Filo de bacterias
Verrucomicrobiota es un filo de bacterias Gram-negativas que contiene sólo unas pocas especies descritas. Las especies identificadas han sido aisladas de agua dulce , ambiente marino y suelo y heces humanas . Se han identificado varias especies aún no cultivadas en asociación con huéspedes eucariotas, incluidos ectosimbiontes explosivos extrusivos de protistas y endosimbiontes de nematodos del género Xiphinema , que residen en sus gametos . [2] [3] La bacteria verrucomicrobiana Akkermansia muciniphila es una bacteria simbiótica intestinal humana que se considera un probiótico prometedor. [4]
La verrucomicrobiota es abundante en el medio ambiente, aunque relativamente inactiva. [5] Se considera que este filo tiene dos filos hermanos: Chlamydiota (antes Chlamydiae) y Lentisphaerota (antes Lentisphaerae) dentro del superfilo PVC . [6] El filo Verrucomicrobiota se puede distinguir de los filos vecinos dentro del grupo PVC por la presencia de varios indeles de firma conservados (CSI). [7] Estos CSI representan características sinapomórficas únicas que sugieren una ascendencia común dentro de Verrucomicrobiota y un linaje independiente entre otras bacterias. [8] También se han encontrado CSI que son compartidos por Verrucomicrobiota y Chlamydiota exclusivamente de todas las demás bacterias. [9] Estos CSI proporcionan evidencia de que Chlamydiota es el pariente más cercano a Verrucomicrobiota , y que están más estrechamente relacionados entre sí que con Planctomycetales .
Verrucomicrobiota podría pertenecer al clado Planctobacteria del clado más grande Gracilicutes . [10]
En 2008, se publicó el genoma completo de Methylacidiphilum infernorum (2,3 Mbp ). En el cromosoma circular único , se encontraron 2473 proteínas predichas, 731 de las cuales no tenían homólogos detectables. Estos análisis también revelaron muchas posibles homologías con Pseudomonadota . [11] [12]
Filogenia
Taxonomía
La taxonomía actualmente aceptada se basa en la Lista de nombres procarióticos con estatus en la nomenclatura (LPSN) [19] y el Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI) [20].
- Género ?" Ca. Epixenosoma " Bauer et al. 2005
- ¿Género?" Ca. Nucleicoccus" corrig. Sato et al. 2014
- ¿Género?" Ca. Organicella" Williams et al. 2021
- Género ?" Ca. Rhizospheria" Nunes da Rocha 2010
- Clase Opitutae Choo et al. 2007
- Orden Opitutales Choo et al. 2007
- Familia "Cerasicoccaceae" Pallen, Rodriguez-R & Alikhan 2022 [KCTC-12870]
- Género Ruficoccus Lin et al. 2017
- Género Cerasicoccus Yoon et al. 2007
- Familia "Coraliomargaritaceae" Pallen, Rodriguez-R & Alikhan 2022 [DSM-45221]
- Familia "Merdousiaceae" Pallen, Rodriguez-R & Alikhan 2022 [CAG-312]
- Género " Ca. Merdousia" Gilroy et al. 2021
- Familia "Moanibacteraceae" Pallen, Rodriguez-R & Alikhan 2022 [UBA2987]
- Género " Ca. Moanibacter" corrig. Vosseberg, Martijn y Ettema 2018
- Familia Opitutaceae Choo et al. 2007
- Familia Puniceicoccaceae Choo et al. 2007
- Género " Ca. Fucivorax" Orellana et al. 2022
- Género " Ca. Marcellius" Nixon et al. 2019
- Género " Ca. Pelagisphaera" Bar-Shalom et al. 2023
- Género " Ca. Pinguicoccus" Serra et al. 2020
- Género Puniceicoccus Choo et al. 2007
- Familia "Spyradosomataceae" Pallen, Rodriguez-R & Alikhan 2022 [UBA953]
- Género " Ca. Spyradosoma" Gilroy et al. 2021
- Familia Verruco-01
- Género Oceanipulchritudo Feng et al. 2020
- Clase " Metilacidiphilae "
- Orden " Methylacidiphilales " Op den Camp 2009 ["Limisphaerales" Podosokorskaya et al. 2022 ]
