El equipo de fútbol Troy Trojans de 2006 representó a la Universidad de Troy como miembro de la Conferencia Sun Belt durante la temporada de fútbol FBS de la División I de la NCAA de 2006. Liderados por el entrenador en jefe de 16 años Larry Blakeney , los Trojans compilaron un récord general de 8-5 con una marca de 6-1 en el juego de la conferencia, compartiendo el título Sun Belt con Middle Tennessee . Este fue el primer campeonato Sun Belt del programa desde que se unió a la conferencia dos años antes, en 2004. Troy fue invitado al New Orleans Bowl , donde jugó contra Rice de la Conferencia USA , derrotando a los Owls por un marcador de 41-17. El equipo jugó partidos en casa en el Movie Gallery Stadium en Troy, Alabama .
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