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Condensado biomolecular

Formación y ejemplos de organelos sin membrana

En bioquímica , los condensados ​​biomoleculares son una clase de orgánulos sin membrana y subdominios de orgánulos que llevan a cabo funciones especializadas dentro de la célula . A diferencia de muchos orgánulos, la composición de los condensados ​​biomoleculares no está controlada por una membrana delimitadora. En cambio, los condensados ​​pueden formarse y mantener la organización a través de una variedad de procesos diferentes, el más conocido de los cuales es la separación de fases de proteínas , ARN y otros biopolímeros en emulsiones coloidales , geles , cristales líquidos , cristales sólidos o agregados dentro de las células. [1]

Historia

Teoría micelar

Granos de almidón de maíz

La teoría micelar de Carl Nägeli se desarrolló a partir de su estudio detallado de los gránulos de almidón en 1858. [2] Se propuso que las sustancias amorfas como el almidón y la celulosa estaban formadas por bloques de construcción, empaquetados en una disposición cristalina suelta para formar lo que más tarde denominó "micelas". El agua podía penetrar entre las micelas y podían formarse nuevas micelas en los intersticios entre las micelas antiguas. La hinchazón de los granos de almidón y su crecimiento se describió mediante un modelo de agregados moleculares, que también aplicó a la celulosa de la pared celular de la planta. El uso moderno de " micela " se refiere estrictamente a los lípidos, pero su uso original se extendió claramente a otros tipos de biomoléculas , y este legado se refleja hasta el día de hoy en la descripción de la leche como compuesta de " micelas de caseína ".

Teoría de la separación de fases coloidales

Gránulos de glucógeno en la espermiogénesis en Pleurogenidae (Digenea)

El concepto de coloides intracelulares como principio organizador para la compartimentación de las células vivas se remonta a finales del siglo XIX, comenzando con William Bate Hardy y Edmund Beecher Wilson, quienes describieron el citoplasma (entonces llamado ' protoplasma ') como un coloide . [3] [4] Casi al mismo tiempo, Thomas Harrison Montgomery Jr. describió la morfología del nucléolo , un orgánulo dentro del núcleo, que posteriormente se ha demostrado que se forma a través de la separación de fases intracelular. [5] WB Hardy vinculó la formación de coloides biológicos con la separación de fases en su estudio de las globulinas , afirmando que: "La globulina se dispersa en el disolvente como partículas que son las partículas coloidales y que son tan grandes como para formar una fase interna", [6] y contribuyó además a la descripción física básica de la separación de fases aceite-agua. [7]

La separación de fases coloidales como fuerza impulsora de la organización celular atrajo fuertemente a Stéphane Leduc , quien escribió en su influyente libro de 1911 El mecanismo de la vida : "Por lo tanto, el estudio de la vida puede comenzar mejor con el estudio de aquellos fenómenos físico-químicos que resultan del contacto de dos líquidos diferentes. La biología es, por lo tanto, sólo una rama de la físico-química de los líquidos; incluye el estudio de las soluciones electrolíticas y coloidales, y de las fuerzas moleculares que entran en juego por la solución, la ósmosis, la difusión, la cohesión y la cristalización". [8]

La teoría de la sopa primordial para el origen de la vida, propuesta por Alexander Oparin en ruso en 1924 (publicada en inglés en 1936) [9] y por JBS Haldane en 1929, [10] sugería que la vida fue precedida por la formación de lo que Haldane llamó una "sopa caliente diluida" de " sustancias orgánicas coloidales ", y a las que Oparin se refirió como " coacervados " (en honor a De Jong [11] ) - partículas compuestas de dos o más coloides que podrían ser proteínas, lípidos o ácidos nucleicos. Estas ideas influyeron fuertemente en el trabajo posterior de Sidney W. Fox sobre microesferas proteinoides.

Apoyo de otras disciplinas

Caseína micelar

Cuando los biólogos celulares abandonaron en gran medida la separación de fases coloidales , quedó en manos de personas relativamente ajenas al tema (científicos agrícolas y físicos) la tarea de realizar mayores avances en el estudio de las biomoléculas que separan fases en las células.

A principios de la década de 1970, Harold M Farrell Jr. del Departamento de Agricultura de los EE. UU. desarrolló un modelo de separación de fases coloidal para las micelas de caseína de la leche que se forman dentro de las células de las glándulas mamarias antes de su secreción como leche. [12]

También en la década de 1970, los físicos Tanaka y Benedek del MIT identificaron el comportamiento de separación de fases de las proteínas gamma-cristalinas de las células epiteliales del cristalino y las cataratas en solución, [13] [14] [15] [16] [17] a lo que Benedek se refirió como " condensación de proteínas" . [18]

Epitelio del cristalino que contiene cristalina. Manual de fisiología (1892)

En las décadas de 1980 y 1990, el laboratorio de física de polímeros de Athene Donald en Cambridge caracterizó ampliamente las transiciones de fase / separación de fases de los gránulos de almidón del citoplasma de las células vegetales, que se comportan como cristales líquidos . [19] [20] [21] [22] [23] [24] [25] [26]

En 1991, Pierre-Gilles de Gennes recibió el Premio Nobel de Física por desarrollar una teoría generalizada de las transiciones de fase con aplicaciones particulares para describir el ordenamiento y las transiciones de fase en polímeros. [27] Desafortunadamente, de Gennes escribió en Nature que los polímeros deberían distinguirse de otros tipos de coloides , aunque pueden mostrar un comportamiento similar de agrupamiento y separación de fases , [28] una postura que se ha reflejado en el uso reducido del término coloide para describir el comportamiento de asociación de orden superior de los biopolímeros en la biología celular moderna y el autoensamblaje molecular .

Separación de fases revisada

Los avances en microscopía confocal a finales del siglo XX identificaron proteínas , ARN o carbohidratos localizados en muchos compartimentos celulares no unidos a la membrana dentro del citoplasma o el núcleo , que se denominaron de diversas formas "puncta/puntos", [29] [30] [31] [32] " señalosomas ", [33] [34] " gránulos ", [35] " cuerpos ", " ensamblajes ", [32] " paraspeckles ", " purinosomas ", [36] " inclusiones ", " agregados " o " fábricas ". Durante este período de tiempo (1995-2008), el concepto de separación de fases se retomó de la química coloidal y la física de polímeros y se propuso que subyace a la compartimentación citoplasmática y nuclear . [37] [38] [39] [40] [41] [42] [43] [44] [45] [46]

Desde 2009, se ha observado evidencia adicional de biomacromoléculas que experimentan transiciones de fase intracelulares ( separación de fases ) en muchos contextos diferentes, tanto dentro de las células como en experimentos in vitro reconstituidos. [47] [48] [49] [50] [51] [52] [53]

El término recientemente acuñado " condensado biomolecular " [54] se refiere a polímeros biológicos (a diferencia de polímeros sintéticos ) que experimentan un autoensamblaje a través de agrupamiento para aumentar la concentración local de los componentes que se ensamblan, y es análogo a la definición física de condensación . [55] [54]

En física, la condensación generalmente se refiere a una transición de fase gas-líquido .

En biología, el término "condensación" se utiliza de forma mucho más amplia y también puede referirse a la separación de fases líquido-líquido para formar emulsiones coloidales o cristales líquidos dentro de las células, y a la separación de fases líquido-sólido para formar geles , [1] soles o suspensiones dentro de las células, así como a las transiciones de fase líquido-sólido , como la condensación de ADN durante la profase del ciclo celular o la condensación de proteínas de cristalinas en cataratas . [18] Con esto en mente, el término "condensados ​​biomoleculares" se introdujo deliberadamente para reflejar esta amplitud (véase más abajo). Dado que la condensación biomolecular generalmente implica interacciones oligoméricas o poliméricas entre un número indefinido de componentes, generalmente se considera distinta de la formación de complejos proteicos estequiométricos más pequeños con un número definido de subunidades, como las cápsides virales o el proteasoma, aunque ambos son ejemplos de autoensamblaje o autoorganización molecular espontánea .

Desde el punto de vista mecanístico, parece que el paisaje conformacional [56] (en particular, si está enriquecido en estados desordenados extendidos) y las interacciones multivalentes entre proteínas intrínsecamente desordenadas (incluida la polimerización beta cruzada), [57] y/o dominios proteicos que inducen agrupamiento oligomérico o polimérico de cabeza a cola, [58] podrían desempeñar un papel en la separación de fases de las proteínas.

