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Archivo de información cristalográfica

El Archivo de Información Cristalográfica ( CIF ) es un formato de archivo de texto estándar para representar información cristalográfica , promulgado por la Unión Internacional de Cristalografía (IUCr). CIF fue desarrollado por el Grupo de Trabajo de la IUCr sobre Información Cristalográfica en un esfuerzo patrocinado por la Comisión de Datos Cristalográficos de la IUCr y la Comisión de Revistas de la IUCr. El formato de archivo fue publicado inicialmente por Hall, Allen y Brown [1] y desde entonces ha sido revisado, más recientemente en las versiones 1.1 y 2.0. [2] Las especificaciones completas para el formato están disponibles en el sitio web de IUCr. Muchos programas informáticos de visualización molecular son compatibles con este formato, incluido Jmol .

mmCIF

Estrechamente relacionado está mmCIF , CIF macromolecular, [3] que pretende ser un sucesor del formato Protein Data Bank (PDB) . Ahora es el formato predeterminado utilizado por el Banco de datos de proteínas . [4] [5]

También está estrechamente relacionado el Crystallographic Information Framework , un sistema más amplio de protocolos de intercambio basado en diccionarios de datos y reglas relacionales expresables en diferentes manifestaciones legibles por máquina, incluidos, entre otros, Crystallographic Information File y XML .

Referencias

  1. ^ Hall SR, Allen FH, identificación de Brown (1991). "El archivo de información cristalográfica (CIF): un nuevo archivo de almacenamiento estándar para cristalografía". Acta Crystallographica Sección A. 47 (6): 655–685. Código Bib : 1991AcCrA..47..655H. doi : 10.1107/S010876739101067X .
  2. ^ Identificación marrón, McMahon B (2002). "CIF: el lenguaje informático de cristalografía". Acta Crystallographica Sección B: Ciencias estructurales . 58 (parte 3, parte 1): 317–24. doi :10.1107/s0108768102003464. PMID  12037350.
  3. ^ Bourne, PE; Berman, HM; McMahon, B; Watenpaugh, KD; Westbrook, JD; Fitzgerald, PM (1997). "Archivo de información cristalográfica macromolecular". Cristalografía macromolecular Parte B. Métodos en enzimología. vol. 277, págs. 571–90. doi :10.1016/s0076-6879(97)77032-0. ISBN 978-0-12-182178-4. PMID  18488325.
  4. ^ Adams, policía; Afonine, PV; Baskaran, K; Berman, HM; Berrisford, J; Bricogne, G; Brown, director general; Burley, SK; Chen, M; Feng, Z; Flensburgo, C; Gutmanas, A; Hoch, JC; Ikegawa, Y; Kengaku, Y; Krissinel, E; Kurisu, G; Liang, Y; Liebschner, D; Mak, L; Markley, JL; Moriarty, noroeste; Murshudov, GN; Noble, M; Peisach, E; Persikova, yo; Poon, BK; Sobolev, OV; Ulrich, EL; Velankar, S; Vonrhein, C; Westbrook, J; Wojdyr, M; Yokochi, M; Young, JY (1 de abril de 2019). "Anuncio del envío obligatorio de archivos en formato PDBx/mmCIF para deposiciones cristalográficas al Protein Data Bank (PDB)". Acta Crystallographica Sección D. 75 (parte 4): 451–454. doi :10.1107/S2059798319004522. PMC 6465986 . PMID  30988261. 
  5. ^ - Bichler, Martin (1997), "Grundlegende WWW-Techniken" , Aufbau unternehmensweiter WWW-Informationssysteme , Wiesbaden: Vieweg+Teubner Verlag, págs. 8–32, doi :10.1007/978-3-322-86597-7_2, ISBN 978-3-322-86598-4, recuperado 2021-09-17

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