Fue fundada en 1886 por Elizabeth Wordsworth como una universidad para mujeres, y aceptó a sus primeros estudiantes varones en su año centenario en 1986.
En su 125 aniversario, la universidad se convirtió en una organización benéfica registrada bajo el nombre de "The Principal and Fellows of St Hugh's College en la Universidad de Oxford".
Los registros muestran que el alquiler fue entre 18 y 21 libras por término, dependiendo del tamaño de la habitación, con los incendios cobrando extra.
La universidad pronto se hizo cargo de otras propiedades cercanas.
La universidad obtuvo la propiedad del sitio principal en 1927 y un año después se construyó la primera etapa del edificio Mary Gray Allen sobre las canchas de tenis.
Entre 1935 y 1936, 1 St Margaret's Road fue demolida y se construyó una nueva biblioteca en el edificio Mary Gray Allen; fue nombrada la Biblioteca Moberly por el primer director de la universidad (la biblioteca fue ampliamente renovada entre 1999 y 2000 y renombró la Biblioteca Howard Piper por un alumno de St Hugh, después de que sus padres hicieron una gran donación a la universidad).
Los avances en medicina descubiertos en el hospital significaron que la tasa de mortalidad por lesiones penetrantes en el cerebro cayó del 90% al 9%.
En 1946, fue arrendado a la Universidad de París como la Maison française d'Oxford, un establecimiento educativo anglo-francés.
Hugh, se convirtió en la primera mujer en ocupar una cátedra en la Universidad de Oxford en 1948.
Le llamaron así al edificio en honor a Kathleen Kenyon, una famosa arqueóloga.