Ejemplos

Dinámica de los gránulos de tensión

Se han caracterizado muchos ejemplos de condensados ​​biomoleculares en el citoplasma y el núcleo que se cree que surgen por separación de fases líquido-líquido o líquido-sólido.

Condensados ​​citoplasmáticos

Condensados ​​nucleares

Formación y ejemplos de cuerpos nucleares

Otras estructuras nucleares, incluida la heterocromatina, se forman mediante mecanismos similares a la separación de fases, por lo que también pueden clasificarse como condensados ​​biomoleculares.

Condensados ​​asociados a la membrana plasmática

Condensados ​​extracelulares secretados

Organelos encerrados en lípidos ylipoproteínasNo se consideran condensados

Los orgánulos o endosomas típicos encerrados por una bicapa lipídica no se consideran condensados ​​biomoleculares. Además, las gotitas de lípidos están rodeadas por una monocapa lipídica en el citoplasma, o en la leche , o en las lágrimas, [67] por lo que parecen caer dentro de la categoría "unidas a la membrana". Finalmente, las partículas de lipoproteínas LDL y HDL secretadas también están encerradas por una monocapa lipídica. La formación de estas estructuras implica la separación de fases a partir de micelas coloidales o bicapas de cristal líquido , pero no se clasifican como condensados ​​biomoleculares, ya que este término está reservado para orgánulos no unidos a la membrana.

Separación de fases líquido-líquido (LLPS) en biología

Partición biomolecular

Condensados ​​biomoleculares líquidos

La separación de fases líquido-líquido (LLPS) genera un subtipo de coloide conocido como emulsión que puede fusionarse para formar gotas grandes dentro de un líquido. La ordenación de las moléculas durante la separación de fases líquido-líquido puede generar cristales líquidos en lugar de emulsiones . En las células, la LLPS produce una subclase líquida de condensado biomolecular que puede comportarse como una emulsión o un cristal líquido .

El término condensados ​​biomoleculares se introdujo en el contexto de los ensamblajes intracelulares como un término conveniente y no excluyente para describir ensamblajes no estequiométricos de biomoléculas. [54] La elección del lenguaje aquí es específica e importante. Se ha propuesto que muchos condensados ​​biomoleculares se forman a través de la separación de fases líquido-líquido (LLPS) para formar emulsiones coloidales o cristales líquidos en organismos vivos, a diferencia de la separación de fases líquido-sólido para formar cristales / agregados en geles , [1] soles o suspensiones dentro de células o secreciones extracelulares. [68] Sin embargo, demostrar inequívocamente que un cuerpo celular se forma a través de la separación de fases líquido-líquido es un desafío, [69] [47] [70] [71] porque los diferentes estados materiales (líquido vs. gel vs. sólido) no siempre son fáciles de distinguir en células vivas. [72] [73] El término "condensado biomolecular" aborda directamente este desafío al no hacer suposiciones sobre el mecanismo físico a través del cual se logra el ensamblaje ni sobre el estado material del ensamblaje resultante. En consecuencia, los cuerpos celulares que se forman a través de la separación de fases líquido-líquido son un subconjunto de condensados ​​biomoleculares, al igual que aquellos en los que se desconocen los orígenes físicos del ensamblaje. Históricamente, muchos compartimentos celulares no unidos a membranas identificados microscópicamente caen bajo el amplio paraguas de condensados ​​biomoleculares.

En física, la separación de fases se puede clasificar en los siguientes tipos de coloides , de los cuales los condensados ​​biomoleculares son un ejemplo:

En biología, las formas más relevantes de separación de fases son líquido-líquido o líquido-sólido, aunque se han descrito vesículas de gas rodeadas por una capa proteica de fase separada en el citoplasma de algunos microorganismos. [76]

Señalización Wnt

Uno de los primeros ejemplos descubiertos de un condensado biomolecular líquido intracelular altamente dinámico con una función fisiológica clara fueron los complejos supramoleculares ( señalosomas de Wnt ) formados por componentes de la vía de señalización de Wnt . [44] [61] [62] La proteína Dishevelled (Dsh o Dvl) sufre agrupamiento en el citoplasma a través de su dominio DIX, que media el agrupamiento de proteínas (polimerización) y la separación de fases, y es importante para la transducción de señales. [29] [30] [31] [32] [34] [44] La proteína Dsh funciona tanto en polaridad planar como en señalización de Wnt, donde recluta otro complejo supramolecular (el complejo Axin) a los receptores Wnt en la membrana plasmática. La formación de estas gotitas que contienen Dishevelled y Axin se conserva en todos los metazoos, incluso en Drosophila , Xenopus y células humanas.

Gránulos P

Otro ejemplo de gotitas líquidas en las células son los gránulos P de la línea germinal en Caenorhabditis elegans . [68] [47] Estos gránulos se separan del citoplasma y forman gotitas, como el aceite lo hace del agua. Tanto los gránulos como el citoplasma circundante son líquidos en el sentido de que fluyen en respuesta a fuerzas, y dos de los gránulos pueden fusionarse cuando entran en contacto. Cuando se estudian (algunas de) las moléculas en los gránulos (a través de la recuperación de fluorescencia después del fotoblanqueo ), se descubre que se renuevan rápidamente en las gotitas, lo que significa que las moléculas se difunden dentro y fuera de los gránulos, tal como se espera en una gotita de líquido . Las gotitas también pueden crecer hasta tener muchas moléculas de ancho (micrómetros) [47] Los estudios de gotitas de la proteína LAF-1 de Caenorhabditis elegans in vitro [77] también muestran un comportamiento similar al líquido, con una viscosidad aparente de Pa s. Esto es aproximadamente diez mil veces mayor que el agua a temperatura ambiente, pero es lo suficientemente pequeño como para permitir que las gotitas de LAF-1 fluyan como un líquido. En general, la fuerza de interacción ( afinidad ) [78] y la valencia (número de sitios de unión) [53] de las biomoléculas que se separan en fases influyen en la viscosidad de sus condensados, así como en su tendencia general a separarse en fases.

Separación de fases líquido-líquido en enfermedades humanas

Cada vez hay más pruebas que sugieren que las anomalías en la formación de condensados ​​biomoleculares pueden provocar una serie de patologías humanas [79] como el cáncer y las enfermedades neurodegenerativas . [80] [81]

Condensados ​​biomoleculares sintéticos

Los condensados ​​biomoleculares se pueden sintetizar para diversos fines. Los condensados ​​biomoleculares sintéticos se inspiran en condensados ​​biomoleculares endógenos , como los nucléolos , los cuerpos de P y los gránulos de estrés , que son esenciales para la organización y el funcionamiento normal de las células . [82] [83]

Los condensados ​​sintéticos son una herramienta importante en biología sintética y tienen una amplia y creciente gama de aplicaciones. Los condensados ​​sintéticos diseñados permiten investigar la organización celular y posibilitan la creación de nuevos materiales biológicos funcionalizados, que tienen el potencial de servir como plataformas de administración de fármacos y agentes terapéuticos . [84]

Diseño y control

A pesar de la naturaleza dinámica y la falta de especificidad de unión que gobiernan la formación de condensados ​​biomoleculares, los condensados ​​sintéticos aún pueden diseñarse para exhibir diferentes comportamientos. Una forma popular de conceptualizar las interacciones de condensados ​​y ayudar en el diseño es a través del marco de "pegatina-espaciador". [85] Los sitios de interacción multivalentes, o "pegatinas", están separados por "espaciadores", que proporcionan la flexibilidad conformacional y separan físicamente los módulos de interacción individuales entre sí. Las regiones de proteínas identificadas como "pegatinas" generalmente consisten en regiones intrínsecamente desordenadas (IDR) que actúan como biopolímeros "pegajosos" a través de parches cortos de residuos interactuantes modelados a lo largo de su cadena no estructurada, que promueven colectivamente LLPS . [86] Al modificar el marco de etiqueta-espaciador, es decir, las secuencias de polipéptidos y ARN, así como sus composiciones de mezcla, las propiedades materiales ( regímenes viscosos y elásticos ) de los condensados ​​​​se pueden ajustar para diseñar condensados ​​​​novedosos. [87]

