PMC 3463568 . PMID  23056252. 
  33. ^ Kumari I, Sandhu P, Ahmed M, Akhter Y (agosto de 2017). "Simulaciones de dinámica molecular, desafíos y oportunidades: la perspectiva de un biólogo". Current Protein & Peptide Science . 18 (11): 1163–1179. doi :10.2174/1389203718666170622074741. PMID  28637405.
  34. ^ Laskowski RA (junio de 2011). "Bases de datos de estructura de proteínas". Biotecnología molecular . 48 (2): 183–198. doi :10.1007/s12033-010-9372-4. PMID  21225378. S2CID  45184564.
  35. ^ Murzin AG, Brenner SE , Hubbard T , Chothia C (abril de 1995). "SCOP: una base de datos de clasificación estructural de proteínas para la investigación de secuencias y estructuras" (PDF) . Journal of Molecular Biology . 247 (4): 536–540. doi :10.1016/S0022-2836(05)80134-2. PMID  7723011. Archivado desde el original (PDF) el 26 de abril de 2012.
  36. ^ Orengo CA , Michie AD, Jones S, Jones DT, Swindells MB, Thornton JM (agosto de 1997). "CATH: una clasificación jerárquica de las estructuras de los dominios proteínicos". Structure . 5 (8): 1093–1108. doi : 10.1016/S0969-2126(97)00260-8 . PMID  9309224.
  37. ^ ab Pascual-García A, Abia D, Ortiz AR, Bastolla U (marzo de 2009). "Cruce entre el espacio de estructura de proteínas discreto y continuo: perspectivas sobre clasificación automática y redes de estructuras de proteínas". PLOS Computational Biology . 5 (3): e1000331. Bibcode :2009PLSCB...5E0331P. doi : 10.1371/journal.pcbi.1000331 . PMC 2654728 . PMID  19325884. 
  38. ^ Holm L, Rosenström P (julio de 2010). "Servidor Dali: mapeo de conservación en 3D". Nucleic Acids Research . 38 (número de servidor web): W545–W549. doi :10.1093/nar/gkq366. PMC 2896194 . PMID  20457744. 
  39. ^ Zhang Y (junio de 2008). "Progreso y desafíos en la predicción de la estructura de proteínas". Current Opinion in Structural Biology . 18 (3): 342–348. doi :10.1016/j.sbi.2008.02.004. PMC 2680823 . PMID  18436442. 

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