stringtranslate.com

Lista de plastomas secuenciados

El mapa genético del plastoma de 156 kb de Nicotiana tabacum .
El mapa del genoma del plástido de 154 kb de una planta modelo con flores ( Arabidopsis thaliana : Brassicaceae).
El mapa plastómico altamente reducido de 27 kb del parásito Hydnora visseri .

Un plastoma es el genoma de un plástido , un tipo de orgánulo que se encuentra en las plantas y en una variedad de protoctistas . La cantidad de secuencias genómicas de plástidos conocidas creció rápidamente en la primera década del siglo XXI. Por ejemplo, se secuenciaron 25 genomas de cloroplastos para un estudio filogenético molecular . [1]

Las plantas con flores están especialmente bien representadas en genomas de cloroplastos completos. A enero de 2017, todos sus órdenes están representados excepto Commelinales , Picramniales , Huerteales , Escalloniales , Bruniales y Paracryphiales .

El NCBI mantiene una compilación de los genomas de plástidos más completos en un repositorio público. [2]

Plantas

Briofitases

Helechos y Licófitos

Gimnospermas

Plantas con flores

Se espera que esta tabla ordenable compile genomas de plástidos completos que representen la mayor variedad de tamaños, número de genes y familias de angiospermas.

Algas verdes

Algas rojas

Glaucofitas

Metaalgas y apicomplejos

Las metaalgas son organismos con orgánulos fotosintéticos de origen endosimbiótico secundario o terciario y sus parientes cercanos no fotosintéticos que contienen plástidos. Los apicomplejos son un grupo de cromalveoatos no fotosintéticos secundarios que retienen un orgánulo plástido reducido.

Cromalveolatos fotosintéticos

Los genomas de los plástidos de dinoflagelados no están organizados en una única molécula de ADN circular como otros genomas de plástidos, sino en una serie de minicírculos.

Cloraracniofitas

Euglenofitas

Apicomplejos

Genomas nucleomorfos

En algunos organismos fotosintéticos, esta capacidad se adquirió mediante simbiosis con un alga verde unicelular ( clorofito ) o un alga roja ( rodófito ). En algunos casos, el cloroplasto del alga unicelular anterior no solo conserva su propio genoma, sino que también se conserva un resto del alga. Cuando este conserva un núcleo y un genoma nuclear, se denomina nucleomorfo .

Genomas de cianela

La eucariota unicelular Paulinella chromatophora posee un orgánulo (la cianela ) que representa un caso independiente de adquisición de la fotosíntesis por endosimbiosis cianobacteriana . (Nota: el término cianela también se aplica a los plástidos de las glaucófitas.)