Se pueden utilizar otras herramientas fuera del ajuste del marco de espaciador-pegatina para dar nueva funcionalidad y permitir un alto control temporal y espacial sobre los condensados ​​sintéticos. Una forma de obtener control temporal sobre la formación y disolución de condensados ​​biomoleculares es mediante el uso de herramientas optogenéticas . Se han desarrollado varios sistemas diferentes que permiten el control de la formación y disolución de condensados ​​que dependen de la expresión de proteínas quiméricas y la activación de moléculas pequeñas o de luz. [88] En un sistema, [89] las proteínas se expresan en una célula que contiene dominios de oligomerización activados por luz fusionados a IDR. Tras la irradiación con una longitud de onda de luz específica , los dominios de oligomerización se unen entre sí y forman un "núcleo", que también acerca múltiples IDR porque están fusionados a los dominios de oligomerización. El reclutamiento de múltiples IDR crea efectivamente un nuevo biopolímero con mayor valencia . Esta mayor valencia permite que los IDR formen interacciones multivalentes y desencadenen LLPS . Cuando se detiene la luz de activación, los dominios de oligomerización se desmontan, lo que provoca la disolución del condensado. Un sistema similar [90] logra el mismo control temporal de la formación de condensado mediante el uso de dimerizadores "enjaulados" sensibles a la luz . En este caso, la activación por luz elimina la jaula del dimerizador, lo que le permite reclutar IDR a núcleos multivalentes, lo que luego desencadena la separación de fases. La activación por luz de una longitud de onda diferente da como resultado la escisión del dimerizador, lo que luego libera los IDR del núcleo y, en consecuencia, disuelve el condensado. Este sistema de dimerizador requiere cantidades significativamente reducidas de luz láser para funcionar, lo que es ventajoso porque la luz de alta intensidad puede ser tóxica para las células.

Los sistemas optogenéticos también pueden modificarse para obtener control espacial sobre la formación de condensados. Se han desarrollado múltiples enfoques para hacerlo. En un enfoque, [91] que localiza condensados ​​en regiones genómicas específicas , las proteínas centrales se fusionan a proteínas como TRF1 o Cas9 catalíticamente muerta , que se unen a loci genómicos específicos. Cuando la oligomerización se desencadena por activación de la luz, la separación de fases se induce preferentemente en la región genómica específica que es reconocida por la proteína de fusión. Debido a que los condensados ​​de la misma composición pueden interactuar y fusionarse entre sí, si están atados a regiones específicas del genoma , los condensados ​​pueden usarse para alterar la organización espacial del genoma, lo que puede tener efectos en la expresión génica. [91]

Como reactores bioquímicos

Los condensados ​​sintéticos ofrecen una forma de investigar la función y la organización celular con un alto control espacial y temporal, pero también se pueden utilizar para modificar o añadir funcionalidad a la célula . Una forma de lograrlo es modificando las redes de condensados ​​para incluir sitios de unión para otras proteínas de interés, permitiendo así que el condensado sirva como andamiaje para la liberación o el reclutamiento de proteínas. [92] Estos sitios de unión se pueden modificar para que sean sensibles a la activación por luz o la adición de moléculas pequeñas, dando así un control temporal sobre el reclutamiento de una proteína específica de interés. Al reclutar proteínas específicas a los condensados, los reactivos se pueden concentrar para aumentar las velocidades de reacción o secuestrar para inhibir la reactividad. [93] Además del reclutamiento de proteínas, también se pueden diseñar condensados ​​que liberen proteínas en respuesta a ciertos estímulos. En este caso, una proteína de interés se puede fusionar a una proteína de andamiaje a través de un enlazador fotoescindible. Tras la irradiación , el enlazador se rompe y la proteína se libera del condensado. Utilizando estos principios de diseño, las proteínas pueden ser liberadas o secuestradas de su entorno nativo, lo que permite que los condensados ​​sirvan como una herramienta para alterar la actividad bioquímica de proteínas específicas con un alto nivel de control. [92]

Métodos para estudiar condensados

Se han desarrollado varios métodos experimentales y computacionales para examinar las propiedades fisicoquímicas y las interacciones moleculares subyacentes de los condensados ​​biomoleculares. Los enfoques experimentales incluyen ensayos de separación de fases mediante imágenes de campo claro o microscopía de fluorescencia , y recuperación de fluorescencia después del fotoblanqueo (FRAP), así como análisis reológico de gotas separadas en fases. [94] Los enfoques computacionales incluyen simulaciones de dinámica molecular de grano grueso y análisis de topología de circuitos . [95]

Modelos moleculares de grano grueso

La dinámica molecular y las simulaciones de Monte Carlo se han utilizado ampliamente para obtener información sobre la formación y las propiedades materiales de los condensados ​​biomoleculares. [96] Aunque se han empleado modelos moleculares de diferente resolución, [97] [98] [99] los esfuerzos de modelado se han centrado principalmente en modelos de grano grueso de proteínas intrínsecamente desordenadas, en los que los residuos de aminoácidos están representados por sitios de interacción únicos. En comparación con descripciones moleculares más detalladas, los modelos a nivel de residuo proporcionan una alta eficiencia computacional, lo que permite que las simulaciones cubran las largas escalas de longitud y tiempo necesarias para estudiar la separación de fases. Además, la resolución de estos modelos es lo suficientemente detallada como para capturar la dependencia de la secuencia de aminoácidos de las propiedades del sistema. [96]

En los últimos años se han desarrollado varios modelos a nivel de residuo de proteínas intrínsecamente desordenadas. Sus características comunes son (i) la ausencia de una representación explícita de las moléculas de disolvente y los iones de sal, (ii) una descripción del campo medio de las interacciones electrostáticas entre residuos cargados (véase la teoría de Debye-Hückel ) y (iii) un conjunto de parámetros de "adhesividad" que cuantifican la fuerza de la atracción entre pares de aminoácidos. En el desarrollo de la mayoría de los modelos a nivel de residuo, los parámetros de "adhesividad" se han derivado de escalas de hidrofobicidad [100] o de un análisis bioinformático de las estructuras cristalinas de las proteínas plegadas. [101] [102] Se ha logrado un mayor refinamiento de los parámetros mediante procedimientos iterativos que maximizan la concordancia entre las predicciones del modelo y un conjunto de experimentos, [103] [104 ] [ 105] [106] [107] [108] o aprovechando los datos obtenidos de simulaciones de dinámica molecular de todos los átomos. [102]

Los modelos a nivel de residuos de proteínas intrínsecamente desordenadas se han validado mediante comparación directa con datos experimentales, y se ha demostrado que sus predicciones son precisas en diversas secuencias de aminoácidos. [103] [104] [105] [102] [107] [109] [108] Algunos ejemplos de datos experimentales utilizados para validar los modelos son los radios de giro de las cadenas aisladas y las concentraciones de saturación , que son concentraciones de proteína umbral por encima de las cuales se observa la separación de fases. [110]

Aunque las proteínas intrínsecamente desordenadas a menudo desempeñan papeles importantes en la formación de condensados, [111] muchos condensados ​​biomoleculares contienen proteínas multidominio constituidas por dominios plegados conectados por regiones intrínsecamente desordenadas. [112] Los modelos actuales a nivel de residuo solo son aplicables al estudio de condensados ​​de proteínas y ácidos nucleicos intrínsecamente desordenados. [113] [102] [114] [115] [116] [108] Incluir una descripción precisa de los dominios plegados en estos modelos ampliará considerablemente su aplicabilidad. [117] [96]

Análisis mecánico de condensados ​​bimoleculares

Para identificar la separación de fases líquido-líquido y la formación de gotitas de líquido condensado, es necesario demostrar el comportamiento líquido (viscoelasticidad) de los condensados. Además, los procesos mecánicos son clave para las enfermedades relacionadas con los condensados, ya que los cambios patológicos en los condensados ​​pueden conducir a su solidificación. Los métodos reológicos se utilizan comúnmente para demostrar el comportamiento líquido de los condensados ​​biomoleculares. Estos incluyen la caracterización microrreológica activa mediante pinzas ópticas [118] [119] y microscopía de sonda de barrido. [120]

