Werner II de Habsburgo (fallecido el 19 de agosto de 1167) fue un conde de Habsburgo, también llamado Werner III , y progenitor de la Casa real de Habsburgo . Fue tatarabuelo del rey Rodolfo I de Alemania .
Hijo del conde Otón II de Habsburgo y de Hilla de Pfirt , Werner se casó con Ida de Homberg. Es conocido por haber participado en la Guerra de Sucesión de Bregenz de 1164-1166.
Murió cerca de Tusculum después de la batalla de Monte Porzio .
Fue el padre del conde Alberto III de Habsburgo y del obispo Otón II de Constanza (1165-1174). Su hija Richenza se casó con el conde Luis I de Pfirt.