Tipo de hemoglobina
La hemoglobina de Vitreoscilla ( VHb ) es un tipo de hemoglobina que se encuentra en labacteria aerobia gramnegativa Vitreoscilla . Es la primera hemoglobina descubierta a partir de bacterias, pero a diferencia de la hemoglobina clásica, está compuesta solo por una única molécula de globina . [1] Al igual que la hemoglobina típica, su función principal es la unión del oxígeno, pero también realiza otras funciones, incluida la entrega de oxígeno a las oxigenasas , la desintoxicación del óxido nítrico , la detección y transmisión de concentraciones de oxígeno, la actividad similar a la peroxidasa al eliminar el H 2 O 2 derivado de la autooxidaciónque previene la degradación del hemo y la liberación de hierro. [2]
Descubrimiento
En 1986, se secuenció una proteína hemo bacteriana ( Vitreoscilla ) que había sido estudiada por Webster y sus colegas, y esta secuencia de aminoácidos exhibió los pliegues de globina de una hemoglobina. [3] [4] Consiste en un solo dominio que normalmente se presenta como un dímero. La solución de su estructura cristalina confirmó que su estructura tridimensional es notablemente similar al pliegue de globina clásico. [5] Cuando el gen ( vgb ) para esta hemoglobina se clonó en E. coli [6] se encontró que aumentó el crecimiento de estas células en condiciones de bajo oxígeno en comparación con las bacterias de control. [7] La concentración de VHb aumentó drásticamente en Vitreoscilla , un aerobio estricto, cultivado en condiciones hipóxicas , [8] y se propuso que actuaba como una "trampa de almacenamiento de oxígeno" para alimentar oxígeno a la oxidasa terminal (citocromo bo ) en estas condiciones. [9] Otra evidencia de esto es que VHb se concentra in vivo cerca de la membrana de las células de Vitreoscilla . [10] También se demostró que VHb se une a la subunidad I de la oxidasa terminal del citocromo bo, [11] la subunidad que contiene hemo que también es responsable de la función única de bombeo de sodio de esta oxidasa terminal única. [12]
Función
La VHb es la hemoglobina bacteriana mejor comprendida de todas y se le atribuyen varias funciones. Su función principal es probablemente la unión del oxígeno en bajas concentraciones y su entrega directa a las oxidasas respiratorias terminales, como el citocromo o. También participa en la entrega de oxígeno a las oxigenasas , [13] la desintoxicación del óxido nítrico convirtiéndolo en nitrato , [14] y la detección de concentraciones de oxígeno y la transmisión de esta señal a los factores de transcripción . [15] [16] Tiene una actividad similar a la peroxidasa y elimina eficazmente el H 2 O 2 derivado de la autooxidación , que es una causa de la degradación del hemo y la liberación de hierro. [2]
Regulación genética
El gen VHb, vgb , existe como una sola copia en Vitreoscilla y exhibe un acuerdo completo con la secuencia primaria de VHb. [6] [17] La región descendente adyacente a vgb lleva un gen en la dirección opuesta que tiene una similitud cercana con el gen uvrA de E. coli , lo que indica que vgb no es parte de un operón multigénico . [18] La biosíntesis de VHb está regulada a nivel transcripcional y se induce bajo hipoxia en su huésped nativo. [19] vgb se expresa fuertemente en E. coli a través de su promotor nativo y un aumento similar en su nivel de transcripción ocurre bajo hipoxia; esto sugiere una similitud cercana en la maquinaria transcripcional de Vitreoscilla y E. coli . [20] La región promotora de vgb está repleta de sitios de unión superpuestos para varios reguladores transcripcionales sensibles a redox, que involucran el sistema de reducción de fumarato y nitrato (Fnr) como regulador primario. [15] El sistema de represión de catabolitos (Crp) es un control adicional [21] junto con el sistema de control de respiración aeróbica (Arc) como un tercer controlador dependiente del oxígeno. [22] Otro sitio de unión para el regulador de respuesta al estrés oxidativo (OxyR) también está presente dentro del promotor vgb; todos estos reguladores transcripcionales parecen trabajar en coordinación entre sí para controlar la biosíntesis de VHb de una manera dependiente de redox. [15]
