Choanoflagellata

Choanodermata/Choanozoa sensu Brunett y King (cladísticamente)Choanoflagellozoa El filo propuesto Choanoflagellata[2]​[3]​ engloba a las denominadas proto-esponjas y a los coanoflagelados, si bien algunos investigadores denominan a todo este grupo como "coanoflagelados", los coanoflagelados verdaderos se ubican en la clase Choanoflagellatea, como grupo vivo hermano de Benthozoa.[6]​ Este es un cuadro donde se denotan las diferencias entre las proto-esponjas, esponjas y coanoflagelados.[5]​ Tanto los coanoflagelados modernos como las esponjas poseen neuroides, pero en los coanoflagelados estos son muy similares a los coanocitos y los propios coanocitos poseen la maquinaria molecular para formarlos, ausente en las esponjas y pre-esponjas que utilizan los arqueocitos para formarlos.[7]​ Las pre-esponjas Otavia y Eocyathispongia están más relacionadas con las esponjas que a los coanoflagelados debido a la presencia de coanodermo interno inferido pero ausencia de ostia definida.El fósil Funisia en cambio posee una constitución tubular, con mesohilo sin pinacodermos, pero con una forma similar a Cladospongia elegans,[8]​ posee el coanodermo externo en lugar de interno, y se reproducía sexualmente, presentaría arqueocitos al igual que Eocyathispongia, dentro del mesohilo.