El alcalde de Cagayán de Oro ( en filipino : Punong lungsod ng Cagayán de Oro ) es el jefe del gobierno local de la ciudad y es elegido por un período de tres años. El alcalde también es el jefe ejecutivo y dirige los departamentos de la ciudad en la ejecución de las ordenanzas de la ciudad y la mejora de los servicios públicos. El alcalde de la ciudad está limitado a tres mandatos consecutivos, que suman un total de nueve años, aunque un alcalde puede ser elegido nuevamente después de una interrupción de un mandato.
El vicealcalde es el segundo funcionario de mayor rango de la ciudad. El vicealcalde es elegido por votación popular; aunque la mayoría de los candidatos a alcalde tienen compañeros de fórmula, el vicealcalde es elegido por separado del alcalde. Esto puede dar lugar a que el alcalde y el vicealcalde pertenezcan a partidos políticos diferentes.
El vicealcalde es el presidente del Consejo Municipal de Cagayán de Oro, integrado por 19 miembros, y solo puede votar en caso de empate. Si el alcalde muere o es suspendido o destituido de su cargo, el vicealcalde asume las funciones de alcalde de la ciudad y cumple el resto de su mandato hasta la próxima elección.
En caso de que el vicealcalde muera en el ejercicio de sus funciones o sea destituido o suspendido, sus funciones serán desempeñadas por el concejal Nº 1, que es el que haya obtenido más votos en la elección inmediatamente anterior.
La vicealcaldesa titular es Jocelyn B. Rodríguez a partir del 30 de junio de 2022.