La temporada 2008-09 de la Tercera División de Chipre fue la 38.ª temporada de la liga de fútbol de tercer nivel de Chipre . El Akritas Chlorakas ganó su segundo título.
En la temporada 2008-2009 participaron catorce equipos en la Tercera División de Chipre. Todos los equipos se enfrentaron entre sí dos veces, una en casa y otra fuera. El equipo con más puntos al final de la temporada se coronó campeón. Los tres primeros equipos ascendieron a la Segunda División de Chipre 2009-2010 y los tres últimos descendieron a la Cuarta División de Chipre 2009-2010 .
Los equipos recibieron tres puntos por una victoria, un punto por un empate y cero puntos por una derrota.
Equipos ascendidos a la Segunda División de Chipre 2008-09
Equipos descendidos de la Segunda División de Chipre 2007-08
Equipos ascendidos de la Cuarta División de Chipre 2007-08
Equipos descendidos a la Cuarta División de Chipre 2008-09