El Torneo Merdeka 2006 es la 38.ª edición del Torneo Merdeka y se celebró del 23 al 29 de agosto de 2006. Esta es la primera edición que no se juega en el Estadio Merdeka de Kuala Lumpur, que está siendo remodelado. Todos los partidos se jugaron en el Estadio Shah Alam en Shah Alam , Selangor .
Fase de grupos individuales