El equipo de fútbol americano New Mexico Lobos de 2016 representó a la Universidad de Nuevo México durante la temporada de fútbol americano FBS de la División I de la NCAA de 2016 . Los Lobos fueron dirigidos por el entrenador en jefe de quinto año Bob Davie . Jugaron sus partidos en casa en el University Stadium y fueron miembros de la División de Montaña de la Conferencia Mountain West . Terminaron la temporada 9-4, 6-2 en el juego Mountain West para ganar una parte del título de la División Mountain con Boise State y Wyoming . Después de los desempates, no representaron a la División de Montaña en el Juego de Campeonato de Mountain West . Fueron invitados al New Mexico Bowl donde derrotaron a UTSA .
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