En 1992 se creó por primera vez una tercera división nacional de fútbol de liga japonesa , como segunda división de la antigua Japan Football League , aunque solo duró dos temporadas. En 1999, tras la creación de la J. League Division 2, se creó una nueva Japan Football League , que ocupó la tercera división hasta que se lanzó una J3 League totalmente profesional en 2014.
La antigua Liga de Fútbol de Japón se estableció simultáneamente con la creación de la J. League y fue inicialmente un torneo de dos niveles pero que duró solo dos temporadas inaugurales.
Con el establecimiento de la J. League División 2 , la nueva Liga de Fútbol de Japón se movió automáticamente un nivel más abajo en la pirámide en comparación con su homónima discontinuada.
† No ascendido a J2
Para los equipos ascendidos adicionales, el número entre paréntesis indica su posición después del final de la temporada.
En 2014, la J. League lanzó una tercera división totalmente profesional.
† No ascendió a J2 .
‡ No ascendió a J2 debido a una derrota en la serie de play-off.
Los clubes en negrita compiten en la J3 a partir de la temporada 2024. Los clubes en cursiva ya no existen.
Los años en cursiva indican temporadas de fútbol amateur (antigua y nueva Liga Japonesa de Fútbol).