El Trofeo FA de Malta 2009-10 fue la 72ª temporada desde su creación. En él participaron 21 equipos de la Premier League maltesa , la Primera División y los campeones de la Primera División de Gozo . La competición comenzó el 28 de octubre de 2009 y finalizó el 16 de mayo de 2010 con la final en el estadio Ta' Qali . Los campeones defensores fueron el Sliema Wanderers , que ganó su vigésima Copa de Malta la temporada pasada.
Sliema Wanderers fueron los campeones defensores, pero fueron eliminados en cuartos de final por Hamrun Spartans .
Cuando se realizó el sorteo, cuatro equipos obtuvieron el pase a los cuartos de final. Sliema Wanderers recibió un descanso porque ganaron la Copa de Malta 2008-09. Los otros tres equipos clasificados directamente a Cuartos de Final son Hibernians , Valletta y Birkirkara , por ser los tres equipos mejor clasificados de la Premier League del año pasado .
A partir de este año, el formato de la competición se cambió ligeramente debido a la inclusión en la competición de los actuales campeones de Primera División de Gozo . Este es el caso para todas las ediciones futuras de esta competición a menos que el Gozo FC , un club con sede en Gozo pero que juega en el sistema de liga maltés, esté en la Premier League maltesa o en la Primera División maltesa , en cuyo caso ocuparían el puesto. reservado para los campeones de Gozo y la competencia contaría con 20 equipos en lugar de 21. La inclusión de los campeones de Gozo significó que hubo un solo partido de la Ronda Preliminar para reducir el campo a 20 equipos para la Primera Ronda.
En los sorteos de la Ronda Preliminar y de la Primera Ronda participaron seis equipos de la Premier League que quedaron del 4º al 10º (excepto el Sliema Wanderers ) en la competición del año pasado, 10 equipos de Primera División y los actuales campeones de Primera División de Gozo , los Sannat Lions . El partido de la Ronda Preliminar se celebró el 28 de octubre de 2009, mientras que los partidos de la Primera Ronda se jugaron el 31 de octubre y el 1 de noviembre de 2009.
En esta ronda entraron los ganadores de la ronda anterior. Los partidos se jugaron los días 20 y 21 de febrero de 2010.
En esta ronda entraron los ganadores de la ronda anterior y los cuatro equipos que habían recibido un bye. Los partidos se jugaron los días 3 y 5 de abril de 2010.
Los cuatro ganadores de los Cuartos de Final entraron a esta ronda. Los partidos se jugaron los días 17 y 18 de mayo de 2010.
Los dos ganadores de las Semifinales entraron a esta ronda. La final se jugó el 23 de mayo de 2010.