El equipo de baloncesto masculino de los Oregon Ducks de 1999-2000 representó a la Universidad de Oregon como miembro de la Conferencia del Pacífico-10 durante la temporada de baloncesto masculino de la División I de la NCAA 1999-2000 . El equipo estaba dirigido por el entrenador en jefe de tercer año Ernie Kent y jugó sus partidos como local en McArthur Court en Eugene, Oregon . Los Ducks terminaron terceros en la clasificación de la temporada regular de la Pac-10 y recibieron una invitación general para el torneo de la NCAA . Jugando como el sembrado No. 7 en la región Este, Oregon perdió ante el sembrado No. 10 Seton Hall, 72-71 en tiempo extra. El equipo terminó con un récord de 22-8 (13-5 Pac-10).
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