Un transposón compuesto es similar en función a los transposones simples y elementos de secuencia de inserción (IS) en que tiene segmentos de ADN codificadores de proteínas flanqueados por secuencias repetidas e invertidas que pueden ser reconocidas por las enzimas transposasas. Sin embargo, un transposón compuesto está flanqueado por dos elementos IS separados que pueden o no ser réplicas exactas. En lugar de que cada elemento IS se mueva por separado, toda la longitud del ADN que abarca desde un elemento IS al otro se transpone como una unidad completa. Los transposones compuestos también suelen llevar uno o más genes que confieren resistencia a los antibióticos .
Dos SINE pueden actuar en conjunto para flanquear y movilizar una secuencia de ADN de copia única intermedia. Esto se informó para una secuencia de ADN de 710 pb aguas arriba del gen de la beta globina bovina. [1] La disposición del ADN forma un transposón compuesto cuya presencia ha sido confirmada por la secuencia genómica bovina completa donde la secuencia movilizada puede encontrarse en el cromosoma bovino 15 en el contig NW_001493315.1 nucleótidos #1085432–1086142 y la secuencia de origen puede encontrarse en el cromosoma bovino 2 en el contig NW_001501789.2 nucleótidos #1096679–1097389. Es probable que existan transposones compuestos similares en otras regiones genómicas bovinas y otros genomas de mamíferos. Podrían detectarse con algoritmos adecuados.