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verrucomicrobiota

Verrucomicrobiota es un filo de bacterias Gram-negativas que contiene sólo unas pocas especies descritas. Las especies identificadas han sido aisladas de agua dulce , ambiente marino y suelo y heces humanas . Se han identificado varias especies aún no cultivadas en asociación con huéspedes eucariotas, incluidos ectosimbiontes explosivos extrusivos de protistas y endosimbiontes de nematodos del género Xiphinema , que residen en sus gametos . [2] [3] La bacteria verrucomicrobiana Akkermansia muciniphila es una bacteria simbiótica intestinal humana que se considera un probiótico prometedor. [4]

La verrucomicrobiota es abundante en el medio ambiente, aunque relativamente inactiva. [5] Se considera que este filo tiene dos filos hermanos: Chlamydiota (antes Chlamydiae) y Lentisphaerota (antes Lentisphaerae) dentro del superfilo PVC . [6] El filo Verrucomicrobiota se puede distinguir de los filos vecinos dentro del grupo PVC por la presencia de varios indeles de firma conservados (CSI). [7] Estos CSI representan características sinapomórficas únicas que sugieren una ascendencia común dentro de Verrucomicrobiota y un linaje independiente entre otras bacterias. [8] También se han encontrado CSI que son compartidos por Verrucomicrobiota y Chlamydiota exclusivamente de todas las demás bacterias. [9] Estos CSI proporcionan evidencia de que Chlamydiota es el pariente más cercano a Verrucomicrobiota , y que están más estrechamente relacionados entre sí que con Planctomycetales .

Verrucomicrobiota podría pertenecer al clado Planctobacteria del clado más grande Gracilicutes . [10]

En 2008, se publicó el genoma completo de Methylacidiphilum infernorum (2,3 Mbp ). En el cromosoma circular único , se encontraron 2473 proteínas predichas, 731 de las cuales no tenían homólogos detectables. Estos análisis también revelaron muchas posibles homologías con Pseudomonadota . [11] [12]

Filogenia

Taxonomía

La taxonomía actualmente aceptada se basa en la Lista de nombres procarióticos con estatus en la nomenclatura (LPSN) [19] y el Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI) [20].