Véase también

Referencias

  1. ^ abcdefghijklmnopqrstu vwx Moore MJ, Soltis PS, Bell CD, Burleigh JG, Soltis DE (marzo de 2010). "El análisis filogenético de 83 genes de plástidos resuelve aún más la diversificación temprana de las eudicotiledóneas". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 107 (10): 4623–8. Bibcode :2010PNAS..107.4623M. doi : 10.1073/pnas.0907801107 . PMC  2842043 . PMID  20176954.
  2. ^ "Índice de /refseq/release/plastid". ftp.ncbi.nlm.nih.gov . Consultado el 8 de enero de 2017 .
  3. ^ Wickett NJ, Zhang Y, Hansen SK, Roper JM, Kuehl JV, Plock SA, Wolf PG, DePamphilis CW, Boore JL, Goffinet B (febrero de 2008). "Se producen pérdidas de genes funcionales con una reducción mínima del tamaño del genoma del plástido de la hepática parásita Aneura mirabilis". Biología molecular y evolución . 25 (2): 393–401. doi : 10.1093/molbev/msm267 . PMID  18056074.
  4. ^ Evolución del genoma de plástidos de la hepática no fotosintética Aneura mirabilis (Malmb.) Wickett & Goffinet (Aneuraceae)
  5. ^ Kugita M, Kaneko A, Yamamoto Y, Takeya Y, Matsumoto T, Yoshinaga K (enero de 2003). "La secuencia completa de nucleótidos del genoma del cloroplasto del hornwort (Anthoceros formosae): información sobre las primeras plantas terrestres". Investigación de ácidos nucleicos . 31 (2): 716–21. doi :10.1093/nar/gkg155. PMC 140519 . PMID  12527781. 
  6. ^ K Ohyama, Fukuzawa, H., Kohchi, T., Shirai, H., Sano, T., Chang Z, Aota SI, Inokuchi H, Ozeki H (2003). "Organización de genes de cloroplastos deducida a partir de la secuencia completa de ADN de cloroplastos de la hepática Marchantia polymorpha ". Nature . 322 (6079): 716–721. Código Bibliográfico :1986Natur.322..572O. doi :10.1038/322572a0. S2CID  4311952.
  7. ^ Villarreal JC, Forrest LL, Wickett N, Goffinet B (marzo de 2013). "El genoma plastidial del antoceronte Nothoceros aenigmaticus (Dendrocerotaceae): señal filogenética en expansión de repeticiones invertidas, pseudogenización y ganancia de intrones". American Journal of Botany . 100 (3): 467–77. doi :10.3732/ajb.1200429. PMID  23416362.
  8. ^ Grosche C, Funk HT, Maier UG, Zauner S (2012). "El genoma del cloroplasto de Pellia endiviifolia: contenido genético, patrón de edición de ARN y el origen de la edición del cloroplasto". Genome Biology and Evolution . 4 (12): 1349–57. doi :10.1093/gbe/evs114. PMC 3542565 . PMID  23221608. 
  9. ^ Sugiura C, Kobayashi Y, Aoki S, Sugita C, Sugita M (septiembre de 2003). "Secuencia completa de ADN del cloroplasto del musgo Physcomitrella patens: evidencia de la pérdida y reubicación de rpoA desde el cloroplasto hasta el núcleo". Nucleic Acids Research . 31 (18): 5324–31. doi :10.1093/nar/gkg726. PMC 203311 . PMID  12954768. 
  10. ^ Laura L. Forrest; Norman J. Wickett, Cymon J. Cox y Bernard Goffinet (2011). "La secuenciación profunda de Ptilidium (Ptilidiaceae) sugiere estasis evolutiva en la estructura del genoma de los plástidos de la hepática" (PDF) . Ecología vegetal y evolución . 144 (1): 29–43. doi :10.5091/plecevo.2011.535. hdl : 10400.1/5518 .
  11. ^ Oliver MJ, Murdock AG, Mishler BD, Kuehl JV, Boore JL, Mandoli DF, Everett KD, Wolf PG, Duffy AM, Karol KG (febrero de 2010). "Secuencia del genoma del cloroplasto del musgo Tortula ruralis: contenido genético, polimorfismo y disposición estructural en relación con otros genomas de cloroplastos de plantas verdes". BMC Genomics . 11 : 143. doi : 10.1186/1471-2164-11-143 . PMC 2841679 . PMID  20187961. 
  12. ^ Wolf PG, Rowe CA, Sinclair RB, Hasebe M (abril de 2003). "Secuencia de nucleótidos completa del genoma del cloroplasto de un helecho leptosporangiado, Adiantum capillus-veneris L". DNA Research . 10 (2): 59–65. doi : 10.1093/dnares/10.2.59 . PMID  12755170.
  13. ^ Gao L, Yi X, Yang YX, Su YJ, Wang T (junio de 2009). "Secuencia completa del genoma del cloroplasto de un helecho arborescente Alsophila spinulosa: perspectivas sobre los cambios evolutivos en los genomas de cloroplastos de helechos". BMC Evolutionary Biology . 9 (1): 130. Bibcode :2009BMCEE...9..130G. doi : 10.1186/1471-2148-9-130 . PMC 2706227 . PMID  19519899. 
  14. ^ Roper JM, Hansen SK, Wolf PG, Karol KG, Mandoli DF, Everett KD, Kuehl J, Boore JL (2007). "La secuencia completa del genoma del plastidio de Angiopteris evecta (G. Forst.) Hoffm. (Marattiaceae)". Revista americana de helechos . 97 (2): 95-106. doi : 10.1640/0002-8444(2007)97[95:TCPGSO]2.0.CO;2 .
  15. ^ Wolf PG, Karol KG, Mandoli DF, Kuehl J, Arumuganathan K, Ellis MW, Mishler BD, Kelch DG, Olmstead RG, Boore JL (mayo de 2005). "La primera secuencia completa del genoma del cloroplasto de un licófito, Huperzia lucidula (Lycopodiaceae)". Gen.350 (2): 117–28. doi :10.1016/j.gene.2005.01.018. PMID  15788152.
  16. ^ Wakasugi, T (1998). "Secuencia completa de nucleótidos del genoma del plástido de un helecho, Psilotum nudum". Endocitobiología e investigación celular . 13 (Suplemento): 147.Vea los enlaces externos a continuación.
  17. ^ Tsuji S, Ueda K, Nishiyama T, Hasebe M, Yoshikawa S, Konagaya A, Nishiuchi T, Yamaguchi K (marzo de 2007). "El genoma del cloroplasto de una licofita (microfilofita), Selaginella uncinata, tiene una inversión única, transposiciones y muchas pérdidas de genes". Journal of Plant Research . 120 (2): 281–90. Bibcode :2007JPlR..120..281T. doi :10.1007/s10265-006-0055-y. PMID  17297557. S2CID  7691300.
  18. ^ Hirao T, Watanabe A, Kurita M, Kondo T, Takata K (junio de 2008). "Secuencia de nucleótidos completa del genoma del cloroplasto de Cryptomeria japonica D. Don. y genómica comparativa del cloroplasto: estructura genómica diversificada de especies de coníferas". BMC Plant Biology . 8 : 70. doi : 10.1186/1471-2229-8-70 . PMC 2443145 . PMID  18570682. 
  19. ^ abcdef Jansen RK, Cai Z, Raubeson LA, Daniell H, Depamphilis CW, Leebens-Mack J, Müller KF, Guisinger-Bellian M, Haberle RC, Hansen AK, Chumley TW, Lee SB, Peery R, ​​McNeal JR, Kuehl JV, Boore JL (diciembre de 2007). "El análisis de 81 genes de 64 genomas de plástidos resuelve las relaciones en las angiospermas e identifica patrones evolutivos a escala del genoma". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 104 (49): 19369–74. Bibcode :2007PNAS..10419369J. doi : 10.1073/pnas.0709121104 . PMC 2148296 . Número de modelo:  PMID18048330. 
  20. ^ Wu CS, Wang YN, Liu SM, Chaw SM (junio de 2007). "Genoma del cloroplasto (cpDNA) de Cycas taitungensis y 56 genes codificadores de proteínas cp de Gnetum parvifolium: información sobre la evolución del cpDNA y la filogenia de las plantas con semillas actuales". Biología molecular y evolución . 24 (6): 1366–79. doi : 10.1093/molbev/msm059 . PMID  17383970.
  21. ^ ab Leebens-Mack J, Raubeson LA, Cui L, Kuehl JV, Fourcade MH, Chumley TW, Boore JL, Jansen RK, depamphilis CW (octubre de 2005). "Identificación del nodo basal de las angiospermas en las filogenias del genoma del cloroplasto: muestreo para salir de la zona de Felsenstein". Biología molecular y evolución . 22 (10): 1948–63. doi : 10.1093/molbev/msi191 . PMID  15944438.
  22. ^ Lin, Diana; Coombe, Lauren; Jackman, Shaun D.; Gagalova, Kristina K.; Warren, René L.; Hammond, S. Austin; McDonald, Helen; Kirk, Heather; Pandoh, Pawan; Zhao, Yongjun; Moore, Richard A. (13 de junio de 2019). Stajich, Jason E. (ed.). "Secuencia completa del genoma del cloroplasto de una pícea de Engelmann ( Picea engelmannii , genotipo Se404-851) del oeste de Canadá". Anuncios de recursos de microbiología . 8 (24): e00382–19, /mra/8/24/MRA.00382–19.atom. doi :10.1128/MRA.00382-19. ISSN  2576-098X. PMC 6588038 . Número de modelo:  PMID31196920. 
  23. ^ Jackman, Shaun D.; Warren, René L.; Gibb, Ewan A.; Vandervalk, Benjamin P.; Mohamadi, Hamid; Chu, Justin; Raymond, Anthony; Pleasance, Stephen; Coope, Robin; Wildung, Mark R.; Ritland, Carol E. (enero de 2016). "Genomas organelares de la pícea blanca ( Picea glauca ): ensamblaje y anotación". Genome Biology and Evolution . 8 (1): 29–41. doi :10.1093/gbe/evv244. ISSN  1759-6653. PMC 4758241 . PMID  26645680. 
