Banco mundial de datos de proteínas

Organización que mantiene el banco de datos de proteínas de acceso abierto global

El Banco Mundial de Datos de Proteínas , wwPDB, es una organización que mantiene el archivo de la estructura macromolecular . Su misión es mantener un único archivo del banco de datos de proteínas de datos estructurales macromoleculares que esté disponible pública y gratuitamente para la comunidad global. ^{[1] [2]}

La organización tiene cinco miembros: ^[3]

• Colaboración de investigación para la base de datos de proteínas de bioinformática estructural (RCSB PDB)
• Banco de datos de proteínas en Europa (PDBe)
• Banco de datos de proteínas de Japón (PDBj)
• Banco de Datos de Resonancia Magnética Biológica (BMRB)
• Banco de datos de microscopía electrónica (EMDB).

La wwPDB fue fundada en 2003 por RCSB PDB (EE.UU.), PDBe (Europa) y PDBj (Japón). En 2006, BMRB (EE. UU.) se unió a wwPDB. EMDB (Reino Unido) se unió en 2021.

El sitio de cada miembro puede aceptar datos estructurales y procesarlos. Los datos procesados ​​se envían al "archivero". El RCSB PDB actúa actualmente como "archivero". Esto garantiza que solo haya una versión de los datos que sea idéntica para todos los usuarios. La base de datos modificada luego se pone a disposición de los demás miembros de wwPDB, cada uno de los cuales pone a disposición del público los archivos de estructura resultantes a través de sus sitios web. (Se accede a los datos desde el sitio web de wwPDB solo a través de enlaces a los sitios web de los miembros). Los sitios de los miembros son más que simples espejos del archivador, porque los miembros ofrecen diferentes herramientas en sus sitios web para analizar las estructuras de la base de datos.

Logros ^[4]

• 2008 La wwPDB ahora requiere que, además de las coordenadas atómicas, se deben depositar amplitudes e intensidades de factores de estructura (para deposiciones de estructuras cristalinas) y restricciones de RMN (para deposiciones de estructuras de RMN) como requisito previo para recibir una identificación de PDB.
• 2007 Se lanzó un PDB remediado. La remediación incluyó cambiar la nomenclatura para cumplir con los estándares de la IUPAC. ^[5]

Referencias

1. Banco mundial de datos de proteínas. URL: http://www.wwpdb.org. Consultado el: 22 de abril de 2009.
2. Berman H, Henrick K, Nakamura H (diciembre de 2003). "Anuncio del banco de datos de proteínas mundial". Nat. Estructura. Biol . 10 (12): 980. doi : 10.1038/nsb1203-980 . PMID  14634627.
3. "Carta de wwPDB: miembros plenos y asociados | Banco de datos de proteínas en Europa". www.ebi.ac.uk. ​Consultado el 24 de enero de 2023 .
4. informes anuales de wwPDB
5. H., Berman; et al. (Enero de 2008). "Remediación del archivo del banco de datos de proteínas". Ácidos nucleicos Res . 36 (Problema de base de datos): D426–D433. doi : 10.1093/nar/gkm937. PMC 2238854 . PMID  18073189. 

enlaces externos

• Página web oficial
• Organizaciones miembros
  • RCSB PDB, Colaboratorio de investigación para el banco de datos de proteínas bioinformáticas estructurales (EE. UU.)
  • PDBe, Banco de Datos de Proteínas en Europa
  • PDBj, Banco de datos de proteínas de Japón
  • BMRB, Banco de Datos de Resonancia Magnética Biológica (EE.UU.)
  • Banco de datos de microscopía electrónica