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Base de datos de ZINC

La base de datos ZINC ( acrónimo recursivo : ZINC no es comercial ) es una colección seleccionada de compuestos químicos disponibles comercialmente, preparados especialmente para el cribado virtual . Los investigadores (generalmente personas con formación como biólogos o químicos ) de empresas farmacéuticas , empresas de biotecnología y universidades de investigación utilizan ZINC . [1] [2] [3]

Alcance y acceso

ZINC es diferente de otras bases de datos químicas porque su objetivo es representar la forma tridimensional biológicamente relevante de la molécula .

Curación y actualizaciones

ZINC se actualiza periódicamente y se puede descargar y utilizar de forma gratuita . Fue desarrollado por John Irwin en el Laboratorio Shoichet del Departamento de Química Farmacéutica de la Universidad de California en San Francisco .

Versión

La última versión de la interfaz del sitio web es "ZINC-22". La base de datos se actualiza continuamente y, a partir de 2023, se afirma que contiene más de 37 mil millones de moléculas disponibles comercialmente. [4]

Usos

La base de datos se utiliza normalmente para la minería de moléculas , un proceso en el que se utilizan relaciones cuantitativas estructura-actividad para encontrar nuevos compuestos con una actividad biológica mejorada, dado un punto de partida conocido encontrado, por ejemplo, mediante un cribado de alto rendimiento . [5] [6]

Véase también

Referencias

  1. ^ Koes, DR; Camacho, CJ (2012). "ZINCPharmer: búsqueda de farmacóforos en la base de datos ZINC". Nucleic Acids Research . 40 : W409–W414. doi : 10.1093/nar/gks378 . PMID  22553363.
  2. ^ Doytchinova, Irini; Atanasova, Mariyana; Valkova, Iva; et al. (2018). "Nuevos resultados para la inhibición de la acetilcolinesterasa derivados de la detección basada en acoplamiento en la base de datos ZINC". Journal of Enzyme Inhibition and Medicinal Chemistry . 33 (1): 768–776. doi : 10.1080/14756366.2018.1458031 . PMC 6010092 . PMID  29651876. 
  3. ^ Olawale, Femi; Iwaloye, Opeyemi; Folorunso, Ibukun Mary; Shityakov, Sergey (2023). " Cribado in silico de alto rendimiento de la base de datos de ZINC de compuestos naturales para identificar nuevos inhibidores de la histona desacetilasa". Revista de biofísica y química computacional . 22 (1): 11–30. Código Bibliográfico :2023JCBC...22...11O. doi :10.1142/S2737416522500466.
  4. ^ Tingle, Benjamin I.; Tang, Khanh G.; Castanon, Mar; Gutierrez, John J.; Khurelbaatar, Munkhzul; Dandarchuluun, Chinzorig; Moroz, Yurii S.; Irwin, John J. (2023). "ZINC-22─Una base de datos multimillonaria y gratuita de compuestos tangibles para el descubrimiento de ligandos". Revista de información y modelado químico . 63 (4): 1166–1176. doi : 10.1021/acs.jcim.2c01253 . PMC 9976280 . PMID  36790087. 
  5. ^ Awale, Mahendra; Jin, Xian; Reymond, Jean-Louis (2015). "Cribado virtual estereoselectivo de la base de datos ZINC utilizando huellas dactilares 3D de pares de átomos". Journal of Cheminformatics . 7 . doi : 10.1186/s13321-014-0051-5 . PMC 4352573 . PMID  25750664. 
  6. ^ Panagiotopoulos, Atanasios A.; Konstantinou, Evangelia; Pirintsos, Stergios A.; et al. (2023). "Extracción de la base de datos ZINC de productos naturales en busca de antagonistas de OXER1 específicos similares a la testosterona". Esteroides . 199 . doi : 10.1016/j.steroids.2023.109309. PMID  37696380.

Enlaces externos