La bandera de Mohéli es de color amarillo con una estrella roja. Es similar a la bandera de Vietnam . Fue adoptada en 2003. [1] Reemplazó a la bandera anterior, que fue adoptada cuando Mohéli se convirtió en una isla autónoma en 2002.
Los separatistas moheli antiguamente ondeaban una simple bandera roja con un asta amarilla, basada en la bandera utilizada durante el reinado del sultán Jumbe Fatima bint Abderremane en el siglo XIX.