La temporada 2009 de los Manly Warringah Sea Eagles fue la 60.ª en la historia del club . Compitieron en la Telstra Premiership de la Liga Nacional de Rugby 2009 y terminaron la temporada regular en el quinto lugar (de 16). Los Sea Eagles fueron eliminados en la primera semana de los play-offs por los futuros campeones, los Melbourne Storm .
Como campeones de la NRL 2008, los Manly Warringah Sea Eagles comenzaron su nueva temporada con el partido del World Club Challenge 2009 en Inglaterra contra los campeones de la Super League 2008, los Leeds Rhinos . Derrotaron a los Rhinos 28 - 20, poniendo fin al dominio de cinco años del fútbol de clubes de Inglaterra sobre el trofeo del World Club Challenge antes de prepararse para el inicio de la temporada 2009 de la NRL .
El jugador estrella de los Sea Eagles, Brett Stewart, fue acusado de agresión sexual con una joven de 17 años, el mismo día después del infame lanzamiento de la temporada de Manly el 6 de marzo, donde se cree que Stewart se emborrachó. La NRL suspendió a Stewart hasta la quinta ronda de la competencia, pero aún se le permitió entrenar con el club. Como resultado, el club comenzó mal su defensa del campeonato, con cuatro derrotas consecutivas que los dejaron en el último lugar después de la cuarta ronda. Ganaron su partido de quinta ronda, por lo que fueron el último equipo en registrar su primera victoria de la temporada, contra los Wests Tigers . Tras el regreso de Stewart, anotó 3 tries en la primera victoria de los Sea Eagles de la temporada. Stewart fue exonerado por su cargo de agresión sexual en septiembre de 2010.
Stewart sólo jugó cuatro partidos más en la temporada 2009; sufrió una lesión de rodilla en la victoria de los Sea Eagles en la sexta ronda sobre los South Sydney Rabbitohs y se perdió gran parte del fútbol. Regresó en la ronda 25, justo a tiempo para el avance de Manly a la final; después de que los Sea Eagles inicialmente tuvieran problemas sin él en el campo. Manly fue eliminado en la primera ronda de la final, cayendo 40-12 ante el Melbourne Storm en el Etihad Stadium a pesar de terminar quinto al final de la temporada regular. Las derrotas ante dos de los tres mejores equipos fueron las razones de la temprana eliminación de Manly, terminando su defensa del título con decepción.
A los Bulldogs se les descontaron 2 puntos de competencia después de una infracción de intercambio en la Ronda 2.