Ingeniería genética y aplicaciones
Dado que se demostró que VHb estimulaba el crecimiento de E. coli en condiciones hipóxicas, vgb se clonó en una variedad de organismos, incluidas varias bacterias, levaduras, hongos e incluso plantas y animales superiores para probar sus efectos en el crecimiento y la producción de productos de potencial importancia comercial, la degradación de compuestos tóxicos, la mejora de la nitrificación en el tratamiento de aguas residuales y otras aplicaciones ambientales. [23]
Entre los ejemplos de aumento de la productividad se incluyen el aumento del rendimiento de una variedad de productos bioquímicos, incluidos antibióticos, un insecticida, un surfactante y posibles materias primas plásticas. También incluyen enzimas [24] (incluida una que podría tener propiedades antileucémicas) y combustibles (incluidos el etanol, [25] butanodiol, [26] [27] y biodiésel [28] ). Los compuestos tóxicos estudiados han sido aromáticos, incluido el ácido 2-clorobenzoico y el 2,4-dinitrotoleno. [29] [30] En estos casos, se cree que los aumentos en la degradación se deben tanto a los efectos de la VHb que mejora la respiración para proporcionar a las células ATP adicional para el crecimiento y la producción de enzimas degradantes, como al suministro de oxígeno directamente a las oxigenasas necesarias para los primeros pasos en las vías degradativas.
Otras investigaciones ambientales incluyen aquellas relacionadas con la remediación de metales pesados y el suministro de fosfato del suelo a las plantas. [28] La expresión de vgb en Nitrosomonas europaea , una bacteria involucrada en la conversión de amoníaco a nitrito en aguas residuales, mejoró, hasta cierto punto, su capacidad en esta conversión. [31] Además, se demostró que el mecanismo de expresión de la proteína hemo para mejorar el suministro de oxígeno a la monooxigenasa en la nitrificación en condiciones hipóxicas es similar a la función de VHb observada en otras aplicaciones. [32]
Los residuos de aminoácidos en varias secciones de VHb en proximidad al hemo fueron alterados usando ingeniería genética para cambiar la afinidad de VHb por el oxígeno y examinar los efectos sobre las propiedades biotecnológicas de algunos de los sistemas estudiados. [23] Muchas de las mutaciones no tuvieron grandes efectos sobre las propiedades de unión del ligando de VHb, o proporcionaron en el mejor de los casos un aumento modesto en el crecimiento celular en comparación con las células que albergaban VHb de tipo salvaje. [23] [33] Sin embargo, dos de los VHb mutantes proporcionaron aumentos sustanciales en el crecimiento y la degradación de compuestos aromáticos en comparación con VHb de tipo salvaje en bacterias Pseudomonas y Burkholderia transformadas para contener vgb . [34]
Referencias
- ^ Stark BC, Dikshit KL, Pagilla KR (2012). "La bioquímica de la hemoglobina de Vitreoscilla". Revista de biotecnología estructural y computacional . 3 (4): e201210002. doi :10.5936/csbj.201210002. PMC 3962134 . PMID 24688662.
- ^ ab Isarankura-Na-Ayudhya C, Tansila N, Worachartcheewan A, Bülow L, Prachayasittikul V (2010). "Investigación bioquímica y celular de variantes de hemoglobina de Vitreoscilla (VHb) que poseen una actividad de peroxidasa eficiente". J Microbiol Biotechnol . 20 (3): 532–541. PMID 20372024.
- ^ Webster DA, Dikshit KL, Pagilla KR, Stark BC (agosto de 2021). "El descubrimiento de la hemoglobina de Vitreoscilla y los primeros estudios sobre sus funciones bioquímicas, el control de su expresión y su uso en aplicaciones prácticas". Microorganismos . 9 (8): 1637. doi : 10.3390/microorganisms9081637 . ISSN 2076-2607. PMC 8398370 . PMID 34442716.
