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Usuario: ProteinBoxBot


Descripción general

El proyecto Gene Wiki se inició en 2007 aproximadamente como un esfuerzo por mejorar sistemáticamente el estado de los artículos sobre genes en Wikipedia. El mecanismo principal de ese proyecto fueron las ediciones de bots basadas en datos de bases de datos de uso común en la investigación biomédica (por ejemplo, NCBI Entrez, UniProt, PDB). Puede encontrar más información sobre esta iniciativa en Portal:Gene Wiki . Se proporciona algo de contexto histórico en las secciones ProteinBoxBot y ProteinBoxBot2 a continuación.

Actualmente, estamos ampliando este plan de juego a otros conceptos biomédicos. Encontrará más detalles en la sección ProteinBoxBot 3 a continuación.

ProteinBoxBot 3 (alrededor de 2013)

En esta fase del ProteinBoxBot, ampliaremos el alcance más allá de los genes y proteínas humanos. Este plan se encuentra actualmente en sus primeras etapas y se encuentra en un debate activo. El alcance se ha discutido con Wikipedia:WikiProject Pharmacology ([1]) y Wikipedia:WikiProject Medicine ([2]). Para centralizar el debate entre todas las partes interesadas, consulte la página del proyecto en User:ProteinBoxBot/Phase 3 .

ProteinBoxBot 2 (alrededor de 2011)

Se creó una nueva versión del bot para mantener las cajas de proteínas en las páginas de Gene Wiki. Consulta información del servicio de anotación de genes MyGene.info (que a su vez compila información de bases de datos de dominio público) y la compara con los valores de las cajas de información de los artículos existentes. Si la información del artículo está desactualizada, es incorrecta o falta, la caja de información se actualiza con los valores correctos. Luego, escanea Commons en busca de imágenes de estructuras de proteínas correspondientes al tema de la caja de proteínas. Si encuentra una, agrega la imagen; si no la encuentra y hay suficiente información disponible, el bot genera, carga y vincula una nueva imagen. Este bot no crea páginas ni edita artículos de texto completo (por el momento). El código fuente del bot está disponible en el repositorio de código GeneWiki. Esta versión está siendo diseñada y mantenida por Pleiotrope en conjunto con AndrewGNF .

ProteinBoxBot (alrededor de 2008)

Este bot ha creado o modificado ~9000 páginas correspondientes a genes de mamíferos. Cada página nueva se llenó con contenido de bases de datos de dominio público. Este contenido incluía información sobre el símbolo, la descripción, la función, la ubicación genómica, la estructura y los identificadores del gen. Se crearon genes que no tenían ninguna página de Wikipedia existente para su símbolo, alias o título (por ejemplo, MMP9 ). Los genes que tenían estos conflictos en el espacio de nombres de Wikipedia se marcaron para su integración manual (por ejemplo, Apolipoprotein_E ). Este bot está siendo diseñado y desarrollado actualmente por AndrewGNF y JonSDSUGrad , con un aporte sustancial de la comunidad WP:MCB .

El equipo

Enlaces técnicos

Deshabilitar ediciones de bots en páginas de genes específicos

Agregue la etiqueta {{ nobots }} a una página o plantilla para evitar que el bot la edite:

{{nobots}}

Cómo crear una nueva página de genes

  1. Vaya a biogps.org y luego busque el gen de su interés
  2. Visualice la ventana "Gene Wiki". Si ya existe una página de Wikipedia correspondiente, se cargará automáticamente. Si no, se mostrará una interfaz de creación de páginas (pero puede tardar hasta un minuto en aparecer).
  3. Cree la página después de elegir el nombre de la página (siga las instrucciones).
  4. Confirmar la creación. BioGPS puede tardar un tiempo en registrar la actualización, pero debería poder verla consultando las contribuciones de los usuarios de ProteinBoxBot.

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