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Apache cTAKES: Clinical Text Analysis and Knowledge Extraction System es un sistema de procesamiento de lenguaje natural (PLN) de código abierto que extrae información clínica de textos no estructurados de registros médicos electrónicos . Procesa notas clínicas e identifica tipos de entidades clínicas nombradas: medicamentos, enfermedades/trastornos, signos/síntomas, sitios anatómicos y procedimientos. Cada entidad nombrada tiene atributos para el lapso de texto, el código de mapeo de ontología, el contexto (antecedentes familiares, actual, no relacionado con el paciente) y negado/no negado. [1]

cTAKES se construyó utilizando el marco de arquitectura de gestión de información no estructurada UIMA y el kit de herramientas de procesamiento de lenguaje natural OpenNLP . [2] [3]

Componentes

Los componentes de cTAKES están entrenados específicamente para el dominio clínico y crean anotaciones lingüísticas y semánticas enriquecidas que pueden ser utilizadas por sistemas de apoyo a la toma de decisiones clínicas e investigación clínica. [4]

Estos componentes incluyen:

Historia

El desarrollo de cTAKES comenzó en Mayo Clinic en 2006. El equipo de desarrollo, dirigido por la Dra. Guergana Savova y el Dr. Christopher Chute , incluyó médicos, científicos informáticos e ingenieros de software. Después de su implementación, cTAKES se convirtió en una parte integral de la infraestructura de gestión de datos clínicos de Mayo, procesando más de 80 millones de notas clínicas. [5]

Cuando el Dr. Savova se trasladó al Boston Children's Hospital a principios de 2010, el equipo de desarrollo central creció e incluyó a miembros de allí. Otras colaboraciones externas incluyen: [5]

Estas colaboraciones han ampliado las capacidades de cTAKES a otras áreas como el razonamiento temporal, la respuesta a preguntas clínicas y la resolución de correferencia para el dominio clínico. [5]

En 2010, cTAKES fue adoptado por el programa i2b2 y es un componente central del Área 4 de SHARP. [5]

En 2013, cTAKES lanzó su primer lanzamiento como proyecto de incubación de Apache Software Foundation : cTAKES 3.0. [ cita requerida ]

En marzo de 2013, cTAKES se convirtió en un proyecto de nivel superior (TLP) de la Apache Software Foundation . [5]

Véase también

Referencias

  1. ^ Denecke, Kerstin (31 de agosto de 2015). "Herramientas y recursos para la extracción de información". Ciencia web de la salud: datos de redes sociales para la atención médica . Springer. pág. 67. ISBN 978-3-319-20582-3– a través de Google Books.
  2. ^ Khalifa, Abdulrahman; Meystre, Stéphane (1 de diciembre de 2015). "Adaptación de los recursos de procesamiento del lenguaje natural existentes para la identificación de factores de riesgo cardiovascular en notas clínicas". Journal of Biomedical Informatics . Actas de las tareas compartidas y el taller sobre desafíos en el procesamiento del lenguaje natural para datos clínicos de i2b2/UTHealth de 2014. 58 (suplemento): S128–S132. doi :10.1016/j.jbi.2015.08.002. PMC 4983192 . PMID  26318122. 
  3. ^ Khudairi, Sally (25 de abril de 2017). "La Apache Software Foundation anuncia Apache® cTAKES™ v4.0" (Comunicado de prensa). Forest Hill, Maryland: The Apache Software Foundation. Globe Newswire . Consultado el 20 de septiembre de 2017 .
  4. ^ Savova, Guergana K; Masanz, James J; Ogren, Philip V; Zheng, Jiaping; Sohn, Sunghwan; Kipper-Schuler, Karin C; Chute, Christopher G (2010). "Sistema de análisis de texto y extracción de conocimiento clínico de Mayo (cTAKES): arquitectura, evaluación de componentes y aplicaciones". Revista de la Asociación Estadounidense de Informática Médica . 17 (5): 507–513. doi :10.1136/jamia.2009.001560. ISSN  1067-5027. PMC 2995668 . PMID  20819853. 
  5. ^ abcde "Historial". Apache cTAKES™ - Sistema de extracción de conocimiento para análisis de textos clínicos . 22 de junio de 2015. Consultado el 11 de enero de 2018 .

Enlaces externos