- ^ Wakabayashi S, Matsubara H, Webster DA (julio de 1986). "Secuencia primaria de una hemoglobina bacteriana dimérica de Vitreoscilla". Nature . 322 (6078): 481–483. Bibcode :1986Natur.322..481W. doi :10.1038/322481a0. ISSN 1476-4687. PMID 3736670.
- ^ Tarricone C, Galizzi A, Coda A, Ascenzi P, Bolognesi M (abril de 1997). "Estructura inusual del sitio de unión al oxígeno en la hemoglobina bacteriana dimérica de Vitreoscilla sp". Estructura . 5 (4): 497–507. doi : 10.1016/s0969-2126(97)00206-2 . ISSN 0969-2126. PMID 9115439.
- ^ ab Dikshit KL, Webster DA (30 de octubre de 1988). "Clonación, caracterización y expresión del gen de globina bacteriana de Vitreoscilla en Escherichia coli". Gene . 70 (2): 377–386. doi :10.1016/0378-1119(88)90209-0. ISSN 0378-1119. PMID 2850971.
- ^ Webster DA, Dikshit KL, Pagilla KR, Stark BC (octubre de 2021). "El descubrimiento de la hemoglobina de Vitreoscilla y los primeros estudios sobre sus funciones bioquímicas, el control de su expresión y su uso en aplicaciones prácticas". Microorganismos . 9 (8): 1637. doi : 10.3390/microorganisms9081637 . ISSN 2076-2607. PMC 8398370 . PMID 34442716.
- ^ Boerman SJ, Webster DA (1982). "Control del contenido de hemo en Vitreoscilla por oxígeno". Revista de microbiología general y aplicada . 28 (1): 35–43. doi :10.2323/jgam.28.35.
- ^ Webster DA (1988). "Estructura y función de la hemoglobina bacteriana y proteínas relacionadas". Avances en bioquímica inorgánica . 7 : 245–265. PMID 3275422.
- ^ Ramandeep, Hwang KW, Raje M, Kim KJ, Stark BC, Dikshit KL, Webster DA (enero de 2001). "Hemoglobina de Vitreoscilla". Revista de química biológica . 276 (27): 24781–24789. doi : 10.1074/jbc.m009808200 . ISSN 0021-9258. PMID 11331274.
- ^ Park KW, Kim KJ, Howard AJ, Stark BC, Webster DA (septiembre de 2002). "La hemoglobina de Vitreoscilla se une a la subunidad I de las ubiquinol oxidasas del citocromo b". Journal of Biological Chemistry . 277 (36): 33334–33337. doi : 10.1074/jbc.m203820200 . ISSN 0021-9258. PMID 12080058.
- ^ Chung YT, Stark BC, Webster DA (6 de octubre de 2006). "El papel de Asp544 en la subunidad I para el bombeo de Na+ por el citocromo bo de Vitreoscilla ". Comunicaciones de investigación bioquímica y biofísica . 348 (4): 1209–1214. doi :10.1016/j.bbrc.2006.07.184. ISSN 0006-291X. PMID 16919598.
- ^ Fish PA, Webster DA, Stark BC (2000-03-20). " La hemoglobina de Vitreoscilla mejora el primer paso en la degradación de 2,4-dinitrotolueno in vitro y con baja aireación in vivo". Journal of Molecular Catalysis B: Enzymatic . 9 (1): 75–82. doi :10.1016/S1381-1177(99)00086-7. ISSN 1381-1177.
- ^ Kaur R, Pathania R, Sharma V, Mande SC, Dikshit KL (enero de 2002). "La hemoglobina de Vitreoscilla quimérica (VHb) que lleva un dominio de saborreductasa alivia el estrés nitrosativo en Escherichia coli: nueva perspectiva sobre el papel funcional de la VHb". Microbiología aplicada y ambiental . 68 (1): 152–160. Bibcode :2002ApEnM..68..152K. doi :10.1128/AEM.68.1.152-160.2002. ISSN 0099-2240. PMC 126558 . PMID 11772621.
