La asignación de bases es el proceso de asignar nucleobases a picos de cromatogramas , señales de intensidad de luz o cambios de corriente eléctrica resultantes de nucleótidos que pasan a través de un nanoporo . Un programa informático para realizar esta tarea es Phred , que es un programa de software de asignación de bases ampliamente utilizado tanto por laboratorios de secuenciación de ADN académicos como comerciales debido a su alta precisión de asignación de bases. [1]
Los llamadores de bases para la secuenciación de Nanopore utilizan redes neuronales entrenadas con señales actuales obtenidas a partir de datos de secuenciación precisos. [2]
La determinación de bases se puede evaluar mediante dos métricas: precisión de lectura y precisión de consenso. La precisión de lectura se refiere a la precisión de la base determinada con respecto a una referencia conocida. La precisión de consenso se refiere a la precisión de una secuencia de consenso en comparación con lecturas superpuestas del mismo locus genético . [2]