  24. ^ Lin, Diana; Coombe, Lauren; Jackman, Shaun D.; Gagalova, Kristina K.; Warren, René L.; Hammond, S. Austin; Kirk, Heather; Pandoh, Pawan; Zhao, Yongjun; Moore, Richard A.; Mungall, Andrew J. (6 de junio de 2019). Rokas, Antonis (ed.). "Secuencia completa del genoma del cloroplasto de una pícea blanca ( Picea glauca , genotipo WS77111) del este de Canadá". Anuncios de recursos de microbiología . 8 (23): e00381–19, /mra/8/23/MRA.00381–19.atom. doi :10.1128/MRA.00381-19. ISSN  2576-098X. PMC 6554609 . Número de modelo:  PMID31171622. 
  25. ^ Coombe, Lauren; Warren, René L.; Jackman, Shaun D.; Yang, Chen; Vandervalk, Benjamin P.; Moore, Richard A.; Pleasance, Stephen; Coope, Robin J.; Bohlmann, Joerg; Holt, Robert A.; Jones, Steven JM (15 de septiembre de 2016). Budak, Hikmet (ed.). "Ensamblaje del genoma completo del cloroplasto de la picea de Sitka utilizando datos de secuenciación GemCode de 10X Genomics". PLOS ONE . ​​11 (9): e0163059. Bibcode :2016PLoSO..1163059C. doi : 10.1371/journal.pone.0163059 . ISSN  1932-6203. PMC 5025161 . PMID  27632164. 
  26. ^ Wakasugi T, Tsudzuki J, Ito S, Nakashima K, Tsudzuki T, Sugiura M (octubre de 1994). "Pérdida de todos los genes ndh determinada mediante la secuenciación del genoma completo del cloroplasto del pino negro Pinus thunbergii". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 91 (21): 9794–8. Bibcode :1994PNAS...91.9794W. doi : 10.1073/pnas.91.21.9794 . PMC 44903 . PMID  7937893. 
  27. ^ McCoy SR, Kuehl JV, Boore JL, Raubeson LA (mayo de 2008). "La secuencia completa del genoma del plástido de Welwitschia mirabilis: un plastoma inusualmente compacto con tasas de divergencia aceleradas". BMC Evolutionary Biology . 8 (1): 130. Bibcode :2008BMCEE...8..130M. doi : 10.1186/1471-2148-8-130 . PMC 2386820 . PMID  18452621. 
  28. ^ abcdefghij Guisinger et al, Implicaciones de la secuencia del genoma de plástidos de Typha (Typhaceae, Poales) para comprender la evolución del genoma en Poaceae, J Mol Evol 70: 149–166 (2010)
  29. ^ Yan M, Moore MJ, Meng A, Yao X, Wang H (21 de septiembre de 2016). "La primera secuencia completa del plastoma de la familia de asteridos basales Styracaceae (Ericales) revela una gran inversión". Plant Systematics and Evolution . 303 (1): 61–70. doi :10.1007/s00606-016-1352-0. ISSN  0378-2697. S2CID  25942874.
  30. ^ ab Kim JS, Kim JH (18 de junio de 2013). "Análisis comparativo del genoma y relación filogenética del orden Liliales a partir de las secuencias completas del genoma de plástidos de dos lirios (Lilium longiflorum y Alstroemeria aurea)". PLOS ONE . ​​8 (6): e68180. Bibcode :2013PLoSO...868180K. doi : 10.1371/journal.pone.0068180 . PMC 3688979 . PMID  23950788. 
  31. ^ Goremykin VV, Hirsch-Ernst KI, Wolfl S, Hellwig FH (septiembre de 2003). "El análisis de la secuencia del genoma del cloroplasto de Amborella trichopoda sugiere que Amborella no es una angiosperma basal". Biología molecular y evolución . 20 (9): 1499–505. doi : 10.1093/molbev/msg159 . PMID  12832641.
  32. ^ Sato S, Nakamura Y, Kaneko T, Asamizu E, Tabata S (octubre de 1999). "Estructura completa del genoma del cloroplasto de Arabidopsis thaliana". DNA Research . 6 (5): 283–90. doi : 10.1093/dnares/6.5.283 . PMID  10574454.
  33. ^ Schmitz-Linneweber C, Regel R, Du TG, Hupfer H, Herrmann RG, Maier RM (septiembre de 2002). "El cromosoma plastídico de Atropa belladonna y su comparación con el de Nicotiana tabacum: el papel de la edición de ARN en la generación de divergencia en el proceso de especiación de las plantas". Biología molecular y evolución . 19 (9): 1602–12. doi :10.1093/oxfordjournals.molbev.a004222. PMID  12200487. S2CID  1111063.
  34. ^ abcd Hansen DR, Dastidar SG, Cai Z, Peñaflor C, Kuehl JV, Boore JL, Jansen RK (noviembre de 2007). "Implicaciones filogenéticas y evolutivas de las secuencias completas del genoma del cloroplasto de cuatro angiospermas de divergencia temprana: Buxus (Buxaceae), Chloranthus (Chloranthaceae), Dioscorea (Dioscoreaceae) e Illicium (Schisandraceae)". Filogenética molecular y evolución . 45 (2): 547–63. Código Bib : 2007 MolPE..45..547H. doi :10.1016/j.ympev.2007.06.004. PMID  17644003.
  35. ^ Goremykin V, Hirsch-Ernst KI, Wölfl S, Hellwig FH (2003). "El genoma del cloroplasto de la angiosperma basal Calycanthus fertilis : análisis estructural y filogenético". Plant Systematics and Evolution . 242 (1–4): 119–135. Bibcode :2003PSyEv.242..119G. doi :10.1007/s00606-003-0056-4. S2CID  44377635.
  36. ^ Yang Y, Wang M, Lu Z, Xie X, Feng S (4 de enero de 2017). "Caracterización del genoma completo del cloroplasto de Carpinus tientaiensis ". Recursos genéticos de conservación . 9 (2): 339–341. Bibcode :2017ConGR...9..339Y. doi :10.1007/s12686-016-0668-y. ISSN  1877-7252. S2CID  5184815.
  37. ^ Bausher MG, Singh ND, Lee SB, Jansen RK, Daniell H (septiembre de 2006). "La secuencia completa del genoma del cloroplasto de Citrus sinensis (L.) Osbeck var 'Ridge Pineapple': organización y relaciones filogenéticas con otras angiospermas". BMC Plant Biology . 6 : 21. doi : 10.1186/1471-2229-6-21 . PMC 1599732 . PMID  17010212. 
  38. ^ Huang YY, Matzke AJ, Matzke M (30 de agosto de 2013). "Secuencia completa y análisis comparativo del genoma del cloroplasto de la palma de coco (Cocos nucifera)". PLOS ONE . ​​8 (8): e74736. Bibcode :2013PLoSO...874736H. doi : 10.1371/journal.pone.0074736 . PMC 3758300 . PMID  24023703. 
  39. ^ Samson N, Bausher MG, Lee SB, Jansen RK, Daniell H (marzo de 2007). "La secuencia completa de nucleótidos del genoma del cloroplasto del café (Coffea arabica L.): organización e implicaciones para la biotecnología y las relaciones filogenéticas entre las angiospermas". Plant Biotechnology Journal . 5 (2): 339–53. doi :10.1111/j.1467-7652.2007.00245.x. PMC 3473179 . PMID  17309688. 
  40. ^ Leseberg CH, Duvall MR (octubre de 2009). "El genoma completo del cloroplasto de Coix lacryma-jobi y un análisis evolutivo molecular comparativo de los plastomas en cereales". Journal of Molecular Evolution . 69 (4): 311–8. Bibcode :2009JMolE..69..311L. doi :10.1007/s00239-009-9275-9. PMID  19777151. S2CID  24418374.
  41. ^ Wicke S, Müller KF, de Pamphilis CW, Quandt D, Wickett NJ, Zhang Y, Renner SS, Schneeweiss GM (octubre de 2013). "Mecanismos de reducción funcional y física del genoma en plantas parásitas fotosintéticas y no fotosintéticas de la familia del jopo". The Plant Cell . 25 (10): 3711–25. doi :10.1105/tpc.113.113373. PMC 3877813 . PMID  24143802. 
  42. ^ Plader W, Yukawa Y, Sugiura M, Malepszy S (2007). "La estructura completa del genoma del cloroplasto del pepino (Cucumis sativus L.): su composición y análisis comparativo". Cellular & Molecular Biology Letters . 12 (4): 584–94. doi :10.2478/s11658-007-0029-7. PMC 6275786 . PMID  17607527. 
  43. ^ ab McNeal JR, Kuehl JV, Boore JL, de Pamphilis CW (octubre de 2007). "Las secuencias completas del genoma de plástidos sugieren una fuerte selección para la retención de genes fotosintéticos en el género de plantas parásitas Cuscuta". BMC Plant Biology . 7 : 57. doi : 10.1186/1471-2229-7-57 . PMC 2216012 . PMID  17956636. 
  44. ^ ab Funk HT, Berg S, Krupinska K, Maier UG, Krause K (agosto de 2007). "Secuencias de ADN completas de los genomas de plástidos de dos especies de plantas parásitas con flores, Cuscuta reflexa y Cuscuta gronovii". BMC Plant Biology . 7 : 45. doi : 10.1186/1471-2229-7-45 . PMC 2089061 . PMID  17714582. 
  45. ^ Lin CS, Chen JJ, Huang YT, Chan MT, Daniell H, Chang WJ, Hsu CT, Liao DC, Wu FH, Lin SY, Liao CF, Deyholos MK, Wong GK, Albert VA, Chou ML, Chen CY, Shih MC (marzo de 2015). "La ubicación y translocación de genes ndh de origen cloroplástico en la familia Orchidaceae". Scientific Reports . 5 : 9040. Bibcode :2015NatSR...5E9040L. doi :10.1038/srep09040. PMC 4356964 . PMID  25761566. 