- Familia "Metilacidifiláceas" Op den Camp 2009
- Género " Methylacidimicrobium " van Teeseling et al. 2014
- Género " Ca. Methylacidiphilum" Hou et al. 2008
- Género " Ca. Methylacidithermus" Picone et al. 2021
- Familia "Limisphaeraceae" Pallen, Rodriguez-R & Alikhan 2022 [NGM72-4]
- Género Limisphaera Anders et al. 2015
- Familia "Pedosphaeraceae"
- Género " Pedosphaera " Ozyurt 2008
- Clase Terrimicrobia García-López et al. 2020
- Orden Terrimicrobianos García-López et al. 2020 ["Chthoniobacterales" Sangwan et al. 2004 ]
- Familia "Chthoniobacteraceae" Sangwan et al. 2004
- Género " Chthoniobacter " Sangwan et al. 2004
- Familia Terrimicrobiaceae García-López et al. 2020
- Familia "Udaeobacteraceae" Pallen, Rodriguez-R & Alikhan 2022 [UBA10450]
- Género " Ca. Udaeobacter" Brewer et al. 2016
- Familia "Xiphinematobacteraceae"
- Género " Ca. Xiphinematobacter" Vandekerckhove et al. 2000
- Clase Verrucomicrobiae Hedlund et al. 1998
- Orden Verrucomicrobianos Ward-Rainey et al. 1996
- Familia Akkermansiaceae Hedlund & Derrien 2012
- Género Akkermansia Derrien et al. 2004
- Género Haloferula Yoon et al. 2008
- Género Luteolibacter Yoon et al. 2008
- Género " Ca. Mariakkermansia" Orellana et al. 2022
- Género Oceaniferula Jin et al. 2022
- Género Persicirhabdus Yoon et al. 2008
- Género Roseibacillus Yoon et al. 2008
- Género Rubritalea Scheuermayer et al. 2006
- Familia SLCJ01
- Género " Sulfuriroseicoccus " Feng et al. 2022
- Familia Verrucomicrobiaceae Ward-Rainey et al. 1996
- Género " Fucophilus " Sakai et al. 2001b
- Género Brevifollis Otsuka et al. 2013
- Género Phragmitibacter Szuróczki et al. 2021
- Género Prosthecobacter Staley et al. 1976 ex Staley et al. 1980
- Género Roseimicrobium Otsuka et al. 2013
- Género Verrucomicrobium Schlesner 1988
Ver también
Referencias
- ^ Oren A, Garrity GM (2021). "Publicación válida de los nombres de cuarenta y dos filos de procariotas". Int J Syst Evol Microbiol . 71 (10): 5056. doi : 10.1099/ijsem.0.005056 . PMID 34694987. S2CID 239887308.
- ^ Coomans A, Vandekerckhove TT, Claeys M (1 de enero de 2000). "Transmisión transovárica de simbiontes en Xiphinema brevicollum (Nematoda: Longidoridae)". Nematología . 2 (4). Brillante: 443–449. doi :10.1163/156854100509303. eISSN 1568-5411. ISSN 1388-5545.
- ^ Vandekerckhove TT, Willems A, Gillis M, Coomans A (2000). "Aparición de nuevas especies verrucomicrobianas, endosimbióticas y asociadas a partenogénesis en especies del grupo Xiphinema americanum (Nematoda, Longidoridae)". Revista Internacional de Microbiología Sistemática y Evolutiva . 50 (6). Sociedad de Microbiología: 2197–2205. doi :10.1099/00207713-50-6-2197. ISSN 1466-5034. PMID 11155997.
- ^ Zhang, Ting; Li, Qianqian; Cheng, Lei; Buch, Heena; Zhang, Faming (noviembre de 2019). "Akkermansia muciniphila es un probiótico prometedor". Biotecnología Microbiana . 12 (6): 1109-1125. doi :10.1111/1751-7915.13410. ISSN 1751-7915. PMC 6801136 . PMID 31006995.
- ^ Blanco, Richard Allen; Bottos, Eric M.; Roy Chowdhury, Taniya; Zucker, Jeremy D.; Brislawn, Colin J.; Nicora, Carrie D.; Fansler, Sarah J.; Glaesemann, Kurt R.; Vidrio, Kevin; Jansson, Janet K. (28 de junio de 2016). Langille, Morgan (ed.). "La secuenciación de lectura larga de moléculas facilita el ensamblaje y la combinación genómica de metagenomas complejos del suelo". mSistemas . 1 (3): e00045–16. doi :10.1128/mSystems.00045-16. ISSN 2379-5077. PMC 5069762 . PMID 27822530.
