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Topónomo

El topónomo es el código de red espacial de proteínas y otras biomoléculas en células y tejidos morfológicamente intactos . [1] Se mapea y decodifica mediante microscopía cicladora de imágenes (ICM) in situ capaz de co-mapear muchos miles de supermoléculas en una muestra (sección de tejido o muestra de célula a alta resolución subcelular). El término "topónoma" se deriva de los antiguos sustantivos griegos "topos" (τόπος: "lugar, posición") y "nomos" (νόμος: "ley"), y el término " toponomía " se refiere al estudio del topónomo. Fue introducido por Walter Schubert en 2003. [2] Aborda el hecho de que la red de biomoléculas en células y tejidos sigue reglas topológicas que permiten acciones coordinadas. Por ejemplo, el topónomo de la superficie celular proporciona el código de interacción proteica espacial para la ejecución de un movimiento celular, un "código de conducta". [2] [3] [4] Esto depende intrínsecamente de la disposición espacial específica de composiciones similares y diferentes de supermoléculas (periodicidad compositiva) con un orden espacial específico a lo largo de una membrana de superficie celular. Este orden espacial se repite periódicamente cuando la célula intenta ingresar al estado exploratorio desde el estado esférico (periodicidad espacial). [5] Este código de topónomo espacial está organizado jerárquicamente con biomoléculas líderes, biomoléculas anti-coubicadas (ausentes) [2] [3] y moléculas comodín que se asocian de manera variable con las biomoléculas líderes. Se ha demostrado que la inhibición de las moléculas líderes en una membrana de superficie conduce al desmontaje de la red biomolecular correspondiente y la pérdida de función. [3] [4]

Citas

  1. ^ Schubert, W (2013). "Toponomics". Enciclopedia de Biología de Sistemas . Springer Nueva York. págs. 2191–2212. doi :10.1007/978-1-4419-9863-7_631. ISBN 978-1-4419-9862-0.
  2. ^ abc Schubert, W (2003). Proteómica topológica, Toponomía, Tecnología MELK . Vol. 83. págs. 189–209. doi :10.1007/3-540-36459-5_8. ISBN 978-3-540-00546-9. Número de identificación personal  12934931. {{cite book}}: |journal=ignorado ( ayuda )
  3. ^ abc Schubert, Walter; Bonnekoh, Bernd; Pommer, Ansgar J; Philipsen, Lars; Böckelmann, Raik; Malykh, Yanina; Gollnick, Harald; Friedenberger, Manuela; Bode, Marcus; Dress, Andreas WM (1 de octubre de 2006). "Análisis de la topología y función del proteoma mediante microscopía de fluorescencia multidimensional automatizada". Nature Biotechnology . 24 (10): 1270–1278. doi :10.1038/nbt1250. PMID  17013374. S2CID  30436820.
  4. ^ ab Schubert, Walter (15 de septiembre de 2010). "Sobre el origen de las funciones celulares codificadas en el topónimo". Revista de biotecnología . 149 (4): 252–259. doi :10.1016/j.jbiotec.2010.03.009. PMID  20362632.
  5. ^ Schubert, Walter (enero de 2014). "Imágenes espaciales sistemáticas de grandes conjuntos multimoleculares y los principios emergentes del orden supramolecular en sistemas biológicos". Journal of Molecular Recognition . 27 (1): 3–18. doi :10.1002/jmr.2326. PMC 4283051 . PMID  24375580.