Ver también

Referencias

  1. ^ Oren A, Garrity GM (2021). "Publicación válida de los nombres de cuarenta y dos filos de procariotas". Int J Syst Evol Microbiol . 71 (10): 5056. doi : 10.1099/ijsem.0.005056 . PMID  34694987. S2CID  239887308.
  2. ^ Coomans A, Vandekerckhove TT, Claeys M (1 de enero de 2000). "Transmisión transovárica de simbiontes en Xiphinema brevicollum (Nematoda: Longidoridae)". Nematología . 2 (4). Brillante: 443–449. doi :10.1163/156854100509303. eISSN  1568-5411. ISSN  1388-5545.
  3. ^ Vandekerckhove TT, Willems A, Gillis M, Coomans A (2000). "Aparición de nuevas especies verrucomicrobianas, endosimbióticas y asociadas a partenogénesis en especies del grupo Xiphinema americanum (Nematoda, Longidoridae)". Revista Internacional de Microbiología Sistemática y Evolutiva . 50 (6). Sociedad de Microbiología: 2197–2205. doi :10.1099/00207713-50-6-2197. ISSN  1466-5034. PMID  11155997.
  4. ^ Zhang, Ting; Li, Qianqian; Cheng, Lei; Buch, Heena; Zhang, Faming (noviembre de 2019). "Akkermansia muciniphila es un probiótico prometedor". Biotecnología Microbiana . 12 (6): 1109-1125. doi :10.1111/1751-7915.13410. ISSN  1751-7915. PMC 6801136 . PMID  31006995. 
  5. ^ Blanco, Richard Allen; Bottos, Eric M.; Roy Chowdhury, Taniya; Zucker, Jeremy D.; Brislawn, Colin J.; Nicora, Carrie D.; Fansler, Sarah J.; Glaesemann, Kurt R.; Vidrio, Kevin; Jansson, Janet K. (28 de junio de 2016). Langille, Morgan (ed.). "La secuenciación de lectura larga de moléculas facilita el ensamblaje y la combinación genómica de metagenomas complejos del suelo". mSistemas . 1 (3): e00045–16. doi :10.1128/mSystems.00045-16. ISSN  2379-5077. PMC 5069762 . PMID  27822530. 
  6. ^ Cho J, Vergin K, Morris R, Giovannoni S (2004). "Lentisphaera araneosa gen. nov., sp. nov, un exopolímero transparente que produce una bacteria marina, y la descripción de un nuevo filo bacteriano, Lentisphaerae". Medio Ambiente Microbiol . 6 (6): 611–21. Código Bib : 2004EnvMi...6..611C. doi :10.1111/j.1462-2920.2004.00614.x. PMID  15142250.
  7. ^ Gupta RS, Bhandari V, Naushad HS (2012). "Las firmas moleculares del clado PVC (Planctomycetes, Verrucomicrobia, Chlamydiae y Lentisphaerae) de las bacterias proporcionan información sobre sus relaciones evolutivas". Microbiol frontal . 3 : 327. doi : 10.3389/fmicb.2012.00327 . PMC 3444138 . PMID  23060863. 
  8. ^ Gupta RS (2016). "Impacto de la genómica en la comprensión de la evolución y clasificación microbiana: la importancia de las opiniones de Darwin sobre la clasificación". FEMS Microbiol Rev. 40 (4): 520–53. doi : 10.1093/femsre/fuw011 . PMID  27279642.
  9. ^ Griffiths E, Gupta RS (2007). "La filogenia y las inserciones conservadas compartidas en las proteínas proporcionan evidencia de que los Verrucomicrobia son los parientes de vida libre más cercanos conocidos de las clamidias". Microbiología . 153 (parte 8): 2648–54. doi : 10.1099/mic.0.2007/009118-0 . PMID  17660429. S2CID  2094762.
  10. ^ Wagner, M; Cuerno, M (2006). "Los Planctomycetes, Verrucomicrobia, Chlamydiae y los filos hermanos comprenden un superfilo con relevancia biotecnológica y médica". Opinión Actual en Biotecnología . 17 (3): 241–9. doi :10.1016/j.copbio.2006.05.005. PMID  16704931.
  11. ^ Hou, S; Makarova, KS; Sierra, JH; Senín, P; Ly, BV; Zhou, Z; Ren, Y; Wang, J; Galperín, MI; Omelchenko, Marina V; Lobo, Yuri I; Yutin, Natalia; Koonin, Eugenio V; Stott, Mateo B; Montaña, Bruce W; Crowe, Michelle A; Smirnova, Ángela V; Dunfield, Peter F; Feng, Lu; Wang, Lei; Alam, Maqsudul (2008). "Secuencia completa del genoma del aislado metanótrofo extremadamente acidófilo V4, Methylacidiphilum infernorum, un representante del filo bacteriano Verrucomicrobia". Biología Directa . 3 : 26. doi : 10.1186/1745-6150-3-26 . PMC 2474590 . PMID  18593465. 
  12. ^ Ludwig W, Euzéby J, Whitman WB (2008). "Esquemas taxonómicos de Bergey: Volumen 4 - Borrador de esquema taxonómico de Bacteroidetes, Planctomycetes, Chlamydiae, Spirochaetes, Fibrobacteres, Fusobacteria, Acidobacteria, Verrucomicrobia, Dictyoglomi y Gemmatimonadetes" (PDF) . Confianza del manual de Bergey : 15. Archivado desde el original (PDF) el 8 de noviembre de 2016 . Consultado el 22 de junio de 2011 .
  13. ^ "El LTP" . Consultado el 23 de febrero de 2022 .
  14. ^ "Árbol LTP_all en formato newick". Archivado desde el original el 4 de septiembre de 2022 . Consultado el 23 de febrero de 2022 .
  15. ^ "Notas de la versión LTP_01_2022" (PDF) . Consultado el 23 de febrero de 2022 .
  16. ^ "Versión GTDB 08-RS214". Base de datos de taxonomía del genoma . Consultado el 10 de mayo de 2023 .
  17. ^ "bac120_r214.sp_label". Base de datos de taxonomía del genoma . Consultado el 10 de mayo de 2023 .
  18. ^ "Historia del taxón". Base de datos de taxonomía del genoma . Consultado el 10 de mayo de 2023 .
  19. ^ JP Euzéby. "Verrucomicrobiota". Lista de nombres procarióticos con posición en la nomenclatura (LPSN) . Consultado el 9 de septiembre de 2022 .
  20. ^ Repetidores; et al. "Verrucomicrobia". Base de datos de taxonomía del Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI) . Consultado el 9 de septiembre de 2022 .