- ^ abc Anand A, Duk BT, Singh S, Akbas MY, Webster DA, Stark BC, Dikshit KL (24 de febrero de 2010). "Interacciones mediadas por redox de VHb ( hemoglobina de Vitreoscilla ) con OxyR: nueva regulación de la biosíntesis de VHb bajo estrés oxidativo". Revista bioquímica . 426 (3): 271–280. doi :10.1042/bj20091417. ISSN 0264-6021. PMID 20025616.
- ^ Stark BC, Dikshit KL, Pagilla KR (2011). "Avances recientes en la comprensión de la estructura, función y utilidad biotecnológica de la hemoglobina de la bacteria Vitreoscilla ". Biotechnol Lett . 33 (9): 1705–1714. doi :10.1007/s10529-011-0621-9. PMID 21603987.
- ^ Webster DA, Dikshit KL, Pagilla KR, Stark BC (2021). "El descubrimiento de la hemoglobina de Vitreoscilla y los primeros estudios sobre sus funciones bioquímicas, el control de su expresión y su uso en aplicaciones prácticas". Microorganismos . 9 (8): 1637. doi : 10.3390/microorganisms9081637 . ISSN 2076-2607. PMC 8398370 . PMID 34442716.
- ^ Liu SC, Liu YX, Webster DA, Stark BC (noviembre de 1994). "Secuencia de la región situada aguas abajo del gen de la hemoglobina de Vitreoscilla : vgb no es parte de un operón multigénico". Applied Microbiology and Biotechnology . 42 (2): 304–308. doi :10.1007/BF00902733. ISSN 1432-0614. PMID 7765771.
- ^ Dikshit KL, Spaulding D, Braun A, Webster DA (1989). "Inhibición de la transcripción del gen de la globina y la síntesis de hemoglobina bacteriana por oxígeno en Vitreoscilla". Microbiología . 135 (10): 2601–2609. doi : 10.1099/00221287-135-10-2601 . ISSN 1465-2080. PMID 2483729.
- ^ Dikshit KL, Dikshit RP, Webster DA (25 de julio de 1990). "Estudio de la expresión del gen de globina (vgb) de Vitreoscilla y la actividad promotora en E. coli a través de la fusión transcripcional". Investigación de ácidos nucleicos . 18 (14): 4149–4155. doi : 10.1093/nar/18.14.4149 . ISSN 0305-1048. PMC 331172 . PMID 2198533.
- ^ Joshi M, Dikshit KL (15 de julio de 1994). "Regulación dependiente del oxígeno del gen de globina de Vitreoscilla : evidencia de regulación positiva por FNR". Comunicaciones de investigación bioquímica y biofísica . 202 (1): 535–542. doi :10.1006/bbrc.1994.1961. ISSN 0006-291X. PMID 8037759.
- ^ Yang J, Webster DA, Stark BC (3 de octubre de 2005). "ArcA trabaja con Fnr como un regulador positivo de la expresión del gen de hemoglobina de Vitreoscilla (bacteriana) en Escherichia coli". Investigación microbiológica . 160 (4): 405–415. doi : 10.1016/j.micres.2005.03.004 . ISSN 0944-5013. PMID 16255146.
- ^ abc Stark BC, Pagilla KR, Dikshit KL (1 de febrero de 2015). "Aplicaciones recientes de la tecnología de hemoglobina de Vitreoscilla en la síntesis de bioproductos y la biorremediación". Applied Microbiology and Biotechnology . 99 (4): 1627–1636. doi :10.1007/s00253-014-6350-y. ISSN 1432-0614. PMID 25575886.
- ^ Khosravi M, Webster DA, Stark BC (noviembre de 1990). "La presencia del gen de la hemoglobina bacteriana mejora la producción de α-amilasa de una cepa recombinante de Escherichia coli ". Plásmido . 24 (3): 190–194. doi :10.1016/0147-619X(90)90002-T. ISSN 0147-619X. PMID 2136531.
