Wilhelm Matthias Naeff (19 de febrero de 1802 - 21 de enero de 1881) fue un político suizo y uno de los siete miembros iniciales del Consejo Federal Suizo (1848-1875).
Naeff nació en Altstätten en el seno de una familia de larga tradición en el valle del Rin. Su padre ya era un influyente comerciante. Naeff estudió Derecho en Heidelberg (Alemania) y, tras su regreso a Suiza, fue elegido miembro del gobierno del cantón de San Galo. Naeff es conocido por no intervenir en el conflicto que dominaba Suiza en aquella época entre liberales y conservadores. El valle del Rin era un bastión de los liberales, por lo que Naeff podía contar con sus partidarios.
Naeff fue miembro del "Siebnergruppe", un grupo de siete personas que, tras la ocupación napoleónica, redactó la Constitución de la Confederación Suiza de 1848, base de la actual. Fue elegido miembro del Consejo Federal de Ministros de Suiza el 16 de noviembre de 1848 como representante de San Galo . Permaneció allí durante 27 años, considerablemente más tiempo que todos sus homólogos de la época.
Durante su largo mandato, Naeff fue perdiendo influencia y se ganó la reputación de "cabeza hueca". Fue reelegido por un estrecho margen. El 31 de diciembre de 1875, finalmente dimitió. Naeff se afilió al Partido Democrático Libre de Suiza (demócratas liberales/radicales).
Durante su largo mandato dirigió los siguientes departamentos:
En 1853 fue presidente de la Confederación y presidió el consejo. Dimitió el 31 de diciembre de 1875.
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