- ^ Cho J, Vergin K, Morris R, Giovannoni S (2004). "Lentisphaera araneosa gen. nov., sp. nov, un exopolímero transparente que produce una bacteria marina, y la descripción de un nuevo filo bacteriano, Lentisphaerae". Medio Ambiente Microbiol . 6 (6): 611–21. Código Bib : 2004EnvMi...6..611C. doi :10.1111/j.1462-2920.2004.00614.x. PMID 15142250.
- ^ Gupta RS, Bhandari V, Naushad HS (2012). "Las firmas moleculares del clado PVC (Planctomycetes, Verrucomicrobia, Chlamydiae y Lentisphaerae) de las bacterias proporcionan información sobre sus relaciones evolutivas". Microbiol frontal . 3 : 327. doi : 10.3389/fmicb.2012.00327 . PMC 3444138 . PMID 23060863.
- ^ Gupta RS (2016). "Impacto de la genómica en la comprensión de la evolución y clasificación microbiana: la importancia de las opiniones de Darwin sobre la clasificación". FEMS Microbiol Rev. 40 (4): 520–53. doi : 10.1093/femsre/fuw011 . PMID 27279642.
- ^ Griffiths E, Gupta RS (2007). "La filogenia y las inserciones conservadas compartidas en las proteínas proporcionan evidencia de que los Verrucomicrobia son los parientes de vida libre más cercanos conocidos de las clamidias". Microbiología . 153 (parte 8): 2648–54. doi : 10.1099/mic.0.2007/009118-0 . PMID 17660429. S2CID 2094762.
- ^ Wagner, M; Cuerno, M (2006). "Los Planctomycetes, Verrucomicrobia, Chlamydiae y los filos hermanos comprenden un superfilo con relevancia biotecnológica y médica". Opinión Actual en Biotecnología . 17 (3): 241–9. doi :10.1016/j.copbio.2006.05.005. PMID 16704931.
- ^ Hou, S; Makarova, KS; Sierra, JH; Senín, P; Ly, BV; Zhou, Z; Ren, Y; Wang, J; Galperín, MI; Omelchenko, Marina V; Lobo, Yuri I; Yutin, Natalia; Koonin, Eugenio V; Stott, Mateo B; Montaña, Bruce W; Crowe, Michelle A; Smirnova, Ángela V; Dunfield, Peter F; Feng, Lu; Wang, Lei; Alam, Maqsudul (2008). "Secuencia completa del genoma del aislado metanótrofo extremadamente acidófilo V4, Methylacidiphilum infernorum, un representante del filo bacteriano Verrucomicrobia". Biología Directa . 3 : 26. doi : 10.1186/1745-6150-3-26 . PMC 2474590 . PMID 18593465.
- ^ Ludwig W, Euzéby J, Whitman WB (2008). "Esquemas taxonómicos de Bergey: Volumen 4 - Borrador de esquema taxonómico de Bacteroidetes, Planctomycetes, Chlamydiae, Spirochaetes, Fibrobacteres, Fusobacteria, Acidobacteria, Verrucomicrobia, Dictyoglomi y Gemmatimonadetes" (PDF) . Confianza del manual de Bergey : 15. Archivado desde el original (PDF) el 8 de noviembre de 2016 . Consultado el 22 de junio de 2011 .
- ^ "El LTP" . Consultado el 23 de febrero de 2022 .
- ^ "Árbol LTP_all en formato newick". Archivado desde el original el 4 de septiembre de 2022 . Consultado el 23 de febrero de 2022 .
- ^ "Notas de la versión LTP_01_2022" (PDF) . Consultado el 23 de febrero de 2022 .
- ^ "Versión GTDB 08-RS214". Base de datos de taxonomía del genoma . Consultado el 10 de mayo de 2023 .
- ^ "bac120_r214.sp_label". Base de datos de taxonomía del genoma . Consultado el 10 de mayo de 2023 .
- ^ "Historia del taxón". Base de datos de taxonomía del genoma . Consultado el 10 de mayo de 2023 .
- ^ JP Euzéby. "Verrucomicrobiota". Lista de nombres procarióticos con posición en la nomenclatura (LPSN) . Consultado el 9 de septiembre de 2022 .
- ^ Repetidores; et al. "Verrucomicrobia". Base de datos de taxonomía del Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI) . Consultado el 9 de septiembre de 2022 .