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Xantomonadales

Las Xanthomonadales son un orden bacteriano dentro de las Gammaproteobacteria . Son uno de los grupos más grandes de fitopatógenos bacterianos , que albergan especies como Xanthomonas citri , Xanthomonas euvesicatoria , Xanthomonas oryzae y Xylella fastidiosa . [1] [2] [3] [4] [5] Estas bacterias afectan a plantas agrícolas importantes, incluyendo tomates, plátanos, plantas cítricas, arroz y café. Muchas especies dentro del orden también son patógenos humanos. Las especies dentro del género Stenotrophomonas son patógenos oportunistas resistentes a múltiples fármacos que son responsables de infecciones nosocomiales en pacientes inmunodeficientes . [6] [7]

Características

Los Xanthomonadales son aerobios obligados gramnegativos , catalasa positivos, no formadores de esporas . [8] Los miembros que pertenecen al orden son bastones rectos que carecen de prótesis . Mientras que algunos miembros no son móviles, otras especies dentro del orden son móviles por medio de flagelos . Stenotrophomonas es el único género capaz de reducción de nitrato dentro de los Xanthomonadales.

Taxonomía

Los Xanthomonadales consisten en 28 géneros con nombres válidos entre dos familias: Xanthomonadaceae y Rhodanobacteraceae . [9] [10] [11] Los Xanthomonadaceae consisten en 13 géneros mientras que los Rhodanobacteraceae consisten en 14 géneros. Las familias se pueden distinguir entre sí sobre la base de indeles de firma conservados encontrados entre una variedad de proteínas, específicos para cada familia. [10] Estos indeles están en paralelo con el análisis filogenómico que revela dos clados distintos que parecen ser evolutivamente divergentes. Lysobacterales y Lysobacteraceae son sinónimos anteriores de Xanthomonadales y Xanthomonadaceae , respectivamente. [10] [12]

Posición filogenética

Los Xanthomonadales son divergentes tempranos de bacterias dentro de Gammaproteobacteria , y a menudo se utilizan para enraizar árboles filogenéticos creados para la clase. [13] Hasta hace poco, el orden Xanthomonodales incluía las familias Xanthomonadaceae , Algiphilaceae, Solimonadaceae, Nevskiaceae y Sinobacteraceae. Sin embargo, no se encontraron firmas moleculares que incluyeran a todas las familias. [10] Los organismos se reordenaron taxonómicamente de modo que Xanthomonadales incluía a Xanthomonadaceae , que más tarde se dividió en dos familias. La división se realizó de acuerdo con los CSI que se encontraron específicamente para todos los miembros del orden Xanthomonadales enmendado, lo que respalda la taxonomía actualmente aceptada. Todas las demás especies se transfirieron a Nevskiales, que no compartían CSI con Xanthomonadales, pero siguen siendo parientes cercanos dentro de Gammaproteobacteria . [10] Cardiobacteriales , Chromatiales, Methylococcales , Legionellales y Thiotrichales también son órdenes de ramificación profunda que son vecinos filogenéticos de los miembros de Xanthomonadales y Nevskiales. [10] [13] El orden Nevskiales alberga una sola familia (Salinisphaeraceae) y seis géneros: Alkanibacter , Fontimonas , Hydrocarboniphaga , Nevskia , Solimonas y Steroidobacter . [10] Wohlfahrtiimonas chitiniclastica y las larvas de Ignatzschineria son dos especies que históricamente han sido aceptadas como miembros de la familia Xanthomonadaceae . Sin embargo, no comparten firmas conservadas con la familia o con el orden Xanthomonodales. [10] Estas especies forman ramificaciones profundas dentro de las vecinas Gammaproteobacteria y son monofiléticas con los miembros de Cardiobacteriales . Por lo tanto, estas especies actualmente están etiquetadas como incertae sedis .

