El SIB Instituto Suizo de Bioinformática es una fundación académica sin fines de lucro que agrupa actividades de bioinformática en toda Suiza .
El instituto se creó el 30 de marzo de 1998 y su misión es proporcionar recursos básicos de bioinformática a la comunidad de investigación de ciencias de la vida nacional e internacional en campos como la genómica , la proteómica y la biología de sistemas , así como dirigir y coordinar el campo de la bioinformática en Suiza. En particular, promueve la investigación, desarrolla bancos de datos y tecnologías informáticas y participa en actividades de enseñanza y servicio.
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El instituto se creó originalmente para proporcionar un marco de financiación estable a largo plazo tanto para la base de datos Swiss-Prot como para el nodo suizo EMBnet . Swiss-Prot en particular atravesó una importante crisis de financiación en 1996, [1] que llevó a los líderes de los cinco grupos de investigación activos en bioinformática en Ginebra y Lausana , Ron Appel , Amos Bairoch , Philipp Bucher, Victor Jongeneel y Manuel Peitsch a crear el SIB. [2] Una vez creado, el instituto podría solicitar financiación según una ley suiza que permite al gobierno financiar hasta el 50% de los gastos de infraestructuras vitales de investigación y enseñanza. [3]
El primer director del instituto fue Victor Jongeneel, seguido por Ernest Feytmans entre 2001 y septiembre de 2007. Desde el 1 de octubre de 2007 hasta julio de 2018, el instituto estuvo dirigido por Ron Appel , uno de sus miembros fundadores. [4] [5] Entre julio de 2018 y marzo de 2022, el SIB estuvo dirigido por Christine Durinx y Ron Appel, como directores ejecutivos conjuntos. A partir del 1 de abril de 2022, Christophe Dessimoz reemplazó a Christine Durinx como director ejecutivo conjunto. [6] Desde octubre de 2022, Christophe Dessimoz es el único director ejecutivo, tras la jubilación de Ron Appel. [7]
El Instituto Suizo de Bioinformática (SIB) es una federación de grupos de investigación con bioinformáticos afiliados en 21 instituciones asociadas al SIB, incluidas las Universidades de Basilea , Berna , Friburgo , Ginebra , Lausana , Lugano y Zúrich , los Institutos Federales de Tecnología de Lausana y Zúrich , el Instituto Friedrich Miescher de Investigación Biomédica , el Instituto de Investigación Oncológica de Bellinzona y la Escuela de Administración de Empresas de Ginebra (HEG). Los grupos de investigación actuales del SIB se encuentran en Basilea , Berna , Friburgo , Ginebra , Lausana , Lugano , Zúrich , Yverdon , Wädenswil , Bellinzona y Davos .
La SIB agrupa a más de 70 grupos de investigación, servicios e infraestructuras, y reúne a más de 700 científicos en campos tan variados como la proteómica , la transcriptómica , la genómica , la biología de sistemas , la bioinformática estructural , la bioinformática evolutiva , la modelización, la imagenología, la biofísica , la genética de poblaciones y la bioinformática clínica. La SIB organiza una reunión científica internacional anual, la [BC]2 Basel Computational Biology Conference .
El instituto ofrece una amplia gama de recursos para la comunidad de investigación en ciencias biológicas, la mayoría de ellos abiertos y accesibles a través de Expasy , el portal de recursos de bioinformática del SIB. Entre ellos se incluyen:
SIB desarrolla y mantiene bases de datos de prestigio internacional, incluyendo UniProtKB/Swiss-Prot (base de datos de secuencias de proteínas curadas que proporciona un alto nivel de anotación), neXtProt (plataforma de conocimiento de proteínas centrada en el ser humano), Repositorio SWISS-MODEL (modelos tridimensionales de estructura de proteínas), STRING (redes de interacción de proteínas para biología de sistemas), SwissRegulon (redes reguladoras de transcripción de todo el genoma), Base de datos de promotores eucariotas (EPD), SWISS-2DPAGE (base de datos de geles 2D), Repositorio WORLD-2DPAGE (repositorio de geles 2D), PROSITE (familias y dominios de proteínas), MyHits (secuencias y motivos de proteínas), Bgee (base de datos para recuperar y comparar patrones de expresión genética entre especies animales), OpenFlu (base de datos para virus de influenza humana y animal), ViralZone (portal a entradas virales de UniProtKB), GlycoSuiteDB (base de datos de glicanos), SugarBindDB (Base de datos de unión de azúcar de patógenos), OrthoDB (el catálogo jerárquico de ortólogos eucariotas), miROrtho (el catálogo de genes de microARN animales), ImmunoDB (genes y familias de genes relacionados con el sistema inmunológico de los insectos) y Cellosaurus (un recurso de conocimiento sobre líneas celulares).
SIB desarrolla y suministra software para la comunidad global de investigación en ciencias de la vida, como SWISS-MODEL (modelado de homología de estructura de proteínas), SwissDrugDesign (diseño de fármacos asistido por computadora), Melanie (plataforma de análisis de gel 2D), MSight ( software de análisis e imágenes LC-MS ), OMA (Orthology Matrix), V-pipe (procesamiento de genómica viral), DeepView/Swiss-PdbViewer (visualización, modelado y análisis de proteínas) y Newick utilities (procesamiento de árboles filogenéticos de alto rendimiento).
El SIB gestiona varias instalaciones centrales de bioinformática que proporcionan soporte informático y estadístico, así como servicios y asesoramiento a los científicos de la vida, lo que les permite llevar a cabo sus proyectos de investigación y analizar los datos resultantes. Se han creado instalaciones centrales para la investigación en genómica, transcriptómica y proteómica. El SIB también mantiene el Centro de Computación de Alto Rendimiento Vital-IT que proporciona recursos computacionales, soporte de desarrollo y consultoría a la comunidad suiza de ciencias de la vida, tanto en el ámbito académico como en la industria. La infraestructura Vital-IT se distribuye en tres sitios: la Universidad de Lausana , la EPFL y la Universidad de Ginebra . También se proporcionan recursos computacionales y experiencia en bioinformática en el área de Basilea con sciCORE, el Centro de Biología Computacional de Basilea.
Una de las prioridades de la SIB es promover y coordinar la formación en bioinformática. Los miembros de la SIB participan directa o indirectamente en numerosos cursos de bioinformática en todos los niveles educativos, desde la enseñanza secundaria hasta los títulos de grado y posgrado, así como en la formación especializada para científicos de la vida. La SIB también promueve una red de formación de doctorados en bioinformática, abierta a estudiantes de posgrado de escuelas suizas de educación superior. Los objetivos de esta red son dobles:
La SIB también se ha comprometido a acercar la bioinformática al público en general. Resulta fundamental comprender la importancia creciente que esta ciencia relativamente reciente tiene en la sociedad actual. De hecho, en un futuro no muy lejano, los pacientes podrán consultar los resultados generados directamente por métodos bioinformáticos. Desde el año 2000, con el fin de aumentar la concienciación del público, la SIB ha participado en numerosas ferias científicas, ha creado dos revistas en línea [8] [9] , una exposición al aire libre y, en 2012, una exposición virtual [10] .