Véase también

Referencias

  1. ^ abc Garaizar, Adiran; Espinosa, Jorge R.; Joseph, Jerelle A.; Collepardo-Guevara, Rosana (15 de marzo de 2022). "La interacción cinética entre la maduración de las gotas y la coalescencia modula la forma de los condensados ​​de proteínas envejecidas". Scientific Reports . 12 (1): 4390. Bibcode :2022NatSR..12.4390G. doi :10.1038/s41598-022-08130-2. ISSN  2045-2322. PMC  8924231 . PMID  35293386.
  2. ^ Farlow, William G. (1890). "Karl Wilhelm von Naegeli". Actas de la Academia Estadounidense de Artes y Ciencias . 26 : 376–381. JSTOR  20013496.
  3. ^ Wilson EB (julio de 1899). "La estructura del protoplasma". Science . 10 (237): 33–45. Bibcode :1899Sci....10...33W. doi :10.1126/science.10.237.33. PMID  17829686.
  4. ^ Hardy WB (mayo de 1899). "Sobre la estructura del protoplasma celular: Parte I. La estructura producida en una célula por fijación y cambio post-mortem. La estructura de la materia coloidal y el mecanismo de fijación y de coagulación". The Journal of Physiology . 24 (2): 158–210.1. doi :10.1113/jphysiol.1899.sp000755. PMC 1516635 . PMID  16992486. 
  5. ^ Montgomery T (1898). "Estudios citológicos comparativos, con especial atención a la morfología del nucléolo". Revista de morfología . 15 (1): 265–582. doi :10.1002/jmor.1050150204. S2CID  84531494.
  6. ^ Hardy WB (diciembre de 1905). "Solución coloidal. Las globulinas". The Journal of Physiology . 33 (4–5): 251–337. doi :10.1113/jphysiol.1905.sp001126. PMC 1465795 . PMID  16992817. 
  7. ^ Hardy WB (1912). "La tensión de superficies de fluidos compuestos y la estabilidad mecánica de películas de fluido". Actas de la Royal Society A . 86 (591): 610–635. Bibcode :1912RSPSA..86..610H. doi : 10.1098/rspa.1912.0053 .
  8. ^ Leduc S (1911). "El mecanismo de la vida".
  9. ^ Oparin A. "El origen de la vida" (PDF) .
  10. ^ Haldane JB. "El origen de la vida" (PDF) .
  11. ^ Bungenberg de Jong HG, Kruyt HR. "Coacervación (miscibilidad parcial en sistemas coloidales". Proc. K. Ned. Akad. Wet 1929. 32 : 849–856.
  12. ^ Farrell HM (septiembre de 1973). "Modelos para la formación de micelas de caseína". Journal of Dairy Science . 56 (9): 1195–206. doi : 10.3168/jds.S0022-0302(73)85335-4 . PMID  4593735.
  13. ^ ab Tanaka T, Benedek GB (junio de 1975). "Observación de la difusividad de proteínas en lentes humanos y bovinos intactos con aplicación a la catarata". Oftalmología investigativa . 14 (6): 449–56. PMID  1132941.
  14. ^ ab Tanaka T, Ishimoto C, Chylack LT (septiembre de 1977). "Separación de fases de una mezcla de proteína y agua en cataratas frías en el cristalino de ratas jóvenes". Science . 197 (4307): 1010–2. Bibcode :1977Sci...197.1010T. doi :10.1126/science.887936. PMID  887936.
  15. ^ ab Ishimoto C, Goalwin PW, Sun ST, Nishio I, Tanaka T (septiembre de 1979). "Separación de fases citoplasmáticas en la formación de cataratas galactosémicas en lentes de ratas jóvenes". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 76 (9): 4414–6. Bibcode :1979PNAS...76.4414I. doi : 10.1073/pnas.76.9.4414 . PMC 411585 . PMID  16592709. 
  16. ^ ab Thomson JA, Schurtenberger P, Thurston GM, Benedek GB (octubre de 1987). "Separación binaria de fases líquidas y fenómenos críticos en una solución proteína/agua". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 84 (20): 7079–83. Bibcode :1987PNAS...84.7079T. doi : 10.1073/pnas.84.20.7079 . PMC 299233 . PMID  3478681. 
  17. ^ ab Broide ML, Berland CR, Pande J, Ogun OO, Benedek GB (julio de 1991). "Separación de fases líquido-binarias de soluciones de proteínas del cristalino". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 88 (13): 5660–4. Bibcode :1991PNAS...88.5660B. doi : 10.1073/pnas.88.13.5660 . PMC 51937 . PMID  2062844. 
  18. ^ abc Benedek GB (septiembre de 1997). "La catarata como enfermedad de condensación de proteínas: la conferencia Proctor". Oftalmología de investigación y ciencia visual . 38 (10): 1911–21. PMID  9331254.
  19. ^ Waigh TA, Gidley MJ, Komanshek BU, Donald AM (septiembre de 2000). "Las transformaciones de fase en el almidón durante la gelatinización: un enfoque cristalino líquido". Investigación de carbohidratos . 328 (2): 165–76. doi :10.1016/s0008-6215(00)00098-7. PMID  11028784.
  20. ^ Jenkins PJ, Donald AM (1998). "Gelatinización del almidón: un estudio combinado de SAXS/WAXS/DSC y SANS". Carbohydrate Research . 308 (1–2): 133. doi :10.1016/S0008-6215(98)00079-2.
  21. ^ Jenkins PJ, Donald AM (diciembre de 1995). "La influencia de la amilosa en la estructura de los gránulos de almidón". Revista internacional de macromoléculas biológicas . 17 (6): 315–21. doi :10.1016/0141-8130(96)81838-1. PMID  8789332.
  22. ^ Jenkins PJ, Cameron RE, Donald AM (1993). "Una característica universal en la estructura de los gránulos de almidón de diferentes fuentes botánicas". Almidón - Stärke . 45 (12): 417. doi :10.1002/star.19930451202.
  23. ^ Donald AM , Windle AH, Hanna S (1993). "Polímeros cristalinos líquidos". Physics Today . 46 (11): 87. Bibcode :1993PhT....46k..87D. doi :10.1063/1.2809100. hdl : 2060/19900017655 .
  24. ^ Windle, AH; Donald, AD (1992). Polímeros cristalinos líquidos . Cambridge, Reino Unido: Cambridge University Press. ISBN 978-0-521-30666-9.
  25. ^ Almidón: estructura y funcionalidad . Cambridge, Inglaterra: Royal Society of Chemistry. 1997. ISBN 978-0-85404-742-0.
  26. ^ La importancia de la ciencia de los polímeros para los sistemas biológicos: Universidad de York . Cambridge, Inglaterra: Royal Society of Chemistry. Marzo de 2008. ISBN 978-0-85404-120-6.
  27. ^ "El Premio Nobel de Física 1991". /www.nobelprize.org .
  28. ^ de Gennes PG (julio de 2001). "Materia ultradividida". Nature . 412 (6845): 385. Bibcode :2001Natur.412..385D. doi : 10.1038/35086662 . PMID  11473291. S2CID  39983702.
  29. ^ ab Cliffe A, Hamada F, Bienz M (mayo de 2003). "Un papel de Dishevelled en la reubicación de Axin en la membrana plasmática durante la señalización wingless". Current Biology . 13 (11): 960–6. Bibcode :2003CBio...13..960C. doi : 10.1016/S0960-9822(03)00370-1 . PMID  12781135. S2CID  15211115.
  30. ^ ab Schwarz-Romond T, Merrifield C, Nichols BJ, Bienz M (noviembre de 2005). "El efector de señalización de Wnt Dishevelled forma conjuntos de proteínas dinámicos en lugar de asociaciones estables con vesículas citoplasmáticas". Journal of Cell Science . 118 (Pt 22): 5269–77. doi :10.1242/jcs.02646. PMID  16263762. S2CID  16988383.
