El equipo de baloncesto masculino Houston Baptist Huskies 2016-17 representó a la Universidad Bautista de Houston en la temporada 2016-17 de baloncesto masculino de la División I de la NCAA . La temporada fue la 26.ª temporada del entrenador en jefe Ron Cottrell en HBU. Los Huskies jugaron sus partidos de local en el Sharp Gymnasium como miembros de la Conferencia Southland . Terminaron la temporada 17-14, 12-6 en el juego Southland para terminar en un empate triple por el segundo lugar. Perdieron en los cuartos de final del torneo Southland ante Sam Houston State . Los Huskies recibieron una invitación al Torneo CollegeInsider.com donde perdieron en la primera ronda ante Campbell .
Los Huskies terminaron la temporada 2015-16 con un récord de 17-17, 10-8 en el torneo de Southland y terminaron en el quinto lugar. Derrotaron a Southeastern Louisiana en los cuartos de final del torneo de Southland antes de perder contra Stephen F. Austin en las semifinales. Los Huskies recibieron una invitación al torneo College Basketball Invitational, donde perdieron en la primera ronda contra UNC Greensboro .
Todos los partidos de Houston Baptist fueron transmitidos en vivo en línea por Legacy Sports Network (LSN). LSN también proporcionó videos en línea para todos los partidos locales de los Huskies que no fueron televisados. Sin embargo, los partidos de HBU se transmitieron en ESPN3 como parte de los paquetes de televisión de la Southland Conference.