En el año 2000 Fellaini empezó a jugar para el Royal Francs Borains, un equipo de la Tercera División belga.[3] Fue el entrenador holandés Johan Boskamp quien lo seleccionó para formar parte del primer equipo, lanzándolo así camino al éxito.Fellaini contaba con 17 años cuando hizo su debut en un partido contra su anterior equipo y de inmediato causó buena impresión.Incluso después del despido de Boskamp, el talentoso jugador convenció también al nuevo entrenador Michel Preud’homme.Un año después de su debut, Marouane manifestó estar descontento con su sueldo y amenazó con abandonar a su club, basado en una ley belga que le habría permitido romper su contrato unilateralmente.Durante su período en Lieja, Fellaini jugó al lado de otros talentos jóvenes como Steven Defour, Axel Witsel y Dieumerci Mbokani.Jugadores como Victor Ikpeba, Daniel Amokachi, Celestine Babayaro, Emile Mpenza, Ahmed Hossam Mido y Vincent Kompany han sido también merecedores de este premio.Debido a la presión ejercida por los aficionados en Goodison Park, causada por la cantidad elevada que fue pagada por su equipo, Fellaini tuvo dificultades para empezar con buen pie.En las siguientes temporadas, sería un jugador de referencia, y un fijo para el entrenador Louis van Gaal, hasta que en la temporada 2015/16, éste le alinease en varias ocasiones como delantero centro, debido a su gran capacidad cabeceadora y a la falta de jugadores en esa posición en el equipo.El 10 de enero marca su primer gol del año 2017 en la victoria 2 a 0 frente al Hull City.