El torneo de béisbol de la División I de la NCAA de 2006 se celebró del 2 al 26 de junio de 2006. Sesenta y cuatro equipos de béisbol universitario de la División I de la NCAA se enfrentaron después de haber jugado durante una temporada regular y, en algunos casos, un torneo de conferencia, para jugar en el torneo de la NCAA. El torneo culminó con 8 equipos en la Serie Mundial Universitaria en el histórico Estadio Rosenblatt en Omaha, Nebraska .
Después de ganar las rondas regionales y superregionales del torneo de béisbol de la División I de la NCAA de 2006, ocho equipos avanzaron a Omaha. Clemson , Georgia Tech , North Carolina , Cal State Fullerton , Oregon State , Rice , Georgia y Miami (FL) ganaron sus superregionales y llegaron a la Serie Mundial Universitaria de 2006. Cinco cabezas de serie nacionales avanzaron a Omaha: Clemson (1), Rice (2), Cal State Fullerton (5), Georgia (7) y Georgia Tech (8). Texas , tercer cabeza de serie, y Nebraska , sexto cabeza de serie, cayeron en las regionales, mientras que Alabama, cuarto cabeza de serie, perdió en el juego superregional.
El primer lanzamiento de la CWS 2006 fue el viernes 16 de junio a las 13:00 CDT (18:00 UTC). El torneo de 2006 fue la segunda vez en la historia de la CWS en la que se jugaron 16 partidos (la otra fue la Serie Mundial Universitaria de 2003 ).
Después de perder su primer partido del torneo contra Miami (FL) , los Oregon State Beavers evitaron la eliminación durante cuatro partidos consecutivos para ganar su grupo y avanzar a la serie del campeonato. Los Rice Owls , que no habían perdido una serie de tres partidos en toda la temporada, fueron blanqueados en partidos consecutivos por los Beavers y no pudieron anotar en un récord de 23 entradas de la CWS. Oregon State avanzó para enfrentar a North Carolina en la final.
La serie de campeonato al mejor de tres partidos enfrentó a Oregon State y North Carolina . Oregon State ganó el partido decisivo, 3-2, con lo que obtuvo el primer título nacional de béisbol de la escuela y su segundo campeonato de la NCAA en general. Todos los partidos fueron televisados por ESPN y ESPN2 .
Oregon State estableció un récord de la CWS al ganar seis partidos de eliminación (cuatro en el torneo de grupos, dos en la serie del campeonato) y también se convirtió en el primer equipo en perder dos veces en Omaha y aun así ganar el título. Oregon State es el único equipo además de Holy Cross en 1952 en ganar seis partidos en la Serie Mundial Universitaria. Oregon State jugó en la mitad (ocho de 16) de los partidos del torneo.
El lanzador de OSU, Jonah Nickerson, fue nombrado el jugador más destacado del torneo .
El cinco veces campeón nacional LSU quedó fuera del campo de 64, la primera vez desde 1988 que los Tigers no lograron clasificarse para una regional. El récord general de LSU de 35-24 ameritaba ser considerado para la competencia general, pero se vio deshecho por el pobre desempeño en la Conferencia del Sureste , donde los Tigers terminaron octavos de 12 equipos con 13-17. LSU ganó campeonatos nacionales en 1991, '93, '96, '97 y 2000 bajo el entrenador del Salón de la Fama Skip Bertman , quien era el director atlético de la escuela en ese momento. Diez días después de que terminara la temporada de LSU, Bertman despidió a su sucesor, Smoke Laval, y contrató al entrenador de Notre Dame, Paul Mainieri .
Los campeones de las 30 conferencias de la División I obtuvieron invitaciones automáticas para las regionales. Las 34 plazas restantes se otorgaron a las escuelas como invitadas generales.
En negrita se indica participante de CWS.
En negrita se indica el ganador.
Nota: 77 minutos de demora por lluvia en la parte superior de la sexta entrada
Los siguientes jugadores fueron miembros del equipo del torneo.