- ^ Sanny T, Arnaldos M, Kunkel SA, Pagilla KR, Stark BC (noviembre de 2010). "La ingeniería de E. coli etanólica con el gen de hemoglobina de Vitreoscilla mejora la producción de etanol a partir de glucosa y xilosa". Applied Microbiology and Biotechnology . 88 (5): 1103–1112. doi :10.1007/s00253-010-2817-7. ISSN 1432-0614. PMID 20717665.
- ^ Wei ML, Webster DA, Stark BC (5 de septiembre de 1998). "Ingeniería metabólica de Serratia marcescens con el gen de la hemoglobina bacteriana: alteraciones en las vías de fermentación". Biotecnología y bioingeniería . 59 (5): 640–646. doi :10.1002/(SICI)1097-0290(19980905)59:5<640::AID-BIT15>3.0.CO;2-D. PMID 10099382.
- ^ Geckil H, Barak Z, Chipman DM, Erenler SO, Webster DA, Stark BC (octubre de 2004). "Producción mejorada de acetoína y butanodiol en Enterobacter aerogenes recombinante portador del gen de hemoglobina de Vitreoscilla". Ingeniería de bioprocesos y biosistemas . 26 (5): 325–330. doi :10.1007/s00449-004-0373-1. ISSN 1615-7605. PMID 15309606.
- ^ ab Error en la cita: La referencia nombrada
:2
fue invocada pero nunca definida (ver la página de ayuda ). - ^ Urgun-Demirtas M, Pagilla KR, Stark BC, Webster D (octubre de 2003). "Biodegradación de 2-clorobenzoato por Burkholderia cepacia recombinante que expresa hemoglobina de Vitreoscilla bajo niveles variables de disponibilidad de oxígeno". Biodegradación . 14 (5): 357–365. doi :10.1023/A:1025672528291. ISSN 1572-9729. PMID 14571952.
- ^ So J, Webster DA, Stark BC, Pagilla KR (1 de junio de 2004). "Mejora de la biodegradación de 2,4-dinitrotolueno por Burkholderia sp. en biorreactores de arena utilizando tecnología de hemoglobina bacteriana". Biodegradación . 15 (3): 161–171. doi :10.1023/B:BIOD.0000026496.38594.b2. ISSN 1572-9729. PMID 15228074.
- ^ Kunkel SA, Pagilla KR, Stark BC (1 de agosto de 2015). "La ingeniería de Nitrosomonas europaea para expresar la hemoglobina de Vitreoscilla mejora la captación de oxígeno y la conversión de amoníaco en nitrito". AMB Express . 5 (1): 43. doi : 10.1186/s13568-015-0135-2 . ISSN 2191-0855. PMC 4522006 . PMID 26231847.
- ^ Arnaldos M, Kunkel SA, Stark BC, Pagilla KR (1 de abril de 2014). "Caracterización de la proteína hemo expresada por bacterias oxidantes de amoníaco en condiciones de bajo nivel de oxígeno disuelto". Applied Microbiology and Biotechnology . 98 (7): 3231–3239. doi :10.1007/s00253-013-5400-1. ISSN 1432-0614. PMID 24272370.
- ^ Kaur R, Ahuja S, Anand A, Singh B, Stark BC, Webster DA, Dikshit KL (15 de octubre de 2008). "Implicaciones funcionales de la red de enlaces de hidrógeno del sitio proximal en la hemoglobina de Vitreoscilla (VHb): papel de Tyr95 (G5) y Tyr126 (H12)". FEBS Letters . 582 (23–24): 3494–3500. Código Bibliográfico :2008FEBSL.582.3494K. doi :10.1016/j.febslet.2008.09.018. ISSN 0014-5793. PMID 18804465.
- ^ Kim Y, Webster DA, Stark BC (2005). "Mejora de la biorremediación por Pseudomonas y Burkholderia mediante mutantes del gen de hemoglobina de Vitreoscilla (vgb) integrado en sus cromosomas". Revista de microbiología industrial y biotecnología . 32 (4): 148–154. doi :10.1007/s10295-005-0215-4. ISSN 1367-5435. PMID 15806390.