La temporada 2012-13 de la Tercera División de Chipre fue la 42.ª temporada de la liga de fútbol de tercer nivel de Chipre . Karmiotissa Polemidion ganó su primer título.
En la Tercera División de Chipre 2012-13 participaron catorce equipos. Todos los equipos se enfrentaron entre sí dos veces, una en casa y otra fuera. El equipo con más puntos al final de la temporada se coronó campeón. Los cuatro primeros equipos ascendieron a la División B2 de Chipre 2013-14 y los dos últimos equipos descendieron a la Cuarta División de Chipre 2013-14 .
Los equipos recibieron tres puntos por una victoria, un punto por un empate y cero puntos por una derrota.
Equipos ascendidos a la Segunda División de Chipre 2012-13
Equipos descendidos de la Segunda División de Chipre 2011-12
1 El APOP Kinyras descendió a la Cuarta División chipriota 2012-13 trasla decisión de la FIFA .
Equipos ascendidos de la Cuarta División de Chipre 2011-2012
Equipos descendidos a la Cuarta División de Chipre 2012-13
1 Anagennisi Germasogeias se retiró de la Cuarta División chipriota 2012-13 .
2 POL/AE Maroni se retiró de la Tercera División chipriota 2011-12 .
