La Copa de Campeones de América de 1961 fue la segunda temporada de la competición, el preciado torneo de fútbol de Sudamérica . Ingresaron nueve equipos, dos más que la temporada anterior, sin que Venezuela enviara representante. Para potenciar aún más la competencia, la CONMEBOL mantuvo el criterio de realizar enfrentamientos regionales para aprovechar las rivalidades transfronterizas.
Aunque Peñarol también ganó su liga nacional, esta se convirtió en la primera y, hasta ahora, única vez que los campeones defensores no se clasificaron automáticamente para la siguiente edición. Sin embargo, los Manyas defendieron con éxito su título al derrotar al Palmeiras en la final.
Cada enfrentamiento fue una fase de grupos de dos equipos. Debido al aumento de participantes, se implementó un grupo preliminar en la competición, y el resto siguió el formato de la temporada anterior. Las victorias recibieron dos puntos, 1 punto por empate y ningún punto por derrota. El equipo con más puntos después de un partido de ida y vuelta avanzó a la siguiente etapa.
Si los equipos siguen empatados, la diferencia de goles se convertirá en un factor. En caso de que los equipos sigan empatados, se implementaría un desempate a un partido . El sorteo se convertiría en la última solución para desempatar. De manera controvertida, Independiente Santa Fe y Jorge Wilstermann empataron a puntos que hubieran requerido un repechaje; La CONMEBOL, sin embargo, descartó la idea y decidió que el último cupo a semifinales se diera por sorteo que ganaron los colombianos.
Olimpia empató 2-2 con Colo-Colo en el global de puntos. Olimpia avanzó a semifinales por mejor diferencia de goles.
Peñarol empató 2-2 con Universitario en el global de puntos. Peñarol avanzó a semifinales por mejor diferencia de goles.
Independiente Santa Fe empató 2-2 con Jorge Wilstermann por puntos totales y diferencia de goles. No se disputó ningún desempate para determinar el ganador. Independiente Santa Fe avanzó a semifinales tras un sorteo.
Cuatro equipos se dividieron en dos grupos de dos equipos cada uno. En cada grupo, los equipos jugaron entre sí en casa y fuera. El mejor equipo de cada grupo avanzó a la final.
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