Base de datos de organismos modelo

Tipo de base de datos biológica

Las bases de datos de organismos modelo ( MOD ) son bases de datos biológicas , o bases de conocimiento, dedicadas a la provisión de datos biológicos en profundidad para organismos modelo estudiados intensivamente . Las MOD permiten a los investigadores encontrar fácilmente información de fondo sobre grandes conjuntos de genes, planificar experimentos de manera eficiente, integrar sus datos con el conocimiento existente y formular nuevas hipótesis. ^{[1] [2]} Permiten a los usuarios analizar resultados e interpretar conjuntos de datos, y los datos que generan se utilizan cada vez más para describir especies menos estudiadas. ^[1] Siempre que es posible, las MOD comparten enfoques comunes para recopilar y representar información biológica. Por ejemplo, todas las MOD utilizan la Ontología Genética (GO) ^{[3] [4]} para describir funciones, procesos y ubicaciones celulares de productos genéticos específicos. También existen proyectos para permitir el intercambio de software para la curación, visualización y consulta entre diferentes MOD. ^[5] Sin embargo, la diversidad de organismos y los diferentes requisitos de los usuarios significan que a menudo se requiere que las MOD personalicen la captura, visualización y provisión de datos. ^[1]

Tipos de datos y servicios

Las bases de datos de organismos modelo generan, obtienen y recopilan información específica de las especies de manera integradora combinando el conocimiento experto con la curación de literatura y la bioinformática.

Los servicios prestados a las comunidades de investigación biológica incluyen:

• Anotaciones de la secuencia del genoma
  • Ubicación de genes y regiones reguladoras en el genoma
• Curación funcional de productos genéticos
  • Discernir las funciones que cumple el producto genético observando una variedad de datos, incluidas las anotaciones de ontología genética (GO), los fenotipos, la expresión genética y la información de las vías.
• Anotaciones de secuencias de proteínas y ARN
• Información anatómica
• Centros de stock
• Ortología

Lista de bases de datos de organismos modelo

Referencias

1. Oliver SG, Lock A, Harris MA, Nurse P, Wood V (junio de 2016). "Bases de datos de organismos modelo: recursos esenciales que necesitan el apoyo tanto de los financiadores como de los usuarios". BMC Biology . 14 (1): 49. doi : 10.1186/s12915-016-0276-z . PMC  4918006 . PMID  27334346.
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