  46. ^ Roquet C, Coissac É, Cruaud C, Boleda M, Boyer F, Alberti A, Gielly L, Taberlet P, Thuiller W, Van Es J, Lavergne S (julio de 2016). "Comprensión de la evolución de las plantas holoparásitas: el genoma plastidio completo del holoparásito Cytinus hipocistis (Cytinaceae)". Anales de botánica . 118 (5): 885–896. doi :10.1093/aob/mcw135. PMC 5055816 . PMID  27443299. 
  47. ^ Ruhlman T, Lee SB, Jansen RK, Hostetler JB, Tallon LJ, Town CD, Daniell H (agosto de 2006). "Secuencia completa del genoma del plástido de Daucus carota: implicaciones para la biotecnología y la filogenia de las angiospermas". BMC Genomics . 7 : 222. doi : 10.1186/1471-2164-7-222 . PMC 1579219 . PMID  16945140. 
  48. ^ abc Cai Z, Penaflor C, Kuehl JV, Leebens-Mack J, Carlson JE, dePamphilis CW, Boore JL, Jansen RK (octubre de 2006). "Secuencias completas del genoma de plástidos de Drimys, Liriodendron y Piper: implicaciones para las relaciones filogenéticas de los magnólidos". BMC Evolutionary Biology . 6 (1): 77. Bibcode :2006BMCEE...6...77C. doi : 10.1186/1471-2148-6-77 . PMC 1626487 . PMID  17020608. 
  49. ^ Wolfe KH, Morden CW, Palmer JD (noviembre de 1992). "Función y evolución de un genoma plastídico mínimo de una planta parásita no fotosintética". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 89 (22): 10648–52. Bibcode :1992PNAS...8910648W. doi : 10.1073/pnas.89.22.10648 . PMC 50398 . PMID  1332054. 
  50. ^ ab Schelkunov MI, Shtratnikova VY, Nuraliev MS, Selosse MA, Penin AA, Logacheva MD (enero de 2015). "Explorando los límites de la reducción de genomas de plástidos: un estudio de caso de las orquídeas micoheterotróficas Epipogium aphyllum y Epipogium roseum". Genome Biology and Evolution . 7 (4): 1179–91. doi :10.1093/gbe/evv019. PMC 4419786 . PMID  25635040. 
  51. ^ ab Blazier JC, Jansen RK, Mower JP, Govindu M, Zhang J, Weng ML, Ruhlman TA (junio de 2016). "Presencia variable de la repetición invertida y estabilidad del plastoma en Erodium". Anales de Botánica . 117 (7): 1209–20. doi :10.1093/aob/mcw065. PMC 4904181 . PMID  27192713. 
  52. ^ abc Guisinger MM, Kuehl JV, Boore JL, Jansen RK (enero de 2011). "Reconfiguración extrema de genomas de plástidos en la familia de angiospermas Geraniaceae: reordenamientos, repeticiones y uso de codones". Biología molecular y evolución . 28 (1): 583–600. doi : 10.1093/molbev/msq229 . PMID  20805190.
  53. ^ Steane DA (2005). "Secuencia de nucleótidos completa del genoma del cloroplasto del eucalipto azul de Tasmania, Eucalyptus globulus (Myrtaceae)". DNA Research . 12 (3): 215–20. doi : 10.1093/dnares/dsi006 . PMID  16303753.
  54. ^ Logacheva MD, Samigullin TH, Dhingra A, Penin AA (mayo de 2008). "Genómica comparativa del cloroplasto y filogenética de Fagopyrum esculentum ssp. ancestrale -un ancestro silvestre del trigo sarraceno cultivado". BMC Plant Biology . 8 : 59. doi : 10.1186/1471-2229-8-59 . PMC 2430205 . PMID  18492277. 
  55. ^ Saski C, Lee SB, Daniell H, Wood TC, Tomkins J, Kim HG, Jansen RK (septiembre de 2005). "Secuencia completa del genoma del cloroplasto de Glycine max y análisis comparativos con otros genomas de leguminosas". Biología molecular de plantas . 59 (2): 309–22. doi :10.1007/s11103-005-8882-0. PMID  16247559. S2CID  3332004.
  56. ^ Ibrahim RI, Azuma J, Sakamoto M (octubre de 2006). "Secuencia de nucleótidos completa del genoma del cloroplasto del algodón (Gossypium barbadense L.) con un análisis comparativo de secuencias entre 9 plantas dicotiledóneas". Genes & Genetic Systems . 81 (5): 311–21. doi : 10.1266/ggs.81.311 . PMID  17159292.
  57. ^ Lee SB, Kaittanis C, Jansen RK, Hostetler JB, Tallon LJ, Town CD, Daniell H (marzo de 2006). "La secuencia completa del genoma del cloroplasto de Gossypium hirsutum: organización y relaciones filogenéticas con otras angiospermas". BMC Genomics . 7 : 61. doi : 10.1186/1471-2164-7-61 . PMC 1513215 . PMID  16553962. 
  58. ^ ab Timme RE, Kuehl JV, Boore JL, Jansen RK (marzo de 2007). "Un análisis comparativo de los genomas de plástidos de Lactuca y Helianthus (Asteraceae): identificación de regiones divergentes y categorización de repeticiones compartidas". American Journal of Botany . 94 (3): 302–12. doi : 10.3732/ajb.94.3.302 . PMID  21636403.
  59. ^ Naumann J, Der JP, Wafula EK, Jones SS, Wagner ST, Honaas LA, Ralph PE, Bolin JF, Maass E, Neinhuis C, Wanke S, dePamphilis CW (enero de 2016). "Detección y caracterización del genoma plastidial altamente divergente de la planta parásita no fotosintética Hydnora visseri (Hydnoraceae)". Genome Biology and Evolution . 8 (2): 345–63. doi :10.1093/gbe/evv256. PMC 4779604 . PMID  26739167. 
  60. ^ Lee HL, Jansen RK, Chumley TW, Kim KJ (mayo de 2007). "Las reubicaciones de genes dentro de los genomas de cloroplastos de Jasminum y Menodora (Oleaceae) se deben a múltiples inversiones superpuestas". Biología molecular y evolución . 24 (5): 1161–80. doi : 10.1093/molbev/msm036 . PMID  17329229.
  61. ^ Hu Y, Woeste KE, Zhao P (1 de enero de 2017). "Juglans y su contribución a la filogenia de los cloroplastos". Frontiers in Plant Science . 7 : 1955. doi : 10.3389/fpls.2016.01955 . PMC 5216037 . PMID  28111577. 
  62. ^ Mardanov AV, Ravin NV, Kuznetsov BB, Samigullin TH, Antonov AS, Kolganova TV, Skyabin KG (junio de 2008). "Secuencia completa del genoma del cloroplasto de la lenteja de agua (Lemna minor): organización estructural y relaciones filogenéticas con otras angiospermas". Journal of Molecular Evolution . 66 (6): 555–64. Bibcode :2008JMolE..66..555M. doi :10.1007/s00239-008-9091-7. PMID  18463914. S2CID  10044367.
  63. ^ Malé PJ, Bardon L, Besnard G, Coissac E, Delsuc F, Engel J, Lhuillier E, Scotti-Saintagne C, Tinaut A, Chave J (septiembre de 2014). "El análisis genómico mediante secuenciación aleatoria ayuda a resolver la filogenia de una familia de árboles pantropicales". Recursos de ecología molecular . 14 (5): 966–75. doi :10.1111/1755-0998.12246. PMID  24606032. S2CID  26777683.
  64. ^ Liang H, Carlson JE, Leebens-Mack JH, Wall PK, Mueller LA, Buzgo M, Landherr LL, Hu Y, DiLoreto DS, Ilut DC, Field D, Tanksley SD, Ma H, Claude (2008). "Una base de datos EST para yemas florales de Liriodendron tulipifera L.: el primer recurso EST para genómica funcional y comparativa en Liriodendron". Genetics & Genomes de árboles . 4 (3): 419–433. doi :10.1007/s11295-007-0120-2. S2CID  44266336.
  65. ^ Kato T, Kaneko T, Sato S, Nakamura Y, Tabata S (diciembre de 2000). "Estructura completa del genoma del cloroplasto de una leguminosa, Lotus japonicus". DNA Research . 7 (6): 323–30. doi : 10.1093/dnares/7.6.323 . PMID  11214967.
  66. ^ Daniell H, Wurdack KJ, Kanagaraj A, Lee SB, Saski C, Jansen RK (marzo de 2008). "La secuencia completa de nucleótidos del genoma del cloroplasto de la mandioca (Manihot esculenta) y la evolución de atpF en Malpighiales: edición de ARN y múltiples pérdidas de un intrón del grupo II". Genética teórica y aplicada . 116 (5): 723–37. doi :10.1007/s00122-007-0706-y. PMC 2587239 . PMID  18214421. 
  67. ^ Ravin NV, Gruzdev EV, Beletsky AV, Mazur AM, Prokhortchouk EB, Filyushin MA, Kochieva EZ, Kadnikov VV, Mardanov AV, Skryabin KG (noviembre de 2016). "La pérdida de vías fotosintéticas en los genomas plastídicos y nucleares de la eudicotiledónea micoheterotrófica no fotosintética Monotropa hypopitys". BMC Plant Biology . 16 (Supl 3): 238. doi : 10.1186/s12870-016-0929-7 . PMC 5123295 . PMID  28105941. 
  68. ^ Ravi V, Khurana JP, Tyagi AK, Khurana P (2006). "El genoma del cloroplasto de la morera: secuencia completa de nucleótidos, organización genética y análisis comparativo". Tree Genetics & Genomes . 3 (1): 49–59. doi :10.1007/s11295-006-0051-3. S2CID  22104273.
