Información mínima requerida en la anotación de modelos

MIRIAM (Minimum Information Required In The Annotation of Models ^[1] ) es un esfuerzo a nivel comunitario para estandarizar los procesos de anotación y curación de modelos cuantitativos de sistemas biológicos. ^[2] Consiste en un conjunto de pautas adecuadas para su uso con cualquier formato estructurado, lo que permite que diferentes grupos colaboren y compartan los modelos resultantes. El cumplimiento de estas pautas también facilita el intercambio de software e infraestructuras de servicios basadas en actividades de modelado.

La idea de "un conjunto de buenas prácticas" que incluya "algunos metadatos obligatorios" fue propuesta por primera vez por Nicolas Le Novère en octubre de 2004 como parte de un debate para desarrollar una base de datos común de modelos en biología de sistemas (que condujo a la creación de la base de datos BioModels ). Estas ideas iniciales se refinaron aún más en una reunión en Heidelberg, durante la ICSB 2004, con representantes de muchos otros grupos interesados.

MIRIAM es un proyecto registrado del MIBBI (información mínima para investigaciones biológicas y biomédicas). ^[3]

Lineamientos de MIRIAM

Las Directrices MIRIAM se componen de tres partes: correspondencia de referencia , anotación de atribución y anotación de recursos externos , cada una de las cuales trata un aspecto diferente de la información que debe incluirse dentro de un modelo.

Correspondencia de referencia

La 'correspondencia de referencia' trata de la información de referencia básica necesaria para utilizar el modelo, detallando a grandes rasgos el formato del archivo del modelo y su instanciabilidad para fines de simulación.

• El archivo del modelo debe estar codificado en un formato público, estandarizado y legible por máquina ( SBML , CellML , GENESIS , ...).
• El archivo del modelo debe ser válido con respecto a su esquema de codificación.
• El modelo debe estar asociado a una descripción de referencia o publicación que detalle su origen, incluso si es un compuesto.
• La estructura del modelo codificado debe reflejar los procesos (biológicos) detallados en la descripción de referencia.
• El modelo debe ser instanciable; se deben proporcionar los parámetros cuantitativos necesarios, como las condiciones iniciales, si son necesarios para una simulación.
• Una vez instanciado, el modelo debe ser capaz de reproducir resultados representativos tal como se dan en la descripción de referencia, dentro de un épsilon (algoritmos, errores de redondeo).

Anotación de atribución

La 'anotación de atribución' se ocupa de la información de atribución que debe incorporarse en el archivo del modelo.

• El modelo debe tener un nombre.
• El modelo debe incluir una cita de la descripción de referencia que identifique a los autores del modelo.
• El modelo debe incluir el nombre y los datos de contacto de los creadores del modelo.
• Se debe especificar la fecha y hora de creación y última modificación del modelo. El historial del modelo es útil, pero no obligatorio.
• El modelo debe estar vinculado a una declaración precisa sobre sus condiciones de uso y distribución, independientemente de si es “de uso gratuito” o no.

Anotación de recursos externos

La "anotación de recursos externos" define la manera en que se deben construir las anotaciones. Esas anotaciones contienen referencias a entidades en bases de datos, clasificaciones, ontologías, etc. Uno de los propósitos de la anotación es permitir la identificación inequívoca de los diversos componentes del modelo.

• La anotación debe relacionar de forma inequívoca un fragmento de conocimiento con un componente del modelo.
• La información referenciada debe describirse utilizando un triplete {data collection, collection-specific identifier, optional qualifier}:
  • La anotación debe expresarse como un Identificador uniforme de recursos (URI).
  • El identificador específico de la colección debe analizarse en el marco de la recopilación de datos.
  • Se deben utilizar calificadores (opcionales) para refinar el vínculo entre los componentes del modelo y la información referenciada, por ejemplo, "has_a", "is_version_of" y "is_homolog_to".

Hay más información disponible sobre los calificadores existentes en BioModels.net. ^[4]

Hasta ahora, la anotación es principalmente un trabajo manual, por lo que para garantizar su longevidad es necesario el uso de URI perennes. Se reconoció que la generación de URI válidos y únicos para la anotación requería la creación de un catálogo de espacios de nombres compartidos para uso de la comunidad. Esta función es proporcionada por el Registro MIRIAM . El Registro también proporciona una variedad de características auxiliares de apoyo para permitir procedimientos automatizados basados ​​en estos URI. La capacidad de generar identificadores resolubles se proporciona mediante el uso de la capa de resolución, Identifiers.org .

Véase también

• Estándares mínimos de información
• Registro MIRIAM
• Identificadores.org
• Estándares de metadatos
• Biología de sistemas computacionales
• Base de datos de BioModelos
• SBML
• Celda ML

Referencias

1. El artículo original utilizaba el verbo "solicitado", pero este ha evolucionado a través del uso de la comunidad a "requerido", y está en línea con otros estándares de Información Mínima (IM) disponibles a través del portal MIBBI.
2. Le Novère, Nicolas ; Finney, Andrés; Hucka, Michael; Bhalla, Upinder S; Campaña, Fabien; Collado-Vides, Julio; Crampin, Edmund J; Halstead, Matt; et al. (2005). "Información mínima solicitada en la anotación de modelos bioquímicos (MIRIAM)". Biotecnología de la Naturaleza . 23 (12): 1509–15. doi : 10.1038/nbt1156 . hdl : 11858/00-001M-0000-0010-853F-C . PMID  16333295.
3. http://www.mibbi.org/ Información mínima para investigaciones biológicas y biomédicas ^{[ se necesita una fuente no primaria ]}
4. "sitio web". Biomodels.net. 22 de febrero de 1999. Consultado el 9 de octubre de 2012 .