Filogenia

La taxonomía actualmente aceptada se basa en la del Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI). [9]

Referencias

  1. ^ da Silva AC, Ferro JA, Reinach FC, et al. (2002). "Comparación de los genomas de dos patógenos de Xanthomonas con diferentes especificidades del hospedador". Nature . 417 (6887): 459–463. Bibcode :2002Natur.417..459D. doi :10.1038/417459a. PMID  12024217. S2CID  4302762.
  2. ^ Van Sluys MA, de Oliveira MC, Monteiro-Vitorello CB, et al. (2003). "Análisis comparativos de las secuencias completas del genoma de cepas de Xylella fastidiosa con enfermedad de Pierce y clorosis variegada de los cítricos". J Bacteriol . 185 (3): 1018–26. doi :10.1128/JB.185.3.1018-1026.2003. PMC 142809 . PMID  12533478. 
  3. ^ Lee BM, Park YJ, Park DS, et al. (2005). "La secuencia del genoma de Xanthomonas oryzae pathovar oryzae KACC10331, el patógeno del tizón bacteriano del arroz". Nucleic Acids Res . 33 (2): 577–586. doi :10.1093/nar/gki206. PMC 548351 . PMID  15673718. 
  4. ^ Ryan RP, Vorholter F, Potnis N, et al. (2005). "Patogenómica de Xanthomonas: comprensión de las interacciones entre bacterias y plantas". Nat Rev Microbiol . 9 (5): 344–355. doi :10.1038/nrmicro2558. PMID  21478901. S2CID  37510468.
  5. ^ Chen J, Xie G, Han S, Chertkov O, Sims D, Civerolo EL (2010). "Secuencias del genoma completo de dos cepas de Xylella fastidiosa (M12 y M23) que causan la enfermedad de la quemadura de las hojas del almendro en California". J Bacteriol . 192 (17): 4534. doi :10.1128/JB.00651-10. PMC 2937377 . PMID  20601474. 
  6. ^ Crossman LC, Gould VC, Dow JM, et al. (2008). "El análisis completo del genoma, comparativo y funcional de Stenotrophomonas maltophilia revela un organismo fuertemente protegido por determinantes de resistencia a fármacos". Genome Biol . 9 (4): R74. doi : 10.1186/gb-2008-9-4-r74 . PMC 2643945. PMID  18419807 . 
  7. ^ Looney WJ, Narita M, Mühlemann K (2009). "Stenotrophomonas maltophilia: un patógeno humano oportunista emergente". Lancet Infect Dis . 9 (5): 312–323. doi :10.1016/S1473-3099(09)70083-0. PMID  19393961.
  8. ^ Saddler GS, Bradbury JF (2005) Orden III. Xanthomonadales orden nov. En: Bergey's Manual of Systematic Bacteriology. págs. 63-122. Eds. Brenner DJ, Krieg NR, Staley JT, Garrity GM, Boone, Vos P, Goodfellow M, Rainey FA, ​​Schleifer KH Springer-: Austin.
  9. ^ ab Sayers; et al. "Xanthomonadales". Base de datos de taxonomía del Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI) . Consultado el 24 de octubre de 2016 .
  10. ^ abcdefgh Naushad S, Adeolu M, Wong S, Sohail M, Schellhorn HE, Gupta RS (2015). "Un marco taxonómico basado en marcadores moleculares y filogenómicos para el orden Xanthomonadales: propuesta para transferir las familias Algiphilaceae y Solimonadaceae al orden Nevskiales ord. nov. y crear una nueva familia dentro del orden Xanthomonadales, la familia Rhodanobacteraceae fam. nov., que contiene el género Rhodanobacter y sus parientes más cercanos". Antonie van Leeuwenhoek . 107 (2): 467–485. doi :10.1007/s10482-014-0344-8. PMID  25481407.
  11. ^ Oren A, Garrity GM (2015). "Lista de nuevos nombres y nuevas combinaciones publicadas anteriormente de manera efectiva, pero no válida". Int J Syst Evol Microbiol . 65 (7): 2017–2025. doi :10.1099/ijs.0.000317.
  12. ^ Christensen P, Cook F (1978). "Lysobacter, un nuevo género de bacterias no fructíferas y deslizantes con una alta relación de bases". Int J Syst Evol Microbiol . 28 (3): 367–393. doi : 10.1099/00207713-28-3-367 .
  13. ^ ab Cutiño-Jiménez AM, Martins-Pinheiro M, Lima WC, Martín-Tornet A, Morales OG, Menck CF (2010). "Colocación evolutiva de Xanthomonadales basada en secuencias distintivas de proteínas conservadas". Mol Phylogenet Evol . 54 (2): 524–34. doi : 10.1016/j.ympev.2009.09.026 . PMID  19786109.
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