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Red de información sobre el pez cebra

La Red de Información del Pez Cebra (ZFIN) es una base de datos biológica en línea de información sobre el pez cebra ( Danio rerio ). El pez cebra es un organismo modelo ampliamente utilizado para estudios genéticos , genómicos y de desarrollo , y ZFIN proporciona una interfaz integrada para consultar y mostrar el gran volumen de datos generados por esta investigación. [2] Para facilitar el uso del pez cebra como modelo de biología humana , ZFIN vincula estos datos con información correspondiente sobre otros organismos modelo (por ejemplo, ratón ) y con bases de datos de enfermedades humanas. [3] Se incluyen abundantes enlaces a bases de datos de secuencias externas (por ejemplo, GenBank ) y a navegadores de genoma. Los datos de producto genético, expresión genética y fenotipo están anotados con términos de ontologías biomédicas . ZFIN tiene su sede en la Universidad de Oregón en los Estados Unidos, con financiación proporcionada por los Institutos Nacionales de Salud (NIH).

Contenido

ZFIN consta de dos partes principales:

  1. un sitio web de noticias y anuncios de la comunidad, así como recursos biológicos como protocolos de laboratorio, una guía de nomenclatura genética e información anatómica
  2. una base de datos relacional que contiene datos biológicos seleccionados de la literatura científica y que son enviados directamente por laboratorios de investigación de peces cebra (por ejemplo, el análisis de expresión genética de alto rendimiento de Thisse [4] ).

La información en ZFIN está estrechamente vinculada a los recursos web del Centro Internacional de Recursos del Pez Cebra (ZIRC), el Centro de Recursos del Pez Cebra de China (CZRC), etc., que mantienen y brindan recursos, materiales y servicios de investigación relacionados con el pez cebra.

La interfaz de base de datos relacional de ZFIN proporciona formularios de consulta y páginas de visualización para los siguientes tipos de datos biológicos:

ZFIN también mantiene una base de datos de publicaciones, laboratorios, personas y empresas relacionadas con el pez cebra.

Además de sus interfaces de búsqueda especializadas, ZFIN ofrece una búsqueda de sitio global similar a Google .

La wiki de la comunidad de ZFIN brinda a los investigadores del pez cebra la posibilidad de compartir información sobre protocolos de laboratorio y anticuerpos.

Notas y referencias

  1. ^ Bradford, Yvonne; Conlin, Tom; Dunn, Nathan; Fashena, David; Frazer, Ken; Howe, Douglas G; Knight, Jonathan; Mani, Prita; Martin, Ryan; Moxon, Sierra AT; Paddock, Holly; Pich, Christian; Ramachandran, Sridhar; Ruef, Barbara J; Ruzicka, Leyla; Bauer Schaper, Holle; Schaper, Kevin; Shao, Xiang; Singer, Amy; Sprague, Judy; Sprunger, Brock; Van Slyke, Ceri; Westerfield, Monte (enero de 2011). "ZFIN: mejoras y actualizaciones de la base de datos de organismos modelo de pez cebra". Nucleic Acids Res . 39 (número de la base de datos). Inglaterra: D822-9. doi :10.1093/nar/gkq1077. PMC  3013679 . PMID  21036866.
  2. ^ Sprague et al. (2008). The Zebrafish Information Network: la base de datos de organismos modelo de pez cebra proporciona un soporte ampliado para genotipos y fenotipos. Nucleic Acids Res 36:D768.
  3. ^ El proyecto de base de datos del pez cebra
  4. ^ B. Thisse; C. Thisse (2004). "Clones de liberación rápida: un análisis de expresión de alto rendimiento". Envío directo de datos a ZFIN (sin publicar).

Enlaces externos

Véase también