  31. ^ ab Schwarz-Romond T, Fiedler M, Shibata N, Butler PJ, Kikuchi A, Higuchi Y, Bienz M (junio de 2007). "El dominio DIX de Dishevelled confiere señalización Wnt mediante polimerización dinámica". Nature Structural & Molecular Biology . 14 (6): 484–92. doi :10.1038/nsmb1247. PMID  17529994. S2CID  29584068.
  32. ^ abc Schwarz-Romond T, Metcalfe C, Bienz M (julio de 2007). "Reclutamiento dinámico de axina por ensambles proteicos Dishevelled". Journal of Cell Science . 120 (Pt 14): 2402–12. doi :10.1242/jcs.002956. PMID  17606995. S2CID  23270805.
  33. ^ Bilic J, Huang YL, Davidson G, Zimmermann T, Cruciat CM, Bienz M, Niehrs C (junio de 2007). "Wnt induce signalosomes LRP6 y promueve la fosforilación de LRP6 dependiente de dishevelled". Science . 316 (5831): 1619–22. Bibcode :2007Sci...316.1619B. doi :10.1126/science.1137065. PMID  17569865. S2CID  25980578.
  34. ^ ab Bienz M (octubre de 2014). "Ensamblaje de signalosomas por dominios sometidos a polimerización dinámica de cabeza a cola". Tendencias en ciencias bioquímicas . 39 (10): 487–95. doi :10.1016/j.tibs.2014.08.006. PMID  25239056.
  35. ^ Kedersha N, Anderson P (noviembre de 2002). "Gránulos de estrés: sitios de triaje del ARNm que regulan la estabilidad y la traducibilidad del ARNm". Biochemical Society Transactions . 30 (Pt 6): 963–9. doi :10.1042/bst0300963. PMID  12440955.
  36. ^ ab An S, Kumar R, Sheets ED, Benkovic SJ (abril de 2008). "Compartimentalización reversible de complejos biosintéticos de purina de novo en células vivas". Science . 320 (5872): 103–6. Bibcode :2008Sci...320..103A. doi :10.1126/science.1152241. PMID  18388293. S2CID  24119538.
  37. ^ Walter H, Brooks DE (marzo de 1995). "La separación de fases en el citoplasma, debido al hacinamiento macromolecular, es la base de la microcompartimentación". FEBS Letters . 361 (2–3): 135–9. Bibcode :1995FEBSL.361..135W. doi : 10.1016/0014-5793(95)00159-7 . PMID  7698310. S2CID  8843457.
  38. ^ Walter H, Brooks D, Srere P, eds. (octubre de 1999). Microcompartimentación y separación de fases en el citoplasma . Vol. 192 (1.ª ed.). Academic Press.
  39. ^ Brooks DE (1999). "¿Puede existir el citoplasma sin sufrir una separación de fases?". Microcompartimentación y separación de fases en el citoplasma . Revista internacional de citología. Vol. 192. págs. 321–330. doi :10.1016/S0074-7696(08)60532-X. ISBN 9780123645968. ISSN  0074-7696. PMID  10610362.
  40. ^ Walter, Harry (1999). "Consecuencias de la separación de fases en el citoplasma". Microcompartimentación y separación de fases en el citoplasma . Revista internacional de citología. Vol. 192. págs. 331–343. doi :10.1016/S0074-7696(08)60533-1. ISBN 9780123645968. ISSN  0074-7696. PMID  10610363.
  41. ^ Sear, Richard P. (1999). "Comportamiento de fase de un modelo simple de proteínas globulares". The Journal of Chemical Physics . 111 (10): 4800–4806. arXiv : cond-mat/9904426 . Código Bibliográfico :1999JChPh.111.4800S. doi :10.1063/1.479243. ISSN  0021-9606. S2CID  15005765.
  42. ^ ab Stradner A, Sedgwick H, Cardinaux F, Poon WC, Egelhaaf SU, Schurtenberger P (noviembre de 2004). "Formación de grupos de equilibrio en soluciones concentradas de proteínas y coloides" (PDF) . Nature . 432 (7016): 492–5. Bibcode :2004Natur.432..492S. doi :10.1038/nature03109. PMID  15565151. S2CID  4373710.
  43. ^ Iborra FJ (abril de 2007). "¿Pueden la separación de fases viscoelástica, el amontonamiento macromolecular y la física coloidal explicar la organización nuclear?". Theoretical Biology & Medical Modelling . 4 (15): 15. doi : 10.1186/1742-4682-4-15 . PMC 1853075 . PMID  17430588. 
  44. ^ abc Sear RP (mayo de 2007). "Dishevelled: una proteína que funciona en células vivas mediante la separación de fases". Soft Matter . 3 (6): 680–684. Bibcode :2007SMat....3..680S. doi :10.1039/b618126k. PMID  32900127.
  45. ^ Sear RP (2008). "Separación de fases de polímeros de proteínas en equilibrio en células vivas". Faraday Discussions . 139 : 21–34, discusión 105–28, 419–20. Bibcode :2008FaDi..139...21S. doi :10.1039/b713076g. PMID  19048988.
  46. ^ Dumetz AC, Chockla AM, Kaler EW, Lenhoff AM (enero de 2008). "Comportamiento de la fase proteica en soluciones acuosas: cristalización, separación de fases líquido-líquido, geles y agregados". Biophysical Journal . 94 (2): 570–83. Bibcode :2008BpJ....94..570D. doi :10.1529/biophysj.107.116152. PMC 2157236 . PMID  18160663. 
  47. ^ abcd Brangwynne CP, Eckmann CR, Courson DS, Rybarska A, Hoege C, Gharakhani J, et al. (junio de 2009). "Los gránulos de P de la línea germinal son gotitas de líquido que se localizan mediante disolución/condensación controlada". Science . 324 (5935): 1729–32. Bibcode :2009Sci...324.1729B. doi : 10.1126/science.1172046 . PMID  19460965. S2CID  42229928.
  48. ^ Larson AG, Elnatan D, Keenen MM, Trnka MJ, Johnston JB, Burlingame AL, et al. (julio de 2017). "La formación de gotas de líquido por HP1α sugiere un papel para la separación de fases en la heterocromatina". Nature . 547 (7662): 236–240. Bibcode :2017Natur.547..236L. doi :10.1038/nature22822. PMC 5606208 . PMID  28636604. 
  49. ^ Nott TJ, Petsalaki E, Farber P, Jervis D, Fussner E, Plochowietz A, et al. (marzo de 2015). "La transición de fase de una proteína nuage desordenada genera orgánulos sin membrana que responden al medio ambiente". Molecular Cell . 57 (5): 936–947. doi :10.1016/j.molcel.2015.01.013. PMC 4352761 . PMID  25747659. 
  50. ^ Patel A, Lee HO, Jawerth L, Maharana S, Jahnel M, Hein MY, et al. (agosto de 2015). "Una transición de fase líquida a sólida de la proteína FUS de ELA acelerada por la mutación de la enfermedad". Cell . 162 (5): 1066–77. doi : 10.1016/j.cell.2015.07.047 . PMID  26317470.
  51. ^ ab Feric M, Vaidya N, Harmon TS, Mitrea DM, Zhu L, Richardson TM, et al. (junio de 2016). "Las fases líquidas coexistentes subyacen a los subcompartimentos nucleolares". Cell . 165 (7): 1686–1697. doi :10.1016/j.cell.2016.04.047. PMC 5127388 . PMID  27212236. 
  52. ^ Riback JA, Zhu L, Ferrolino MC, Tolbert M, Mitrea DM, Sanders DW, et al. (22 de octubre de 2019). "La separación de fases dependiente de la composición subyace al flujo direccional a través del nucléolo". bioRxiv : 809210. doi : 10.1101/809210 .
  53. ^ ab Li P, Banjade S, Cheng HC, Kim S, Chen B, Guo L, et al. (marzo de 2012). "Transiciones de fase en el ensamblaje de proteínas de señalización multivalentes". Nature . 483 (7389): 336–40. Bibcode :2012Natur.483..336L. doi :10.1038/nature10879. PMC 3343696 . PMID  22398450. 
  54. ^ abc Banani SF, Lee HO, Hyman AA, Rosen MK (mayo de 2017). "Condensados ​​biomoleculares: organizadores de la bioquímica celular". Nature Reviews. Biología celular molecular . 18 (5): 285–298. doi :10.1038/nrm.2017.7. PMC 7434221. PMID 28225081.  S2CID 37694361  . 