  69. ^ Shetty SM, Md Shah MU, Makale K, Mohd-Yusuf Y, Khalid N, Othman RY (julio de 2016). "La secuencia completa del genoma del cloroplasto corrobora la heterogeneidad estructural de las repeticiones invertidas en progenitores silvestres de plátanos y bananos cultivados". The Plant Genome . 9 (2). doi : 10.3835/plantgenome2015.09.0089 . PMID  27898825.
  70. ^ ab Moore MJ, Dhingra A, Soltis PS, Shaw R, Farmerie WG, Folta KM, Soltis DE (agosto de 2006). "Pirosecuenciación rápida y precisa de genomas de plástidos de angiospermas". BMC Plant Biology . 6 : 17. doi : 10.1186/1471-2229-6-17 . PMC 1564139 . PMID  16934154. 
  71. ^ Logacheva MD, Schelkunov MI, Penin AA (1 de enero de 2011). "Secuenciación y análisis del genoma de plástidos en la orquídea micoheterotrófica Neottia nidus-avis". Biología y evolución del genoma . 3 : 1296–303. doi : 10.1093/gbe/evr102. PMC 3228488 . PMID  21971517. 
  72. ^ Shinozaki K, Ohme M, Tanaka M, Wakasugi T, Hayashida N, Matsubayashi T, Zaita N, Chunwongse J, Obokata J, Yamaguchi-Shinozaki K, Ohto C, Torazawa K, Meng BY, Sugita M, Deno H, Kamogashira T , Yamada K, Kusuda J, Takaiwa F, Kato A, Tohdoh N, Shimada H, Sugiura M (septiembre de 1986). "La secuencia completa de nucleótidos del genoma del cloroplasto del tabaco: su organización y expresión genética". La Revista EMBO . 5 (9): 2043–2049. doi :10.1002/j.1460-2075.1986.tb04464.x. PMC 1167080 . PMID  16453699. 
  73. ^ ab Raubeson LA, Peery R, ​​Chumley TW, Dziubek C, Fourcade HM, Boore JL, Jansen RK (junio de 2007). "Genómica comparativa de cloroplastos: análisis que incluyen nuevas secuencias de las angiospermas Nuphar advena y Ranunculus macranthus". BMC Genomics . 8 : 174. doi : 10.1186/1471-2164-8-174 . PMC 1925096 . PMID  17573971. 
  74. ^ Goremykin VV, Hirsch-Ernst KI, Wölfl S, Hellwig FH (julio de 2004). "El genoma del cloroplasto de Nymphaea alba: análisis del genoma completo y el problema de identificar la angiosperma más basal". Biología molecular y evolución . 21 (7): 1445–54. doi : 10.1093/molbev/msh147 . PMID  15084683.
  75. ^ abcde Greiner S, Wang X, Rauwolf U, Silber MV, Mayer K, Meurer J, Haberer G, Herrmann RG (abril de 2008). "Las secuencias de nucleótidos completas de los cinco genomas de plástidos genéticamente distintos de Oenothera, subsección Oenothera: I. evaluación de secuencias y evolución de plastomas". Nucleic Acids Research . 36 (7): 2366–78. doi :10.1093/nar/gkn081. PMC 2367718 . PMID  18299283. 
  76. ^ ab Yu J, Wang J, Lin W, Li S, Li H, Zhou J, et al. (febrero de 2005). "Los genomas de Oryza sativa: una historia de duplicaciones". PLOS Biology . 3 (2): e38. doi : 10.1371/journal.pbio.0030038 . PMC 546038 . PMID  15685292. 
  77. ^ Hiratsuka J, Shimada H, Whittier R, Ishibashi T, Sakamoto M, Mori M, Kondo C, Honji Y, Sun CR, Meng BY (junio de 1989). "La secuencia completa del genoma del cloroplasto del arroz (Oryza sativa): la recombinación intermolecular entre genes de ARNt distintos explica una importante inversión del ADN del plástido durante la evolución de los cereales". Genética molecular y general . 217 (2–3): 185–94. doi :10.1007/BF02464880. PMID  2770692. S2CID  36458326.
  78. ^ abc Petersen G, Cuenca A, Seberg O (agosto de 2015). "Evolución de plastomas en muérdagos hemiparasitarios". Genome Biology and Evolution . 7 (9): 2520–32. doi :10.1093/gbe/evv165. PMC 4607522 . PMID  26319577. 
  79. ^ Kim KJ, Lee HL (agosto de 2004). "Secuencias completas del genoma del cloroplasto del ginseng coreano (Panax schinseng Nees) y análisis comparativo de la evolución de la secuencia entre 17 plantas vasculares". DNA Research . 11 (4): 247–61. doi : 10.1093/dnares/11.4.247 . PMID  15500250.
  80. ^ Chumley TW, Palmer JD, Mower JP, Fourcade HM, Calie PJ, Boore JL, Jansen RK (noviembre de 2006). "La secuencia completa del genoma del cloroplasto de Pelargonium x hortorum: organización y evolución del genoma del cloroplasto más grande y más altamente reorganizado de las plantas terrestres". Biología molecular y evolución . 23 (11): 2175–90. doi : 10.1093/molbev/msl089 . PMID  16916942.
  81. ^ Logacheva MD, Schelkunov MI, Nuraliev MS, Samigullin TH, Penin AA (enero de 2014). "El genoma de plástidos de la monocotiledónea micoheterotrófica Petrosavia stellaris exhibe pérdidas de genes y múltiples reordenamientos". Genome Biology and Evolution . 6 (1): 238–46. doi :10.1093/gbe/evu001. PMC 3914687 . PMID  24398375. 
  82. ^ Chang CC, Lin HC, Lin IP, Chow TY, Chen HH, Chen WH, Cheng CH, Lin CY, Liu SM, Chang CC, Chaw SM (febrero de 2006). "El genoma del cloroplasto de Phalaenopsis aphrodite (Orchidaceae): análisis comparativo de la tasa evolutiva con la de las gramíneas y sus implicaciones filogenéticas". Biología molecular y evolución . 23 (2): 279–91. doi : 10.1093/molbev/msj029 . PMID  16207935.
  83. ^ Guo X, Castillo-Ramírez S, González V, Bustos P, Fernández-Vázquez JL, Santamaría RI, Arellano J, Cevallos MA, Dávila G (julio de 2007). "Rápido cambio evolutivo del plastoma del frijol común (Phaseolus vulgaris L) y diversificación genómica de los cloroplastos de leguminosas". Genómica BMC . 8 : 228. doi : 10.1186/1471-2164-8-228 . PMC 1940014 . PMID  17623083. 
  84. ^ ab Bellot S, Renner SS (diciembre de 2015). "Los plastomas de dos especies del género endoparásito Pilostyles (Apodanthaceae) conservan cada uno solo cinco o seis genes posiblemente funcionales". Genome Biology and Evolution . 8 (1): 189–201. doi :10.1093/gbe/evv251. PMC 4758247 . PMID  26660355. 
  85. ^ Okumura S, Sawada M, Park YW, Hayashi T, Shimamura M, Takase H, Tomizawa K (octubre de 2006). "Transformación de plástidos de álamo (Populus alba) y expresión de proteínas extrañas en cloroplastos de árboles". Investigación transgénica . 15 (5): 637–46. doi :10.1007/s11248-006-9009-3. PMID  16952016. S2CID  39294451.
  86. ^ Delannoy E, Fujii S, Colas des Francs-Small C, Brundrett M, Small I (julio de 2011). "La pérdida desenfrenada de genes en la orquídea subterránea Rhizanthella gardneri destaca las limitaciones evolutivas de los genomas de los plástidos". Biología molecular y evolución . 28 (7): 2077–86. doi :10.1093/molbev/msr028. PMC 3112369 . PMID  21289370. 
  87. ^ Lam VK, Soto Gomez M, Graham SW (julio de 2015). "El plastoma altamente reducido de Sciaphila (Triuridaceae) micoheterotrófica es colineal con sus parientes verdes y se encuentra bajo una fuerte selección purificadora". Genome Biology and Evolution . 7 (8): 2220–36. doi :10.1093/gbe/evv134. PMC 4558852 . PMID  26170229. 
  88. ^ Chung HJ, Jung JD, Park HW, Kim JH, Cha HW, Min SR, Jeong WJ, Liu JR (diciembre de 2006). "Las secuencias completas del genoma del cloroplasto de Solanum tuberosum y el análisis comparativo con especies de Solanaceae identificaron la presencia de una deleción de 241 pb en la secuencia de ADN del cloroplasto de la papa cultivada". Plant Cell Reports . 25 (12): 1369–79. doi :10.1007/s00299-006-0196-4. PMID  16835751. S2CID  24055793.
  89. ^ Schmitz-Linneweber C, Maier RM, Alcaraz JP, Cottet A, Herrmann RG, Mache R (febrero de 2001). "El cromosoma plastídico de la espinaca (Spinacia oleracea): secuencia completa de nucleótidos y organización génica". Biología molecular de plantas . 45 (3): 307–15. doi :10.1023/A:1006478403810. PMID  11292076. S2CID  28271437.
  90. ^ Haberle RC, Fourcade HM, Boore JL, Jansen RK (abril de 2008). "Extensos reordenamientos en el genoma del cloroplasto de Trachelium caeruleum están asociados con repeticiones y genes de ARNt". Journal of Molecular Evolution . 66 (4): 350–61. Bibcode :2008JMolE..66..350H. CiteSeerX 10.1.1.174.5498 . doi :10.1007/s00239-008-9086-4. PMID  18330485. S2CID  18228097. 
  91. ^ Cai Z, et al. (2008). "La reorganización extensa del genoma del plástido de Trifolium subterraneum (Fabaceae) está asociada con numerosas secuencias repetidas y nuevas inserciones de ADN". J Mol Evol . 67 (6): 696–704. Bibcode :2008JMolE..67..696C. doi :10.1007/s00239-008-9180-7. PMID  19018585. S2CID  36486188.
