Un virus recombinante puede ocurrir de forma natural o producirse recombinando fragmentos de ADN o ARN en un laboratorio .
Esto podría usarse para producir vacunas virales o vectores de terapia genética .
El término también se utiliza para referirse a la recombinación que se produce de forma natural entre genomas de virus en una célula infectada por más de una cepa de virus . Esto ocurre ya sea por recombinación homóloga de las cadenas de ácido nucleico o por reordenamiento de segmentos genómicos. Tanto estos como la mutación dentro del virus se han sugerido como formas en que evolucionan la gripe y otros virus. Un ejemplo de un virus recombinante es el virus de la encefalitis equina occidental (WEE), que es un virus recombinante entre otros dos virus de encefalitis estrechamente relacionados pero distintos . Además, el reordenamiento es más importante para los virus de la gripe pandémica .