  55. ^ Wheeler RJ, Hyman AA (mayo de 2018). "Control de la compartimentación mediante orgánulos no unidos a la membrana". Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Serie B, Ciencias Biológicas . 373 (1747): 4666–4684. doi :10.1098/rstb.2017.0193. PMC 5904305 . PMID  29632271. 
  56. ^ Garaizar A, Sanchez-Burgos I, Collepardo-Guevara R, Espinosa JR (octubre de 2020). "La expansión de proteínas intrínsecamente desordenadas aumenta el rango de estabilidad de la separación de fases líquido-líquido". Moléculas . 25 (20): 4705. doi : 10,3390/moléculas25204705 . PMC 7587599 . PMID  33076213. 
  57. ^ Kato M, McKnight SL (marzo de 2017). "Polimerización cruzada de dominios de secuencias de baja complejidad". Cold Spring Harbor Perspectives in Biology . 9 (3): a023598. doi :10.1101/cshperspect.a023598. PMC 5334260 . PMID  27836835. 
  58. ^ Bienz M (agosto de 2020). "Polimerización de cabeza a cola en el ensamblaje de condensados ​​biomoleculares". Cell . 182 (4): 799–811. doi : 10.1016/j.cell.2020.07.037 . PMID  32822572. S2CID  221198567.
  59. ^ Nakano A, Trie R, Tateishi K (enero de 1997). "Complejos glucógeno-surfactante: comportamiento de fases en un sistema de agua/fitoglicógeno/dodecilsulfato de sodio (SDS)". Biociencia, biotecnología y bioquímica . 61 (12): 2063–8. doi : 10.1271/bbb.61.2063 . PMID  27396883.
  60. ^ Esposito, Mark; Fang, Cao; Cook, Katelyn C.; Park, Nana; Wei, Yong; Spadazzi, Chiara; Bracha, Dan; Gunaratna, Ramesh T.; Laevsky, Gary; DeCoste, Christina J.; Slabodkin, Hannah (marzo de 2021). "Los condensados ​​biomoleculares DACT1 inducidos por TGF-β reprimen la señalización de Wnt para promover la metástasis ósea". Nature Cell Biology . 23 (3): 257–267. doi :10.1038/s41556-021-00641-w. ISSN  1476-4679. PMC 7970447 . PMID  33723425. 
  61. ^ ab Schaefer KN, Peifer M (febrero de 2019). "Regulación de la señalización Wnt/Beta-catenina y un papel para los condensados ​​biomoleculares". Developmental Cell . 48 (4): 429–444. doi :10.1016/j.devcel.2019.01.025. PMC 6386181 . PMID  30782412. 
  62. ^ ab Gammons M, Bienz M (abril de 2018). "Complejos multiproteicos que regulan la transducción de señales de Wnt". Current Opinion in Cell Biology . 51 (1): 42–49. doi :10.1016/j.ceb.2017.10.008. PMID  29153704.
  63. ^ Muthunayake NS, Tomares DT, Childers WS, Schrader JM (noviembre de 2020). "Los cuerpos de ribonucleoproteína bacteriana separados por fases organizan la descomposición del ARNm". Wiley Interdisciplinary Reviews. ARN . 11 (6): e1599. doi :10.1002/wrna.1599. PMC 7554086 . PMID  32445438. 
  64. ^ Dorone, Yanniv; Boeynaems, Steven; Jin, Benjamín; Bossi, Flavia; Flores, Eduardo; Lázaro, Elena; Michiels, Emiel; De Decker, Mathías; Baatsen, Pieter; Holehouse, Alex S.; Sukenik, Shahar; Gitler, Aaron D.; Rhee, Seung Y. (julio de 2021). "Una proteína reguladora de la germinación de semillas similar a un prión sufre una separación de fases dependiente de la hidratación". Celúla . 184 (16): 4284–4298.e27. doi :10.1016/j.cell.2021.06.009. PMC 8513799 . PMID  34233164. S2CID  221096771. 
  65. ^ Case LB, Ditlev JA, Rosen MK (mayo de 2019). "Regulación de la señalización transmembrana por separación de fases". Revisión anual de biofísica . 48 (1): 465–494. doi :10.1146/annurev-biophys-052118-115534. PMC 6771929 . PMID  30951647. 
  66. ^ Muschol, Martin; Rosenberger, Franz (1997). "Separación de fases líquido-líquido en soluciones de lisozima sobresaturadas y formación/cristalización de precipitados asociada". The Journal of Chemical Physics . 107 (6): 1953–1962. Bibcode :1997JChPh.107.1953M. doi :10.1063/1.474547. ISSN  0021-9606.
  67. ^ Patterson M, Vogel HJ, Prenner EJ (febrero de 2016). "Caracterización biofísica de sistemas modelo de monopelícula compuestos por fosfolípidos de película lagrimal seleccionados". Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Biomembranas . 1858 (2): 403–14. doi : 10.1016/j.bbamem.2015.11.025 . PMID  26657693.
  68. ^ ab Tang L (febrero de 2019). "Las herramientas optogenéticas iluminan la separación de fases". Nature Methods (artículo). 16 (2): 139. doi : 10.1038/s41592-019-0310-5 . PMID:  30700901. S2CID  : 59525729.(se requiere suscripción)
  69. ^ Hyman AA, Weber CA, Jülicher F (11 de octubre de 2014). "Separación de fases líquido-líquido en biología". Revisión anual de biología celular y del desarrollo . 30 (1): 39–58. doi : 10.1146/annurev-cellbio-100913-013325 . PMID:  25288112.
  70. ^ McSwiggen DT, Mir M, Darzacq X, Tjian R (diciembre de 2019). "Evaluación de la separación de fases en células vivas: diagnóstico, advertencias y consecuencias funcionales". Genes & Development . 33 (23–24): 1619–1634. doi :10.1101/gad.331520.119. PMC 6942051 . PMID  31594803. 
  71. ^ Posey AE, Holehouse AS, Pappu RV (2018). "Separación de fases de proteínas intrínsecamente desordenadas". Proteínas intrínsecamente desordenadas . Métodos en enzimología. Vol. 611. Elsevier. págs. 1–30. doi :10.1016/bs.mie.2018.09.035. ISBN. 978-0-12-815649-0. Número PMID  30471685.
  72. ^ Woodruff JB, Hyman AA, Boke E (febrero de 2018). "Organización y función de condensados ​​biomoleculares no dinámicos". Tendencias en ciencias bioquímicas . 43 (2): 81–94. doi :10.1016/j.tibs.2017.11.005. PMID  29258725.
  73. ^ Boeynaems S, Alberti S, Fawzi NL, Mittag T, Polymenidou M, Rousseau F, et al. (junio de 2018). "Separación de fases de proteínas: una nueva fase en la biología celular". Tendencias en biología celular . 28 (6): 420–435. doi :10.1016/j.tcb.2018.02.004. PMC 6034118 . PMID  29602697. 
  74. ^ de Swaan Arons, J.; Diepen, GAM (2010). "Inmiscibilidad de gases. El sistema He-Xe: (Comunicación corta)". Recueil des Travaux Chimiques des Pays-Bas . 82 (8): 806. doi : 10.1002/recl.19630820810. ISSN  0165-0513.
  75. ^ de Swaan Arons, J.; Diepen, GAM (1966). "Gas: equilibrios de gases". J. química. Física . 44 (6): 2322. Código bibliográfico : 1966JChPh..44.2322D. doi :10.1063/1.1727043.
  76. ^ Bayro MJ, Daviso E, Belenky M, Griffin RG, Herzfeld J (enero de 2012). "Un orgánulo amiloide, evidencia de RMN en estado sólido para el ensamblaje cruzado de vesículas de gas". The Journal of Biological Chemistry . 287 (5): 3479–84. doi : 10.1074/jbc.M111.313049 . PMC 3271001 . PMID  22147705. 
  77. ^ Elbaum-Garfinkle S, Kim Y, Szczepaniak K, Chen CC, Eckmann CR, Myong S, Brangwynne CP (junio de 2015). "La proteína de gránulo P desordenada LAF-1 impulsa la separación de fases en gotas con viscosidad y dinámica ajustables". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 112 (23): 7189–94. Bibcode :2015PNAS..112.7189E. doi : 10.1073/pnas.1504822112 . PMC 4466716 . PMID  26015579. 