  92. ^ Ogihara Y, Isono K, Kojima T, Endo A, Hanaoka M, Shiina T, et al. (2000). "Genoma del cloroplasto del trigo de primavera chino ( Triticum aestivum L.): secuencia completa y clones contig". Plant Molecular Biology Reporter . 18 (3): 243–253. doi :10.1007/BF02823995. S2CID  41773993.
  93. ^ Ogihara Y, Isono K, Kojima T, Endo A, Hanaoka M, Shiina T, Terachi T, Utsugi S, Murata M, Mori N, Takumi S, Ikeo K, Gojobori T, Murai R, Murai K, Matsuoka Y, Ohnishi Y, Tajiri H, Tsunewaki K (enero de 2002). "Características estructurales de un plastoma de trigo reveladas por la secuenciación completa del ADN del cloroplasto". Genética y Genómica Molecular . 266 (5): 740–6. doi :10.1007/s00438-001-0606-9. PMID  11810247. S2CID  22434780.
  94. ^ Fajardo D, Senalik D, Ames M, Zhu H, Steffan SA, Harbut R, Polashock J, Vorsa N, Gillespie E, Kron K, Zalapa JE (2013). "Secuencia completa del genoma del plástido de Vaccinium macrocarpon: estructura, contenido genético y reordenamientos revelados por la secuenciación de próxima generación". Genética y genomas de árboles . 9 (2): 489–498. doi :10.1007/s11295-012-0573-9. S2CID  17130517.
  95. ^ Jansen RK, Kaittanis C, Saski C, Lee SB, Tomkins J, Alverson AJ, Daniell H (abril de 2006). "Análisis filogenéticos de Vitis (Vitaceae) basados ​​en secuencias completas del genoma del cloroplasto: efectos del muestreo de taxones y métodos filogenéticos en la resolución de relaciones entre rósidas". BMC Evolutionary Biology . 6 (1): 32. Bibcode :2006BMCEE...6...32J. doi : 10.1186/1471-2148-6-32 . PMC 1479384 . PMID  16603088. 
  96. ^ Maier RM, Neckermann K, Igloi GL, Kössel H (septiembre de 1995). "Secuencia completa del genoma del cloroplasto del maíz: contenido genético, puntos calientes de divergencia y ajuste fino de la información genética mediante edición de transcripción". Journal of Molecular Biology . 251 (5): 614–28. doi :10.1006/jmbi.1995.0460. PMID  7666415.
  97. ^ Moore MJ, Bell CD, Soltis PS, Soltis DE (diciembre de 2007). "Uso de datos a escala del genoma de plástidos para resolver relaciones enigmáticas entre angiospermas basales". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 104 (49): 19363–8. Bibcode :2007PNAS..10419363M. doi : 10.1073/pnas.0708072104 . PMC 2148295 . PMID  18048334. 
  98. ^ Gerald A. Tuskan y otros (110 autores). 2006. "El genoma del álamo negro, Populus trichocarpa (Torr. & Gray)". Ciencia 313 (5793): 1596-1604.
  99. ^ Nickrent DL, Malécot V, Vidal-Russell R, Der JP (2010). "Una clasificación revisada de Santalales". Taxon . 59 (2): 538–558. doi :10.1002/tax.592019. S2CID  85950875.
  100. ^ ab Leliaert F, Lopez-Bautista JM (marzo de 2015). "Los genomas de cloroplastos de Bryopsis plumosa y Tydemania expeditiones (Bryopsidales, Chlorophyta): genomas compactos y genes de origen bacteriano". BMC Genomics . 16 (1): 204. doi : 10.1186/s12864-015-1418-3 . PMC 4487195 . PMID  25879186. 
  101. ^ Turmel M, Otis C, Lemieux C (agosto de 2002). "Las secuencias del genoma mitocondrial y del cloroplasto del carófito Chaetosphaeridium globosum: perspectivas sobre el momento en que ocurrieron los eventos que reestructuraron el ADN de los orgánulos dentro del linaje de las algas verdes que condujeron a las plantas terrestres". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 99 (17): 11275–80. Bibcode :2002PNAS...9911275T. doi : 10.1073/pnas.162203299 . PMC 123247 . PMID  12161560. 
  102. ^ Wakasugi T, Nagai T, Kapoor M, Sugita M, Ito M, Ito S, Tsudzuki J, Nakashima K, Tsudzuki T, Suzuki Y, Hamada A, Ohta T, Inamura A, Yoshinaga K, Sugiura M (mayo de 1997). "Secuencia completa de nucleótidos del genoma del cloroplasto del alga verde Chlorella vulgaris: existencia de genes posiblemente implicados en la división del cloroplasto". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 94 (11): 5967–72. Código bibliográfico : 1997PNAS...94.5967W. doi : 10.1073/pnas.94.11.5967 . PMC 20890 . PMID  9159184. 
  103. ^ Turmel M, Otis C, Lemieux C (mayo de 2007). "Un genoma mitocondrial inesperadamente grande y poco compacto en el alga verde caróficea Chlorokybus atmophyticus". BMC Genomics . 8 : 137. doi : 10.1186/1471-2164-8-137 . PMC 1894977 . PMID  17537252. 
  104. ^ Smith DR, et al. (mayo de 2010). "Los genomas de los orgánulos de Dunaliella salina: secuencias grandes, infladas con ADN intrónico e intergénico". BMC Plant Biology . 10 : 83. doi : 10.1186/1471-2229-10-83 . PMC 3017802 . PMID  20459666. 
  105. ^ de Koning AP, Keeling PJ (abril de 2006). "La secuencia completa del genoma del plástido del alga verde parásita Helicosporidium sp. está muy reducida y estructurada". BMC Biology . 4 : 12. doi : 10.1186/1741-7007-4-12 . PMC 1463013 . PMID  16630350. 
  106. ^ de Cambiaire JC, Otis C, Turmel M, Lemieux C (julio de 2007). "La secuencia del genoma del cloroplasto del alga verde Leptosira terrestris: múltiples pérdidas de la repetición invertida y reordenamientos extensos del genoma dentro de Trebouxiophyceae". BMC Genomics . 8 : 213. doi : 10.1186/1471-2164-8-213 . PMC 1931444 . PMID  17610731. 
  107. ^ abc Turmel M, Gagnon MC, O'Kelly CJ, Otis C, Lemieux C (marzo de 2009). "Los genomas de los cloroplastos de las algas verdes Pyramimonas, Monomastix y Pycnococcus arrojan nueva luz sobre la historia evolutiva de los prasinofitos y el origen de los cloroplastos secundarios de los euglenidos". Biología molecular y evolución . 26 (3): 631–48. doi : 10.1093/molbev/msn285 . PMID  19074760.
  108. ^ Turmel M, Otis C, Lemieux C (agosto de 1999). "La secuencia completa del ADN del cloroplasto del alga verde Nephroselmis olivacea: perspectivas sobre la arquitectura de los genomas ancestrales del cloroplasto". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 96 (18): 10248–53. Bibcode :1999PNAS...9610248T. doi : 10.1073/pnas.96.18.10248 . PMC 17874 . PMID  10468594. 
  109. ^ Brouard JS, Otis C, Lemieux C, Turmel M (junio de 2008). "Secuencia de ADN del cloroplasto del alga verde Oedogonium cardiacum (Chlorophyceae): arquitectura genómica única, caracteres derivados compartidos con Chaetophorales y genes nuevos adquiridos mediante transferencia horizontal". BMC Genomics . 9 : 290. doi : 10.1186/1471-2164-9-290 . PMC 2442088 . PMID  18558012. 
  110. ^ Pombert JF, Lemieux C, Turmel M (febrero de 2006). "La secuencia completa del ADN del cloroplasto del alga verde Oltmannsiellopsis viridis revela una arquitectura cuatripartita distintiva en el genoma del cloroplasto de ulvofitas divergentes tempranas". BMC Biology . 4 : 3. doi : 10.1186/1741-7007-4-3 . PMC 1402334 . PMID  16472375. 
  111. ^ Robbens S, Derelle E, Ferraz C, Wuyts J, Moreau H, Van de Peer Y (abril de 2007). "La secuencia completa de ADN mitocondrial y de cloroplasto de Ostreococcus tauri: los genomas de orgánulos del eucariota más pequeño son ejemplos de compactación". Biología molecular y evolución . 24 (4): 956–68. doi : 10.1093/molbev/msm012 . PMID  17251180.
  112. ^ Pombert JF, Otis C, Lemieux C, Turmel M (septiembre de 2005). "La secuencia del genoma del cloroplasto del alga verde Pseudendoclonium akinetum (Ulvophyceae) revela características estructurales inusuales y nuevos conocimientos sobre el orden de ramificación de los linajes de clorofitas". Biología molecular y evolución . 22 (9): 1903–18. doi : 10.1093/molbev/msi182 . PMID  15930151.
  113. ^ de Cambiaire JC, Otis C, Lemieux C, Turmel M (abril de 2006). "La secuencia completa del genoma del cloroplasto del alga verde clorofícea Scenedesmus obliquus revela una organización génica compacta y una distribución sesgada de los genes en las dos cadenas de ADN". BMC Evolutionary Biology . 6 (1): 37. Bibcode :2006BMCEE...6...37D. doi : 10.1186/1471-2148-6-37 . PMC 1513399 . PMID  16638149. 
