La Universidad EMUNI se creó el 9 de junio de 2008 en Portorož ( Eslovenia ) con el objetivo de convertirse en una institución internacional de posgrado, educación superior e investigación, plenamente integrada en el área euromediterránea. Fue cofundada por cuatro universidades: la Universidad de Haifa (Israel), la Universidad de Maribor (Eslovenia), la Universidad de Sousse (Túnez) y la Universidad de Urbino "Carlo Bo" (Italia). En febrero de 2009, la Universidad EMUNI se convirtió en una entidad legal en la República de Eslovenia.
La Universidad EMUNI es una de las seis prioridades de la Unión para el Mediterráneo , cuya secretaría fue creada por la Declaración Conjunta de la Cumbre de París para el Mediterráneo.
La Universidad EMUNI tiene varias instituciones miembros, incluidas universidades y otras instituciones de educación superior e investigación de muchos países.
Las actividades de la Universidad EMUNI incluyen educación de posgrado , seminarios, conferencias (internacionales), escuelas de verano, cursos profesionales, programas de estudios de actualización profesional y otras actividades. A finales de 2008, comenzó a publicarse la Revista Internacional de Estudios Euromediterráneos ( IJEMS ). En 2012, la editorial Springer Nature publicó la IJEMS .
Las actividades de la Universidad EMUNI se centran en las áreas prioritarias de la Unión para el Mediterráneo, así como en las carreteras marítimas y terrestres, las energías alternativas, la cultura y el turismo, los derechos humanos y la migración, la protección civil, las cuestiones de género, la gestión del agua, la política exterior, la iniciativa de desarrollo empresarial y el espacio euromediterráneo de educación superior e investigación.