  78. ^ Heidenreich M, Georgeson JM, Locatelli E, Rovigatti L, Nandi SK, Steinberg A, et al. (septiembre de 2020). "Conjuntos de proteínas de diseño con diagramas de fases ajustables en células vivas". Nature Chemical Biology . 16 (9): 939–945. doi :10.1038/s41589-020-0576-z. hdl : 11573/1435875 . PMID  32661377. S2CID  220507058.
  79. ^ Aguzzi A, Altmeyer M (julio de 2016). "Separación de fases: vinculación de la compartimentación celular con la enfermedad". Tendencias en biología celular . 26 (7): 547–558. doi :10.1016/j.tcb.2016.03.004. PMID  27051975.
  80. ^ Shin Y, Brangwynne CP (septiembre de 2017). "Condensación en fase líquida en la fisiología celular y la enfermedad". Science . 357 (6357): eaaf4382. doi : 10.1126/science.aaf4382 . PMID  28935776. S2CID  3693853.
  81. ^ Alberti S, Hyman AA (octubre de 2016). "¿Son las transiciones de fase aberrantes un factor desencadenante del envejecimiento celular?". BioEssays . 38 (10): 959–68. doi :10.1002/bies.201600042. PMC 5108435 . PMID  27554449. 
  82. ^ P. Ivanov, N. Kedersha y P. Anderson, “Gránulos de estrés y cuerpos de procesamiento en el control de la traducción”, Cold Spring Harbor Perspectives in Biology, vol. 11, núm. 5, 2019.
  83. ^ CP Brangwynne, TJ Mitchison y AA Hyman, “El comportamiento activo similar al líquido de los nucléolos determina su tamaño y forma en los ovocitos de Xenopus laevis”, Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América, vol. 108, núm. 11, págs. 4334–4339, 2011.
  84. ^ D. Bracha, MT Walls y CP Brangwynne, “Sondeo e ingeniería de orgánulos en fase líquida”, Nature Biotechnology, vol. 37, núm. 12, págs. 1435–1445, 2019.
  85. ^ Choi, JM; Dar, F.; Pappu, RV (2019). "LASSI: Un modelo de red para simular transiciones de fase de proteínas multivalentes". PLOS Computational Biology . 15 (10): e1007028. Bibcode :2019PLSCB..15E7028C. doi : 10.1371/journal.pcbi.1007028 . PMC 6822780 . PMID  31634364. 
  86. ^ Hastings, RL; Boeynaems, S. (junio de 2021). "Condensados ​​de diseño: un conjunto de herramientas para el arquitecto biomolecular". Revista de biología molecular . 433 (12): 166837. doi : 10.1016/j.jmb.2021.166837 . PMID  33539874. S2CID  231819801.
  87. ^ Tejedor, R.; Garaizar, A.; Ramı, J. (diciembre de 2021). "Modulación de ARN de las propiedades de transporte y estabilidad en condensados ​​separados en fases". Revista Biofísica . 120 (23): 5169–5186. Bibcode :2021BpJ...120.5169T. doi :10.1016/j.bpj.2021.11.003. PMC 8715277 . PMID  34762868. 
  88. ^ CD Reinkemeier y EA Lemke, “Condensados ​​biomoleculares sintéticos para diseñar células eucariotas”, Current Opinion in Chemical Biology, vol. 64, págs. 174-181, 2021.
  89. ^ D. Bracha, MT Walls, MT Wei, L. Zhu, M. Kurian, JL Avalos, JE Toettcher y CP Brangwynne, “Mapeo del comportamiento local y global de la fase líquida en células vivas utilizando semillas fotooligomerizables”, Cell, vol. 175, n.º 6, págs. 1467–1480.e13, 2018.
  90. ^ H. Zhang, C. Aonbangkhen, EV Tarasovetc, ER Ballister, DMChenoweth y MA Lampson, “Control optogenético de la función del cinetocoro”, Nature Chemical Biology, vol. 13, págs. 1096–1101, agosto de 2017.
  91. ^ ab Y. Shin, YC Chang, DS Lee, J. Berry, DW Sanders, P. Ronceray, NSWingreen, M. Haataja y CP Brangwynne, “Los condensados ​​nucleares líquidos detectan y reestructuran mecánicamente el genoma”, Cell, vol. 175, n.º 6, págs. 1481–1491.e13, 2018.
  92. ^ ab M. Yoshikawa y S. Tsukiji, “Organelos sintéticos sin membrana construidos modularmente que permiten el secuestro y la liberación de proteínas dirigidas”, Biochemistry, octubre de 2021.
  93. ^ Y. Shin y CP Brangwynne, “Condensación en fase líquida en la fisiología celular y la enfermedad”, Science, vol. 357, septiembre de 2017.
  94. ^ Ganser, Laura R.; Myong, Sua (2020). "Métodos para estudiar condensados ​​separados en fases y las interacciones moleculares subyacentes". Tendencias en ciencias bioquímicas . 45 (11): 1004–1005. doi :10.1016/j.tibs.2020.05.011. PMC 7697221 . PMID  32561165. 
  95. ^ Heidari, Maziar; Moes, Duane; Schulliano, Otto; Scalvini, Bárbara; Mashaghi, Alireza (2022). "Un marco de topología para complejos macromoleculares y condensados". Nanoinvestigación . 15 (11): 9809–9817. Código Bib : 2022NaRes..15.9809H. doi : 10.1007/s12274-022-4355-x .
  96. ^ abc Saar, Kadi L.; Qian, Daoyuan; Bien, Lidia L.; Morgunov, Alexey S.; Collepardo-Guevara, Rosana; Mejor, Robert B.; Knowles, Tuomas PJ (12 de mayo de 2023). "Enfoques teóricos y basados ​​en datos para condensados ​​biomoleculares". Reseñas químicas . 123 (14): 8988–9009. doi : 10.1021/acs.chemrev.2c00586. eISSN  1520-6890. ISSN  0009-2665. PMC 10375482 . PMID  37171907. 
  97. ^ Paloni, Matteo; Bailly, Rémy; Ciandrini, Luca; Barducci, Alessandro (16 de septiembre de 2020). "Descifrando las interacciones moleculares en la separación de fases líquido-líquido de proteínas desordenadas mediante simulaciones atomísticas". The Journal of Physical Chemistry B . 124 (41): 9009–9016. doi : 10.1021/acs.jpcb.0c06288 . eISSN  1520-5207. ISSN  1520-6106. PMID  32936641.
  98. ^ Benayad, Zakarya; von Bülow, Sören; Stelzl, Lukas S.; Hummer, Gerhard (14 de diciembre de 2020). "Simulación de condensados ​​de proteína FUS con un modelo de grano grueso adaptado". Revista de teoría y computación química . 17 (1): 525–537. doi :10.1021/acs.jctc.0c01064. eISSN  1549-9626. ISSN  1549-9618. PMC 7872324 . PMID  33307683. 
  99. ^ Espinosa, Jorge R.; José, Jerelle A.; Sánchez-Burgos, Ignacio; Garaizar, Adirán; Frenkel, Daan; Collepardo-Guevara, Rosana (junio 2020). "La conectividad de la red líquida regula la estabilidad y composición de condensados ​​biomoleculares con muchos componentes". Actas de la Academia Nacional de Ciencias . 117 (24): 13238–13247. Código Bib : 2020PNAS..11713238E. doi : 10.1073/pnas.1917569117 . eISSN  1091-6490. ISSN  0027-8424. PMC 7306995 . PMID  32482873. 
  100. ^ Dignon, Gregory L.; Zheng, Wenwei; Kim, Young C.; Best, Robert B.; Mittal, Jeetain (24 de enero de 2018). "Determinantes de secuencia del comportamiento de la fase de la proteína a partir de un modelo de grano grueso". PLOS Computational Biology . 14 (1): e1005941. Bibcode :2018PLSCB..14E5941D. doi : 10.1371/journal.pcbi.1005941 . eISSN  1553-7358. PMC 5798848 . PMID  29364893. 
  101. ^ Vernon, Robert McCoy; Chong, Paul Andrew; Tsang, Brian; Kim, Tae Hun; Bah, Alaji; Farber, Patrick; Lin, Hong; Forman-Kay, Julie Deborah (9 de febrero de 2018). "Los contactos Pi-Pi son una característica proteica pasada por alto relevante para la separación de fases". eLife . 7 . doi : 10.7554/eLife.31486 . eISSN  2050-084X. PMC 5847340 . PMID  29424691. 