  114. ^ Turmel M, Otis C, Lemieux C (octubre de 2005). "Las secuencias completas de ADN del cloroplasto de las algas verdes carófitas Staurastrum y Zygnema revelan que el genoma del cloroplasto sufrió cambios extensos durante la evolución de las Zygnematales". BMC Biology . 3 : 22. doi : 10.1186/1741-7007-3-22 . PMC 1277820 . PMID  16236178. 
  115. ^ Bélanger AS, Brouard JS, Charlebois P, Otis C, Lemieux C, Turmel M (noviembre de 2006). "Arquitectura distintiva del genoma del cloroplasto en el alga verde clorofícea Stigeoclonium helveticum". Genética molecular y genómica . 276 (5): 464–77. doi :10.1007/s00438-006-0156-2. PMID  16944205. S2CID  19489840.
  116. ^ Melton JT, Leliaert F, Tronholm A, Lopez-Bautista JM (2015). "Los genomas completos del cloroplasto y de las mitocondrias de la macroalga verde Ulva sp. UNA00071828 (Ulvophyceae, Chlorophyta)". PLOS ONE . ​​10 (4): e0121020. Bibcode :2015PLoSO..1021020M. doi : 10.1371/journal.pone.0121020 . PMC 4388391 . PMID  25849557. 
  117. ^ Smith DR, Lee RW (marzo de 2009). "Los genomas mitocondriales y plastídicos de Volvox carteri: moléculas hinchadas ricas en ADN repetitivo". BMC Genomics . 10 (132): 132. doi : 10.1186/1471-2164-10-132 . PMC 2670323 . PMID  19323823. 
  118. ^ abcdefghijklmnopq Lee J, Cho CH, Park SI, Choi JW, Song HS, West JA, Bhattacharya D, Yoon HS (septiembre de 2016). "Evolución paralela de la arquitectura del genoma de plástidos altamente conservada en algas rojas y plantas con semillas". BMC Biology . 14 (1): 75. doi : 10.1186/s12915-016-0299-5 . PMC 5010701 . PMID  27589960. 
  119. ^ ab Janouškovec J, Liu SL, Martone PT, Carré W, Leblanc C, Collén J, Keeling PJ (25 de marzo de 2013). Bhattacharya D (ed.). "Evolución de los genomas de plástidos de algas rojas: arquitecturas antiguas, intrones, transferencia horizontal de genes y utilidad taxonómica de los marcadores de plástidos". PLOS ONE . ​​8 (3): e59001. Bibcode :2013PLoSO...859001J. doi : 10.1371/journal.pone.0059001 . PMC 3607583 . PMID  23536846. 
  120. ^ Ohta N, Matsuzaki M, Misumi O, Miyagishima SY, Nozaki H, Tanaka K, Shin-I T, Kohara Y, Kuroiwa T (abril de 2003). "Secuencia completa y análisis del genoma del plástido del alga roja unicelular Cyanidioschyzon merolae". Investigación del ADN . 10 (2): 67–77. doi : 10.1093/dnares/10.2.67 . PMID  12755171.
  121. ^ Glöckner G, Rosenthal A, Valentin K (octubre de 2000). "La estructura y el repertorio genético de un antiguo genoma de plástido de alga roja". Journal of Molecular Evolution . 51 (4): 382–90. Bibcode :2000JMolE..51..382G. CiteSeerX 10.1.1.566.2529 . doi :10.1007/s002390010101. PMID  11040290. S2CID  23064129. 
  122. ^ Jain K, Krause K, Grewe F, Nelson GF, Weber AP, Christensen AC, Mower JP (diciembre de 2014). "Características extremas de los genomas organulares de Galdieria sulphuraria: ¿una consecuencia de la poliextremofilia?". Genome Biology and Evolution . 7 (1): 367–80. doi :10.1093/gbe/evu290. PMC 4316638 . PMID  25552531. 
  123. ^ abcd Lee J, Kim KM, Yang EC, Miller KA, Boo SM, Bhattacharya D, Yoon HS (marzo de 2016). "Reconstrucción de la compleja historia evolutiva de plásmidos móviles en genomas de algas rojas". Scientific Reports . 6 (1): 23744. Bibcode :2016NatSR...623744L. doi :10.1038/srep23744. PMC 4814812 . PMID  27030297. 
  124. ^ Boo GH, Hughey JR (febrero de 2019). "La filogenómica y las filogenias multigénicas descifran dos nuevas algas marinas crípticas de California, Gelidium gabrielsonii y G. kathyanniae (Gelidiales, Rhodophyta)". Revista de Ficología . 55 (1): 160–172. Bibcode :2019JPcgy..55..160B. doi : 10.1111/jpy.12802 . PMID  30341779.
  125. ^ Ho CL, Lee WK, Lim EL (marzo de 2018). "Descifrando los genomas nucleares y de cloroplastos de una macroalga roja productora de agar, Gracilaria changii (Rhodophyta, Gracilariales)". Genómica . 110 (2): 124–133. doi : 10.1016/j.ygeno.2017.09.003 . PMID  28890206.
  126. ^ Campbell, Matthew A.; Presting, Gernot; Bennett, Matthew S.; Sherwood, Alison R. (21 de febrero de 2014). "Genomas organulares altamente conservados en las Gracilariales según se infiere utilizando nuevos datos del alga invasora hawaiana Gracilaria salicornia (Rhodophyta". Phycologia . 53 (2): 109–116. Bibcode :2014Phyco..53..109C. doi :10.2216/13-222.1. S2CID  85867132.
  127. ^ Hagopian JC, Reis M, Kitajima JP, Bhattacharya D, de Oliveira MC (octubre de 2004). "El análisis comparativo de la secuencia completa del genoma del plástido del alga roja Gracilaria tenuistipitata var. liui proporciona información sobre la evolución de los rodoplastos y su relación con otros plástidos". Journal of Molecular Evolution . 59 (4): 464–77. Bibcode :2004JMolE..59..464H. CiteSeerX 10.1.1.614.9150 . doi :10.1007/s00239-004-2638-3. PMID  15638458. S2CID  19135480. 
  128. ^ DePriest MS, Bhattacharya D, López-Bautista JM (19 de julio de 2013). "El genoma plastídico de la macroalga roja Grateloupia taiwanensis (Halymeniaceae)". PLOS ONE . ​​8 (7): e68246. Bibcode :2013PLoSO...868246D. doi : 10.1371/journal.pone.0068246 . PMC 3716797 . PMID  23894297. 
  129. ^ abc Cho CH, Choi JW, Lam DW, Kim KM, Yoon HS (8 de mayo de 2018). "El análisis del genoma de plástidos de tres especies de algas rojas Nemaliophycidae sugiere una adaptación ambiental para hábitats con hierro limitado". PLOS ONE . ​​13 (5): e0196995. Bibcode :2018PLoSO..1396995C. doi : 10.1371/journal.pone.0196995 . PMC 5940233 . PMID  29738547. 
  130. ^ Reith M, Munholland J (abril de 1993). "Un mapa genético de alta resolución del genoma del cloroplasto del alga roja Porphyra purpurea". The Plant Cell . 5 (4): 465–475. doi :10.1105/tpc.5.4.465. PMC 160285 . PMID  12271072. 
  131. ^ Brawley SH, Blouin NA, Ficko-Blean E, Wheeler GL, Lohr M, Goodson HV, et al. (agosto de 2017). "Porphyra umbilicalis (Bangiophyceae, Rhodophyta)". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 114 (31): E6361–E6370. doi : 10.1073/pnas.1703088114 . PMC 5547612 . PMID  28716924. 
  132. ^ Tajima N, Sato S, Maruyama F, Kurokawa K, Ohta H, Tabata S, Sekine K, Moriyama T, Sato N (mayo de 2014). "Análisis del genoma completo del plástido del alga roja unicelular Porphyridium purpureum". Revista de investigación de plantas . 127 (3): 389–97. Bibcode :2014JPlR..127..389T. doi :10.1007/s10265-014-0627-1. PMID  24595640. S2CID  1420996.
  133. ^ abc Hughey JR, Gabrielson PW, Rohmer L, Tortolani J, Silva M, Miller KA, Young JD, Martell C, Ruediger E (junio de 2014). "El muestreo mínimamente destructivo de especímenes tipo de Pyropia (Bangiales, Rhodophyta) recupera genomas completos de plástidos y mitocondriales". Scientific Reports . 4 (1): 5113. Bibcode :2014NatSR...4E5113H. doi :10.1038/srep05113. PMC 4044621 . PMID  24894641. 
  134. ^ ab Wang L, Mao Y, Kong F, Li G, Ma F, Zhang B, Sun P, Bi G, Zhang F, Xue H, Cao M (29 de mayo de 2013). "Secuencia completa y análisis de genomas de plástidos de dos algas rojas económicamente importantes: Pyropia haitanensis y Pyropia yezoensis". PLOS ONE . ​​8 (5): e65902. Bibcode :2013PLoSO...865902W. doi : 10.1371/journal.pone.0065902 . PMC 3667073 . PMID  23734264. 
  135. ^ Salomaki ED, Nickles KR, Lane CE (abril de 2015). "El plastidio fantasma de Choreocolax polysiphoniae". Revista de psicología . 51 (2): 217–21. Código Bibliográfico :2015JPcgy..51..217S. doi :10.1111/jpy.12283. PMID  26986516. S2CID  30670447.
  136. ^ Löffelhardt W, Bohnert HJ, Bryant DA (1997). "La secuencia completa del genoma de Cyanophora paradoxa cyanelle (Glaucocystophyceae)". Plant Systematics and Evolution . Vol. 11. Springer Vienna. págs. 149–162. doi :10.1007/978-3-7091-6542-3_8. ISBN 9783211830352.
  137. ^ abcd Kim JI, Moore CE, Archibald JM, Bhattacharya D, Yi G, Yoon HS, Shin W (julio de 2017). "Dinámica evolutiva de los genomas de los plástidos criptofitos". Genome Biology and Evolution . 9 (7): 1859–1872. doi :10.1093/gbe/evx123. PMC 5534331 . PMID  28854597. 
  138. ^ Donaher N, Tanifuji G, Onodera NT, Malfatti SA, Chain PS, Hara Y, Archibald JM (noviembre de 2009). "La secuencia completa del genoma del plástido del alga secundariamente no fotosintética Cryptomonas paramecium: reducción, compactación y tasa evolutiva acelerada". Genome Biology and Evolution . 1 : 439–48. doi :10.1093/gbe/evp047. PMC 2839278 . PMID  20333213. 
  139. ^ Sánchez Puerta MV, Bachvaroff TR, Delwiche CF (1 de enero de 2005). "La secuencia completa del genoma plastidial del haptofito Emiliania huxleyi: una comparación con otros genomas plastidiales". DNA Research . 12 (2): 151–6. doi : 10.1093/dnares/12.2.151 . PMID  16303746.
  140. ^ Douglas SE, Penny SL (febrero de 1999). "El genoma plastidial del alga criptofita Guillardia theta: secuencia completa y grupos sinténicos conservados confirman su ascendencia común con las algas rojas". Journal of Molecular Evolution . 48 (2): 236–44. Bibcode :1999JMolE..48..236D. doi :10.1007/PL00006462. PMID  9929392. S2CID  2005223.
  141. ^ Cattolico RA, Jacobs MA, Zhou Y, Chang J, Duplessis M, Lybrand T, McKay J, Ong HC, Sims E, Rocap G (mayo de 2008). "Análisis de la secuenciación del genoma del cloroplasto de las cepas CCMP452 (Atlántico occidental) y NIES293 (Pacífico occidental) de Heterosigma akashiwo". BMC Genomics . 9 (1): 211. doi : 10.1186/1471-2164-9-211 . PMC 2410131 . PMID  18462506. 
  142. ^ Kowallik KV, Stoebe B, Schaffran I, Kroth-Pancic P, Freier U (diciembre de 1995). "El genoma del cloroplasto de un alga que contiene clorofila+c, Odontella sinensis". Plant Molecular Biology Reporter . 13 (4): 336–342. doi :10.1007/BF02669188. ISSN  0735-9640. S2CID  1515475.
  143. ^ ab Oudot-Le Secq MP, Grimwood J, Shapiro H, Armbrust EV, Bowler C, Green BR (abril de 2007). "Genomas de cloroplastos de las diatomeas Phaeodactylum tricornutum y Thalassiosira pseudonana: comparación con otros genomas de plástidos del linaje rojo". Genética molecular y genómica . 277 (4): 427–39. doi :10.1007/s00438-006-0199-4. PMID  17252281. S2CID  23192934.
  144. ^ Khan H, Parks N, Kozera C, Curtis BA, Parsons BJ, Bowman S, Archibald JM (agosto de 2007). "Secuencia del genoma de plástidos del alga criptofita Rhodomonas salina CCMP1319: transferencia lateral de la maquinaria putativa de replicación de ADN y una prueba de filogenia de plástidos cromistas". Biología molecular y evolución . 24 (8): 1832–42. doi : 10.1093/molbev/msm101 . PMID  17522086.
  145. ^ Kim JI, Yoon HS, Yi G, Kim HS, Yih W, Shin W (5 de junio de 2015). Przyborski JM (ed.). "El genoma plastidio de la criptomona Teleaulax amphioxeia". MÁS UNO . 10 (6): e0129284. Código Bib : 2015PLoSO..1029284K. doi : 10.1371/journal.pone.0129284 . PMC 4457928 . PMID  26047475. 
  146. ^ Rogers MB, Gilson PR, Su V, McFadden GI, Keeling PJ (enero de 2007). "El genoma completo del cloroplasto de la clorarachniofita Bigelowiella natans: evidencia de orígenes independientes de los endosimbiontes secundarios de la clorarachniofita y los euglenidos". Biología molecular y evolución . 24 (1): 54–62. doi : 10.1093/molbev/msl129 . PMID  16990439.
  147. ^ abc Suzuki S, Hirakawa Y, Kofuji R, Sugita M, Ishida KI (julio de 2016). "Las secuencias del genoma de plástidos de Gymnochlora stellata, Lotharella vacuolata y Partenskyella glossopodia revelan una notable conservación estructural entre las especies de clorarachniofitas". Journal of Plant Research . 129 (4): 581–590. Bibcode :2016JPlR..129..581S. doi :10.1007/s10265-016-0804-5. PMID  26920842. S2CID  3463713.
  148. ^ Tanifuji G, Onodera NT, Brown MW, Curtis BA, Roger AJ, Ka-Shu Wong G, Melkonian M, Archibald JM (mayo de 2014). "Secuencias genómicas de nucleomorfos y plástidos de la clorarachniofita Lotharella oceanica: evolución reductiva convergente y recombinación frecuente en algas portadoras de nucleomorfos". BMC Genomics . 15 (1): 374. doi : 10.1186/1471-2164-15-374 . PMC 4035089 . PMID  24885563. 
  149. ^ Hallick RB, Hong L, Drager RG, Favreau MR, Monfort A, Orsat B, Spielmann A, Stutz E (julio de 1993). "Secuencia completa del ADN del cloroplasto de Euglena gracilis". Nucleic Acids Research . 21 (15): 3537–44. doi :10.1093/nar/21.15.3537. PMC 331456 . PMID  8346031. 
  150. ^ Cai X, Fuller AL, McDougald LR, Zhu G (diciembre de 2003). "Genoma apicoplasto del coccidio Eimeria tenella". Gen.321 : 39–46. doi :10.1016/j.gene.2003.08.008. PMID  14636990.
  151. ^ ab Suzuki S, Shirato S, Hirakawa Y, Ishida KI (2015). "Secuencias del genoma nucleomorfo de dos cloraracniofitos, Amorphochlora amoebiformis y Lotharella vacuolata". Biología y evolución del genoma . 7 (6): 1533-1545. doi : 10.1093/gbe/evv096 . PMC 4494063 . PMID  26002880. 
  152. ^ Gilson PR, Su V, Slamovits CH, Reith ME, Keeling PJ, McFadden GI (junio de 2006). "Secuencia de nucleótidos completa del nucleomorfo cloraracniofito: el núcleo más pequeño de la naturaleza". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 103 (25): 9566–71. Bibcode :2006PNAS..103.9566G. doi : 10.1073/pnas.0600707103 . PMC 1480447 . PMID  16760254. 
  153. ^ Curtis BA, Tanifuji G, Burki F, Gruber A, Irimia M, Maruyama S, et al. (diciembre de 2012). "Los genomas de las algas revelan un mosaicismo evolutivo y el destino de los nucleomorfos" (PDF) . Nature . 492 (7427): 59–65. Bibcode :2012Natur.492...59C. doi : 10.1038/nature11681 . PMID  23201678.
  154. ^ Moore CE, Curtis B, Mills T, Tanifuji G, Archibald JM (2012). "La secuencia del genoma nucleomorfo del alga criptofita Chroomonas mesostigmatica CCMP1168 revela pérdida de genes específicos de linaje y complejidad del genoma". Genome Biology and Evolution . 4 (11): 1162–75. doi :10.1093/gbe/evs090. PMC 3514955 . PMID  23042551. 
  155. ^ Tanifuji G, Onodera NT, Wheeler TJ, Dlutek M, Donaher N, Archibald JM (2011). "La secuencia completa del genoma nucleomorfo del alga no fotosintética Cryptomonas paramecium revela un conjunto de genes nucleomorfos centrales". Genome Biology and Evolution . 3 : 44–54. doi :10.1093/gbe/evq082. PMC 3017389 . PMID  21147880. 
  156. ^ Douglas S, Zauner S, Fraunholz M, Beaton M, Penny S, Deng LT, Wu X, Reith M, Cavalier-Smith T, Maier UG (abril de 2001). "El genoma altamente reducido de un núcleo de alga esclavizada". Nature . 410 (6832): 1091–6. Bibcode :2001Natur.410.1091D. doi : 10.1038/35074092 . PMID  11323671.
  157. ^ Lane CE, van den Heuvel K, Kozera C, Curtis BA, Parsons BJ, Bowman S, Archibald JM (diciembre de 2007). "El genoma nucleomorfo de Hemiselmis andersenii revela una pérdida completa de intrones y compactación como impulsor de la estructura y función de las proteínas". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 104 (50): 19908–13. Bibcode :2007PNAS..10419908L. doi : 10.1073/pnas.0707419104 . PMC 2148396 . PMID  18077423. 
  158. ^ Tanifuji G, Onodera NT, Brown MW, Curtis BA, Roger AJ, Ka-Shu Wong G, Melkonian M, Archibald JM (mayo de 2014). "Secuencias genómicas de nucleomorfos y plástidos de la clorarachniofita Lotharella oceanica: evolución reductiva convergente y recombinación frecuente en algas portadoras de nucleomorfos". BMC Genomics . 15 (1): 374. doi : 10.1186/1471-2164-15-374 . PMC 4035089 . PMID  24885563. 
  159. ^ Nowack EC, Melkonian M , Glöckner G (marzo de 2008). "La secuencia del genoma del cromatóforo de Paulinella arroja luz sobre la adquisición de la fotosíntesis por parte de los eucariotas". Current Biology . 18 (6): 410–8. Bibcode :2008CBio...18..410N. doi : 10.1016/j.cub.2008.02.051 . PMID  18356055.

Enlaces externos

  1. ^ Dennis, RD (enero de 1976). "Hormonas morfogenéticas de insectos y mecanismos de desarrollo en el nematodo, Nematospiroides dubius". Comparative Biochemistry and Physiology. A, Comparative Physiology . 53 (1): 53–56. doi :10.1016/s0300-9629(76)80009-6. ISSN  0300-9629. PMID  184.