  102. ^ abcd Joseph, Jerelle A.; Reinhardt, Aleks; Aguirre, Anne; Chew, Pin Yu; Russell, Kieran O.; Espinosa, Jorge R.; Garaizar, Adiran; Collepardo-Guevara, Rosana (22 de noviembre de 2021). "Modelo de grano grueso impulsado por la física para la separación de fases biomoleculares con precisión casi cuantitativa". Nature Computational Science . 1 (11): 732–743. doi :10.1038/s43588-021-00155-3. eISSN  2662-8457. PMC 7612994 . PMID  35795820. 
  103. ^ ab Regy, Roshan Mammen; Thompson, Jacob; Kim, Young C.; Mittal, Jeetain (24 de mayo de 2021). "Modelo de grano grueso mejorado para estudiar la separación de fases dependiente de la secuencia de proteínas desordenadas". Protein Science . 30 (7): 1371–1379. doi :10.1002/pro.4094. eISSN  1469-896X. ISSN  0961-8368. PMC 8197430 . PMID  33934416. 
  104. ^ ab Dannenhoffer-Lafage, Thomas; Best, Robert B. (20 de abril de 2021). "Una escala de hidrofobicidad basada en datos para predecir la separación de fases líquido-líquido de proteínas". The Journal of Physical Chemistry B . 125 (16): 4046–4056. doi :10.1021/acs.jpcb.0c11479. eISSN  1520-5207. ISSN  1520-6106. PMID  33876938. S2CID  233309675.
  105. ^ ab Latham, Andrew P.; Zhang, Bin (7 de abril de 2021). "Un campo de fuerza consistente captura la separación de fases HP1 resuelta por homólogos". Revista de teoría y computación química . 17 (5): 3134–3144. doi :10.1021/acs.jctc.0c01220. eISSN  1549-9626. ISSN  1549-9618. PMC 8119372 . PMID  33826337. 
  106. ^ Tesei, Giulio; Schulze, Thea K.; Crehuet, Ramon; Lindorff-Larsen, Kresten (29 de octubre de 2021). "Modelo preciso del comportamiento en fase líquido-líquido de proteínas intrínsecamente desordenadas a partir de la optimización de las propiedades de cadena única". Actas de la Academia Nacional de Ciencias . 118 (44). Bibcode :2021PNAS..11811696T. doi : 10.1073/pnas.2111696118 . eISSN  1091-6490. ISSN  0027-8424. PMC 8612223 . PMID  34716273. 
  107. ^ ab Farag, Mina; Cohen, Samuel R.; Borcherds, Wade M.; Bremer, Anne; Mittag, Tanja; Pappu, Rohit V. (13 de diciembre de 2022). "Los condensados ​​formados por dominios de baja complejidad similares a priones tienen estructuras de red de mundo pequeño e interfaces definidas por conformaciones expandidas". Nature Communications . 13 (1): 7722. Bibcode :2022NatCo..13.7722F. doi :10.1038/s41467-022-35370-7. eISSN  2041-1723. PMC 9748015 . PMID  36513655. 
  108. ^ abc Valdes-Garcia, Gilberto; Heo, Lim; Lapidus, Lisa J.; Feig, Michael (6 de enero de 2023). "Modelado de procesos de separación de fases dependientes de la concentración que involucran péptidos y ARN mediante granulado grueso basado en residuos". Journal of Chemical Theory and Computation . 19 (2): 669–678. doi :10.1021/acs.jctc.2c00856. eISSN  1549-9626. ISSN  1549-9618. PMC 10323037 . PMID  36607820. 
  109. ^ Tesei, Giulio; Lindorff-Larsen, Kresten (17 de enero de 2023). "Mejoras en las predicciones del comportamiento de fase de proteínas intrínsecamente desordenadas mediante el ajuste del rango de interacción". Open Research Europe . 2 : 94. doi : 10.12688/openreseurope.14967.2 . eISSN  2732-5121. PMC 10450847 . PMID  37645312. 
  110. ^ Mittag, Tanja; Pappu, Rohit V. (junio de 2022). "Un marco conceptual para comprender la separación de fases y abordar preguntas y desafíos abiertos". Molecular Cell . 82 (12): 2201–2214. doi :10.1016/j.molcel.2022.05.018. ISSN  1097-2765. PMC 9233049 . PMID  35675815. S2CID  249488875. 
  111. ^ Borcherds, Wade; Bremer, Anne; Borgia, Madeleine B; Mittag, Tanja (abril de 2021). "¿Cómo las regiones proteínicas intrínsecamente desordenadas codifican una fuerza impulsora para la separación de fases líquido-líquido?". Current Opinion in Structural Biology . 67 : 41–50. doi :10.1016/j.sbi.2020.09.004. ISSN  0959-440X. PMC 8044266 . PMID  33069007. 
  112. ^ Ghosh, Soumyadeep (28 de abril de 2023). «Andamios y clientes». Enciclopedia CD-CODE . Consultado el 28 de mayo de 2023 .
  113. ^ Regy, Roshan Mammen; Dignon, Gregory L; Zheng, Wenwei; Kim, Young C; Mittal, Jeetain (2 de diciembre de 2020). "Separación de fases dependiente de la secuencia de mezclas de proteína-polinucleótido dilucidada mediante simulaciones moleculares". Nucleic Acids Research . 48 (22): 12593–12603. doi :10.1093/nar/gkaa1099. eISSN  1362-4962. ISSN  0305-1048. PMC 7736803 . PMID  33264400. 
  114. ^ Lebold, Kathryn M.; Best, Robert B. (23 de marzo de 2022). "Ajuste de la formación de coacervados proteína-ADN mediante secuencia y entorno". The Journal of Physical Chemistry B . 126 (12): 2407–2419. doi :10.1021/acs.jpcb.2c00424. eISSN  1520-5207. ISSN  1520-6106. PMID  35317553.
  115. ^ Leicher, Rachel; Osunsade, Adewola; Chua, Gabriella NL; Faulkner, Sarah C.; Latham, Andrew P.; Watters, John W.; Nguyen, Tuan; Beckwitt, Emily C.; Christodoulou-Rubalcava, Sophia; Young, Paul G.; Zhang, Bin; David, Yael; Liu, Shixin (28 de abril de 2022). "Unión y coacervación de ácidos nucleicos monocatenarios por la histona de enlace H1". Nature Structural & Molecular Biology . 29 (5): 463–471. doi :10.1038/s41594-022-00760-4. eISSN  1545-9985. ISSN  1545-9993. PMC 9117509 . PMID  35484234. 
  116. ^ Farr, Stephen E.; Woods, Esmae J.; José, Jerelle A.; Garaizar, Adirán; Collepardo-Guevara, Rosana (17 de mayo de 2021). "La plasticidad de los nucleosomas es un elemento crítico de la separación de fases líquido-líquido de la cromatina y de las interacciones de nucleosomas multivalentes". Comunicaciones de la naturaleza . 12 (1): 2883. Código bibliográfico : 2021NatCo..12.2883F. doi :10.1038/s41467-021-23090-3. eISSN  2041-1723. PMC 8129070 . PMID  34001913. 
  117. ^ Latham, Andrew P.; Zhang, Bin (febrero de 2022). "Unificación de campos de fuerza de grano grueso para proteínas plegadas y desordenadas". Current Opinion in Structural Biology . 72 : 63–70. doi :10.1016/j.sbi.2021.08.006. ISSN  0959-440X. PMC 9057422 . PMID  34536913. 
  118. ^ Ghosh, A., D. Kota y H.-X. Zhou, La relajación de cizallamiento rige la dinámica de fusión de los condensados ​​biomoleculares. Nature Communications, 2021. 12(1): p. 5995.
  119. ^ Jawerth, L., et al., Condensados ​​de proteínas como fluidos de Maxwell envejecidos. Science, 2020. 370(6522): pág. 1317-1323.
  120. ^ Aida Naghilou, Oskar Armbruster, Alireza Mashaghi, La microscopía de sonda de barrido aclara la gelificación y el rejuvenecimiento de los condensados ​​biomoleculares. (2024) Enlace

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